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- PDB-1ejg: CRAMBIN AT ULTRA-HIGH RESOLUTION: VALENCE ELECTRON DENSITY. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ejg
タイトルCRAMBIN AT ULTRA-HIGH RESOLUTION: VALENCE ELECTRON DENSITY.
要素CRAMBIN (PRO22,SER22/LEU25,ILE25)
キーワードPLANT PROTEIN / VALENCE ELECTRON DENSITY / MULTI-SUBSTATE / MULTIPOLE REFINEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.54 Å
データ登録者Jelsch, C. / Teeter, M.M. / Lamzin, V. / Pichon-Lesme, V. / Blessing, B. / Lecomte, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Accurate protein crystallography at ultra-high resolution: valence electron distribution in crambin.
著者: Jelsch, C. / Teeter, M.M. / Lamzin, V. / Pichon-Pesme, V. / Blessing, R.H. / Lecomte, C.
履歴
登録2000年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Other
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRAMBIN (PRO22,SER22/LEU25,ILE25)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7381
ポリマ－4,7381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.824, 18.498, 22.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CRAMBIN (PRO22,SER22/LEU25,ILE25)


分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 断片: CRAMBIN / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
生物種: Crambe hispanica / 株: subsp. abyssinica / 参照: UniProt: P01542
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein (40 mg/ml in 80% ethanol) is equilibrated against 60% ethanol. Not buffered., pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Teeter, M.M., (1993) J. Mol. Biol., 230, 292.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
280 %(v/v)ethanol1drop
360 %ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.54→50 Å / Num. obs: 79868 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 2.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 0.54→0.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1476 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 0.54 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. all: 112293 / Num. obs: 79869 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Num. measured all: 489969
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 3.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DREARデータ削減
MOLLY精密化
DREARデータスケーリング
精密化解像度: 0.54→22.37 Å / σ(F): 0
詳細: SHELX97 FOLLOWED BY MOLLY (N.K.HANSEN & P.COPPENS ACTA CRYSTALLOGR. A34, 909-921) REFINEMENT OF ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.094 11220 5 %1 REFLECTION OUT OF 20
Rwork0.09 ---
obs-100989 97.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.54→22.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数340 0 0 0 340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 0.54→0.57 Å /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 -5 %
Rwork0.197 17547 -
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: SHELXL97 DICTIONARY
ソフトウェア
*PLUS
名称: MOLLY / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.09 / Rfactor Rwork: 0.09
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.205 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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