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万見
- PDB-1e4x: crossreactive binding of a circularized peptide to an anti-TGFalp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e4x
タイトルcrossreactive binding of a circularized peptide to an anti-TGFalpha antibody Fab-fragment
要素
  • (TAB2) x 3
  • CYCLIC PEPTIDE
キーワードIMMUNE SYSTEM / COMPLEX (ANTIBODY-ANTIGEN) / CROSS-REACTIVITY / PROTEIN-PEPTIDE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hahn, M. / Winkler, D. / Misselwitz, R. / Wessner, H. / Welfle, K. / Zahn, G. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Cross-Reactive Binding of Cyclic Peptides to an Anti-Tgf Alpha Antibody Fab Fragment: An X-Ray Structural and Thermodynamic Analysis
著者: Hahn, M. / Winkler, D. / Welfle, K. / Misselwitz, R. / Welfle, H. / Wessner, H. / Zahn, G. / Scholz, C. / Seifert, M. / Harkins, R. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W.
履歴
登録2000年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: TAB2
I: TAB2
L: TAB2
M: TAB2
P: CYCLIC PEPTIDE
Q: CYCLIC PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5206
ポリマ－95,5206
非ポリマー00
水7,332407
1
H: TAB2
L: TAB2
P: CYCLIC PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7473
ポリマ－47,7473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-41.6 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PQS
2
I: TAB2
M: TAB2
Q: CYCLIC PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7733
ポリマ－47,7733
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-40.5 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)173.820, 45.090, 120.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.23405, -0.18859, -0.95376), (-0.47839, -0.87637, 0.0559), (-0.84639, 0.44318, -0.29533)
ベクター: 70.50833, 13.18252, 32.89835)

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要素

#1: 抗体 TAB2


分子量: 23351.205 Da / 分子数: 1 / 断片: IG KAPPA HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MURINE FAB-FRAGMENT / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MOUSE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN
#2: 抗体 TAB2


分子量: 23377.242 Da / 分子数: 1 / 断片: IG KAPPA HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MURINE FAB-FRAGMENT / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MOUSE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN
#3: 抗体 TAB2


分子量: 23577.947 Da / 分子数: 2 / 断片: IG KAPPA LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MURINE FAB-FRAGMENT / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MOUSE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド CYCLIC PEPTIDE


分子量: 817.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN P IS A EPITOPE PEPTIDE WITH THE SEQUENCE VAL-VAL-SER-HIS-PHE-ASN-ASP, DERIVED FROM THE N- ...CHAIN P IS A EPITOPE PEPTIDE WITH THE SEQUENCE VAL-VAL-SER-HIS-PHE-ASN-ASP, DERIVED FROM THE N-TERMINUS OF TGFALPHA. CHAIN L, M: THE C-TERMINAL REGION IS THE CONSTANT REGION OF THE IG KAPPA LIGHT CHAIN. THE N-TERMINAL REGION IS THE VARIABLE REGION OF THE IG KAPPA LIGHT CHAIN. THE VARIABLE REGION IS AUTOANTIBODY REACTIVE WITH SPECTRIN, (4-HYRDOXY-3-NITROPHENYL) ACETYL, AND FLUORESCEIN, WHICH PROMOTES CENTRAL NERVOUS SYSTEM REMYELINATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN IN TRIS-HCL, 8.5, 6-10 MG/ML PRECIPITANT: 12% PEG 8000, 20 MM NA-ACETATE, pH 8.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16-10 mg/mlprotein1drop
212 %PEG80001reservoir
320 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.3
検出器タイプ: XRAY RESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 68086 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 82.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TAB2

解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 3427 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs-68086 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6708 0 0 407 7115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0360.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6252
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4253
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7053
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0119
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1670.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2450.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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