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- PDB-1ezs: CRYSTAL STRUCTURE OF ECOTIN MUTANT M84R, W67A, G68A, Y69A, D70A B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ezs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ECOTIN MUTANT M84R, W67A, G68A, Y69A, D70A BOUND TO RAT ANIONIC TRYPSIN II
要素
  • ECOTIN
  • TRYPSIN II, ANIONIC
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / protein-protein interactions / macromolecular complex / protease inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / trypsin / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response ...Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / trypsin / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Ecotin / Ecotin, C-terminal / Proteinase inhibitor I11, ecotin / Proteinase inhibitor I11, ecotin, gammaproteobacteria / Ecotin superfamily / Ecotin / : / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anionic trypsin-2 / Ecotin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gillmor, S.A. / Takeuchi, T. / Yang, S.Q. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Compromise and accommodation in ecotin, a dimeric macromolecular inhibitor of serine proteases.
著者: Gillmor, S.A. / Takeuchi, T. / Yang, S.Q. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2000年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECOTIN
B: ECOTIN
C: TRYPSIN II, ANIONIC
D: TRYPSIN II, ANIONIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5286
ポリマ－79,4484
非ポリマー802
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area29400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.828, 59.682, 71.044
Angle α, β, γ (deg.)103.574, 93.274, 94.621
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is the two-ecotin, two-trypsin hetero tetramer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 ECOTIN


分子量: 15909.294 Da / 分子数: 2 / 変異: M84R, W67A, G68A, Y69A, D70A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTACTACECOTIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 25A6 / 参照: UniProt: P23827
#2: タンパク質 TRYPSIN II, ANIONIC


分子量: 23814.840 Da / 分子数: 2 / 変異: D102N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: PANCREAS / プラスミド: PYTD102N TRYPSIN / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00763, trypsin
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein: 15mg/ml complex in 10mM Tris pH 8.0 well: 0.15M Sodium Cacodylate, 0.3M Sodium Acetate, 14% Peg 4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.15 MNa-cacodylate1reservoir
20.3 MNa acetate1reservoir
314 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 29967 / Num. obs: 29967 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Num. unique all: 2791 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 61752
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.3→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: used bulk solvent correction, B-factor refinement, positional refinement, and simulated annealing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1511 5.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 29880 92.7 %-
all-29967 --
原子変位パラメータBiso mean: 38.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5244 0 2 86 5332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.641.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.192
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.052
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.112.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 226 4.9 %
Rwork0.286 4429 -
obs--87.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.WATTOPH.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONTOPH19.ION
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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