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- PDB-1dzb: Crystal structure of phage library-derived single-chain Fv fragme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dzb
タイトルCrystal structure of phage library-derived single-chain Fv fragment 1F9 in complex with turkey egg-white lysozyme
要素
  • SCFV FRAGMENT 1F9
  • TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME C
キーワードIMMUNE SYSTEM / COMPLEX (ANTIBODY ANTIGEN) / SINGLE-DOMAIN ANTIBODY / TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME / ANTIBODY- PROTEIN COMPLEX / SINGLE-CHAIN FV FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ay, J. / Keitel, T. / Kuettner, G. / Wessner, H. / Scholz, C. / Hahn, M. / Hoehne, W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of a Phage Library-Derived Single-Chain Fv Fragment Complexed with Turkey Egg -White Lysozyme at 2.0 A Resolution
著者: Ay, J. / Keitel, T. / Kuttner, G. / Wessner, H. / Scholz, C. / Hahn, M. / Hohne, W.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1998
タイトル: A Phage Library-Derived Single-Chain Fv Fragment in Complex with a Phage Library-Derived Single-Chain Fv Fragment in Complex Withturkey Egg-White Lysozyme: Characterization, ...タイトル: A Phage Library-Derived Single-Chain Fv Fragment in Complex with a Phage Library-Derived Single-Chain Fv Fragment in Complex Withturkey Egg-White Lysozyme: Characterization, Crystallization Andpreliminary X-Ray Analysis
著者: Kuttner, G. / Keitel, T. / Giessmann, E. / Wessner, H. / Scholz, C.
履歴
登録2000年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCFV FRAGMENT 1F9
B: SCFV FRAGMENT 1F9
X: TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME C
Y: TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9644
ポリマ－82,9644
非ポリマー00
水4,684260
1
A: SCFV FRAGMENT 1F9
X: TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4822
ポリマ－41,4822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SCFV FRAGMENT 1F9
Y: TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4822
ポリマ－41,4822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.710, 112.440, 80.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 SCFV FRAGMENT 1F9


分子量: 27253.922 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 400 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: TrEMBL: CAA05093, TrEMBL: CAA05094
#2: タンパク質 TURKEY EGG-WHITE LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C


分子量: 14228.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) MELEAGRIS GALLOPAVO (シチメンチョウ)
参照: UniProt: P00703, lysozyme
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A,B: EACH CHAIN IS MADE UP FROM: RESIDUES 1-116: HEAVY CHAIN VARIABLE REGION OF 1F9 RESIDUES ...CHAIN A,B: EACH CHAIN IS MADE UP FROM: RESIDUES 1-116: HEAVY CHAIN VARIABLE REGION OF 1F9 RESIDUES 117-131: GGGGSGGGGSGGGGS LINKER RESIDUES 201-307: LIGHT CHAIN VARIABLE REGION OF 1F9 RESIDUES 308-311: RAAA LINKER TO MYC TAG RESIDUES 312-322: EQKLISEEDLN MYC TAG THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOUND FOR THE LINKERPEPTIDE (GGGGS)3 BETWEEN THE HEAVY CHAIN VARIABLE REGION AND THE LIGHT CHAIN VARIABLE REGION OF THE SCFV FRAGMENT. NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR THE LAST RESIDUE OF C-TERMINUS OF VL LYS-107 AND FOR THE FOUR RESIDUES (ARG-(ALA)3) CONNECTING THE C-TERMINUS OF VL AND THE MYC-TAG. FOR THE MYC-TAG IS ALSO NO ELECTRON DENSITY VISIBLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 %
解説: THERE ARE TWO MOLECULE COMPLEXES PER ASYMMETRIC UNIT
結晶化pH: 5
詳細: A SOLUTION OF SCFV FRAGMENT 1F9/TEL COMPLEX IN A 1:1 RATION IN 5 MM TRIS/HCL PH 7.5, 0.1 M NACL WAS MIXED WITH 10% PEG4000, 0.1 M AMMONIUMACETAT AND 0.05 M SODIUMACETATE BUFFER PH 5.0 AND ...詳細: A SOLUTION OF SCFV FRAGMENT 1F9/TEL COMPLEX IN A 1:1 RATION IN 5 MM TRIS/HCL PH 7.5, 0.1 M NACL WAS MIXED WITH 10% PEG4000, 0.1 M AMMONIUMACETAT AND 0.05 M SODIUMACETATE BUFFER PH 5.0 AND EQUILIBRATED AGAINST 30% PEG4000
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55.3 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1droppH7.5
30.05 Msodium acetate1droppH5.0
410 %(w/v)PEG40001drop
50.1 M1dropNaCl
60.1 Mammonium acetate1drop
730 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.045
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 40240 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 27.683 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / % possible all: 75.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 297921
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.5 % / Num. unique obs: 3449

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JHL

1jhl


解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: THERE ARE TWO MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 2011 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-40205 87.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 0 0 260 5702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0830.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.7192.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.0254
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.9232.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.2094
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr10.67
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1660.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1940.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2640.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1650.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor10.67
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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