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- PDB-1f0l: 1.55 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE DIPHTHERIA TOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f0l
タイトル1.55 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE DIPHTHERIA TOXIN
要素DIPHTHERIA TOXIN
キーワードTOXIN / BACTERIAL TOXIN / ADP-RIBOSYLATION / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Uptake and function of diphtheria toxin / protein transmembrane transporter activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain ...Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Globin-like / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENYLYL-3'-5'-PHOSPHO-URIDINE-3'-MONOPHOSPHATE / Diphtheria toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Steere, B. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Thesis / 年: 2001
タイトル: Characterization of High-Order Oligomerization and Energetics in Diphtheria Toxin
著者: Steere, B.
履歴
登録2000年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET SHEET R1 IS NOT A CLOSED BARREL, BUT IT IS CLOSED ON ONE SIDE AND FLATTENED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPHTHERIA TOXIN
B: DIPHTHERIA TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,44913
ポリマ－116,8232
非ポリマー1,62611
水32,5891809
1
A: DIPHTHERIA TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2076
ポリマ－58,4111
非ポリマー7955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DIPHTHERIA TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2427
ポリマ－58,4111
非ポリマー8316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.770, 134.880, 46.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999517, -0.030412, -0.006347), (-0.030473, 0.999489, 0.00967), (0.00605, 0.009858, -0.999933)
ベクター: -67.24366, -2.1123, 93.34802)
詳細THERE ARE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, INDICATED BY CHAIN IDENTIFIERS A AND B. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATING A TO B IS SPECIFIED IN THE MTRIX RECORDS BELOW. THIS TRANSFORMATION WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A.

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要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOXIN


分子量: 58411.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
参照: UniProt: P00588
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-APU / ADENYLYL-3'-5'-PHOSPHO-URIDINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′,5′-ApU-3′-P


分子量: 653.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N7O15P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 MICROLITERS OF PROTEIN SOLUTION CONSISTING OF: 8 MG/ML WILD TYPE DIPHTHERIA TOXIN MONOMER + APUP, 0.5 MILLIMOLAR EDTA, 50 MILLIMOLAR TRIS-HCL, PH 7.5 PLUS 2 MICROLITERS OF RESERVIOR ...詳細: 2 MICROLITERS OF PROTEIN SOLUTION CONSISTING OF: 8 MG/ML WILD TYPE DIPHTHERIA TOXIN MONOMER + APUP, 0.5 MILLIMOLAR EDTA, 50 MILLIMOLAR TRIS-HCL, PH 7.5 PLUS 2 MICROLITERS OF RESERVIOR SOLUTION CONSISTING OF: 17% PEG 8000, 1 MOLAR SODIUM CHLORIDE, 50 MILLIMOLAR TRIS-HCL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 583084 / Num. obs: 149412 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.62 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 18092 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXL精密化
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MDT

1mdt


解像度: 1.55→40 Å / Num. parameters: 41198 / Num. restraintsaints: 35383 / 交差検証法: FREE R / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: Used conjugate gradient least squares procedure Model refined using I's, not F's Riding hydrogens placed on protein atoms with HFIX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 7212 4 %NCS-RELATED (G.PFLUEGL)
Rwork0.188 ---
all0.188 149412 --
obs0.188 149412 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: Moews and Kretsinger, J.Mol.Biol. 91(1973) 201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 78 / Occupancy sum hydrogen: 7782 / Occupancy sum non hydrogen: 9442
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8300 0 95 1809 10204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0256
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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