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- PDB-1f11: F124 FAB FRAGMENT FROM A MONOCLONAL ANTI-PRES2 ANTIBODY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f11
タイトルF124 FAB FRAGMENT FROM A MONOCLONAL ANTI-PRES2 ANTIBODY
要素
  • F124 IMMUNOGLOBULIN (IGG1 HEAVY CHAIN)
  • F124 IMMUNOGLOBULIN (KAPPA LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / antibody / fab / hepatitis B / preS2
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / adaptive immune response / blood microparticle / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-III region PC 7043 / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region, membrane-bound form / Ab 126.33 heavy chain variable and joining regions / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Saul, F.A. / Vulliez-Le Normand, B. / Passafiume, M. / Riottot, M.M. / Bentley, G.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Structure of the Fab fragment from F124, a monoclonal antibody specific for hepatitis B surface antigen.
著者: Saul, F.A. / Vulliez-Le Normand, B. / Passafiume, M. / Riottot, M.M. / Bentley, G.A.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Sequence Analysis of a Monoclonal Antibody Specific for the preS2 Region of Hepatitis B Surface Antigen, and the Cloning, Expression and Characterisation of its Single-chain Fv Construction
著者: Passafiume, M. / Vulliez-le Normand, B. / Riottot, M.M. / Bentley, G.A.
履歴
登録2000年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_nat ...entity / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _struct_ref.db_code ..._entity.pdbx_fragment / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F124 IMMUNOGLOBULIN (KAPPA LIGHT CHAIN)
B: F124 IMMUNOGLOBULIN (IGG1 HEAVY CHAIN)
C: F124 IMMUNOGLOBULIN (KAPPA LIGHT CHAIN)
D: F124 IMMUNOGLOBULIN (IGG1 HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1594
ポリマ－95,1594
非ポリマー00
水00
1
A: F124 IMMUNOGLOBULIN (KAPPA LIGHT CHAIN)
B: F124 IMMUNOGLOBULIN (IGG1 HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5802
ポリマ－47,5802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
C: F124 IMMUNOGLOBULIN (KAPPA LIGHT CHAIN)
D: F124 IMMUNOGLOBULIN (IGG1 HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5802
ポリマ－47,5802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.7, 54.0, 120.0
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 101.0, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 F124 IMMUNOGLOBULIN (KAPPA LIGHT CHAIN)


分子量: 23985.342 Da / 分子数: 2
断片: FAB FRAGMENT (UNP P01665 residues 1-111, P01837 residues 1-106)
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01665, UniProt: P01837
#2: 抗体 F124 IMMUNOGLOBULIN (IGG1 HEAVY CHAIN)


分子量: 23594.383 Da / 分子数: 2
断片: FAB FRAGMENT (UNP Q65ZR6 residues 18-134, P01869 residues 2-102)
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q65ZR6, UniProt: P01869, UniProt: Q9D8L4*PLUS
構成要素の詳細antibody F124 (isotype IgG1, kappa light chain) recognizes an epitope in the segment 120-132 of the ...antibody F124 (isotype IgG1, kappa light chain) recognizes an epitope in the segment 120-132 of the preS2 region of the hepatitis B surface antigen.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 400, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
35 %PEG4001reservoir
42.4 mg/mlprotein1drop
50.57 Mammonium sulfate1drop
60.028 Msodium acetate1drop
71.4 %PEG4001drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.96
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 17261 / Num. obs: 17261 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1665 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 % / Num. unique obs: 1665

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IGI

1igi


解像度: 3→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: A bulk solvent model was used. Non-crystallographic symmetry restraints were applied. NCS GROUP 1: chains A,C (1 to 109). NCS GROUP 2: chains A,C (114 to 198, 203 to 212). NCS GROUP 3: chains ...詳細: A bulk solvent model was used. Non-crystallographic symmetry restraints were applied. NCS GROUP 1: chains A,C (1 to 109). NCS GROUP 2: chains A,C (114 to 198, 203 to 212). NCS GROUP 3: chains B,D (1 to 40, 43 to 112). NCS GROUP 4: chains B,D (115 to 127, 137 to 227).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 878 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.191 17261 --
obs0.191 17261 99.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6598 0 0 0 6598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 124 5 %
Rwork0.25 1991 -
obs--98 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.68
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.35 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.25 / Rfactor obs: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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