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- PDB-1ejd: Crystal structure of unliganded mura (type1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ejd
タイトルCrystal structure of unliganded mura (type1)
要素UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / inside-out alpha/beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / : / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / PHOSPHATE ION / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Eschenburg, S. / Schonbrunn, E.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Comparative X-ray analysis of the un-liganded fosfomycin-target murA.
著者: Eschenburg, S. / Schonbrunn, E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Role of the Loop Containing Residue 115 in the Induced-fit Mechanism of the Bacterial Cell Wall Biosynthetic Enzyme MurA
著者: Schonbrunn, E. / Eschenburg, S. / Krekel, F. / Luger, K. / Amrhein, N.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyltransferase, the target of the antibiotic fosfomycin
著者: Schonbrunn, E. / Sack, S. / Eschenburg, S. / Perrakis, A. / Krekel, F. / Amrhein, N. / Mandelkow, E.
履歴
登録2000年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,58422
ポリマ－89,6592
非ポリマー1,92520
水16,628923
1
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,69510
ポリマ－44,8291
非ポリマー8659
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,89012
ポリマ－44,8291
非ポリマー1,06011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,16944
ポリマ－179,3184
非ポリマー3,85140
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area17890 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area58080 Å2
手法PISA
4
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,58422
ポリマ－89,6592
非ポリマー1,92520
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA
5
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,77924
ポリマ－89,6592
非ポリマー2,12122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.177, 156.297, 84.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-424-

HOH

21B-925-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE / MURA / EPT


分子量: 44829.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-HAI / CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / シクロヘキシルアミニウム


分子量: 100.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 M sodium/potassium phosphate including 30 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
pH: 6.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.8 Msodium/potassium phosphate1drop
240 mMcyclohexylammmonium1drop
30.8 Msodium/potassium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→17 Å / Num. all: 155426 / Num. obs: 155426 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.75 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.246 / % possible all: 87.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 738470
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: 1NAW without solvent molecules

1naw


解像度: 1.55→17 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: the following HOH were modelled as alternatives to their respective PO4: HOH 9 PO4 2424 HOH 1 PO4 2432 HOH 7 PO4 2427 HOH 11 PO4 2432 There is either the HOH molecule or the PO4, so they do ...詳細: the following HOH were modelled as alternatives to their respective PO4: HOH 9 PO4 2424 HOH 1 PO4 2432 HOH 7 PO4 2427 HOH 11 PO4 2432 There is either the HOH molecule or the PO4, so they do not see each other. The PO4 ions in these HOH-PO4 pairs are labelled alternate conformation A, and the HOH is labelled alternate conformation B. The same is valid for O HOH 8 and NH2 ARG252 in chain B. The water molecule occupies one of the alternative side chain positions. HOH 8 has alternate conformation A, since it occupies alternate conformation A NH2 ARG252.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 4686 3 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all-155426 --
obs-155426 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.2566 Å2 / ksol: 0.388307 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å20 Å20.57 Å2
2--1.55 Å20 Å2
3----3.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6286 0 110 923 7319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 676 2.9 %
Rwork0.233 22991 -
obs--87.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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