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- PDB-1nkg: Rhamnogalacturonan lyase from Aspergillus aculeatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkg
タイトルRhamnogalacturonan lyase from Aspergillus aculeatus
要素Rhamnogalacturonase B
キーワードLYASE / polysaccharide lyase / carbohydrate active enzyme / pectin
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnogalacturonan endolyase / rhamnogalacturonan endolyase activity / pectin catabolic process / cell wall organization / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Rhamnogalacturonase B, N-terminal / Rhamnogalacturonase B / Rhamnogalacturonan lyase, domain III / Rhamnogalacturonan lyase, domain II / Rhamnogalacturonan lyase B, N-terminal / Polysaccharide lyase family 4, domain III / Polysaccharide lyase family 4, domain II / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Carbohydrate-binding-like fold / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 ...Rhamnogalacturonase B, N-terminal / Rhamnogalacturonase B / Rhamnogalacturonan lyase, domain III / Rhamnogalacturonan lyase, domain II / Rhamnogalacturonan lyase B, N-terminal / Polysaccharide lyase family 4, domain III / Polysaccharide lyase family 4, domain II / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Carbohydrate-binding-like fold / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhamnogalacturonate lyase A
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者McDonough, M.A. / Kadirvelraj, R. / Harris, P. / Poulsen, J.C. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Rhamnogalacturonan lyase reveals a unique three-domain modular structure for polysaccharide lyase family 4.
著者: McDonough, M.A. / Kadirvelraj, R. / Harris, P. / Poulsen, J.C. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: A stepwise optimization of crystals of rhamnogalacturonan lyase from Aspergillus aculeatus
著者: Kadirvelraj, R. / Harris, P. / Poulsen, J.-C.N. / Kauppinen, S. / Larsen, S.
履歴
登録2003年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhamnogalacturonase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6686
ポリマ－54,2441
非ポリマー4245
水13,025723
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Rhamnogalacturonase B
ヘテロ分子

A: Rhamnogalacturonase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,33612
ポリマ－108,4872
非ポリマー84910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2410 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area37110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.009, 77.009, 170.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Rhamnogalacturonase B / Rhamnogalacturonan lyase / RGase B / RHG B


分子量: 54243.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus (カビ) / 遺伝子: RHGB / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: Q00019, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 20% PEG 4000, 9% PEG 400, 0.1M (NH4)2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月22日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 82997 / Num. obs: 82997 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 16.71
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 8180 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 8140 10 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.168 81321 --
obs0.164 81321 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 96.5236 Å2 / ksol: 0.312019 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 21 723 4559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.532.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 1311 10.1 %
Rwork0.171 11723 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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