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- PDB-1dqd: CRYSTAL STRUCTURE OF FAB HGR-2 F6, A COMPETITIVE ANTAGONIST OF TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dqd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FAB HGR-2 F6, A COMPETITIVE ANTAGONIST OF THE GLUCAGON RECEPTOR
要素(FAB HGR-2 F6) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Glucagon receptor / monoclonal antibody / Fab / receptor antagonist / typical immunoglobulin fold / light chain / heavy chain / antigen binding site / complementarity-determining regions
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wright, L.M. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Pike, A.C.W. / Roberts, S.M. / Skovgaard, R.N. / Svendsen, I. / Vissing, H. / Bywater, R.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Structure of Fab hGR-2 F6, a competitive antagonist of the glucagon receptor.
著者: Wright, L.M. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Pike, A.C. / Roberts, S.M. / Skovgaard, R.N. / Svendsen, I. / Vissing, H. / Bywater, R.P.
履歴
登録2000年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: FAB HGR-2 F6
H: FAB HGR-2 F6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8462
ポリマ－47,8462
非ポリマー00
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.140, 133.740, 37.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The light chain and the heavy chain hydrogen bond together to form a single Fab monomer within the asymmetric unit.

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要素

#1: 抗体 FAB HGR-2 F6


分子量: 23953.500 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: Using RBF mice, monoclonal antibodies were generated against the intact Human membrane-bound glucagon receptor. Fab fragments were produced from the intact IgG monoclonal antibody by papain ...詳細: Using RBF mice, monoclonal antibodies were generated against the intact Human membrane-bound glucagon receptor. Fab fragments were produced from the intact IgG monoclonal antibody by papain digestion. Final purification of the Fab fragments was performed using both a MonoQ ion exchange column and subsequently a MonoS column.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 FAB HGR-2 F6


分子量: 23892.545 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: Using RBF mice, monoclonal antibodies were generated against the intact Human membrane-bound glucagon receptor. Fab fragments were produced from the intact IgG monoclonal antibody by papain ...詳細: Using RBF mice, monoclonal antibodies were generated against the intact Human membrane-bound glucagon receptor. Fab fragments were produced from the intact IgG monoclonal antibody by papain digestion. Final purification of the Fab fragments was performed using both a MonoQ ion exchange column and subsequently a MonoS column.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 断片: WATER / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24% (w/w) PEG 2KME, 100mM Tris HCl , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
324 %(w/w)PEG MME20001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 173940 / Num. obs: 22946 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.418 / Num. unique all: 1061 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 173940
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood method.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 1147 -RANDOM
Rwork0.217 ---
all-22946 --
obs-22425 98.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 0 380 3699
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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