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- PDB-1cbn: ATOMIC RESOLUTION (0.83 ANGSTROMS) CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYDRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cbn
タイトルATOMIC RESOLUTION (0.83 ANGSTROMS) CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYDROPHOBIC PROTEIN CRAMBIN AT 130 K
要素CRAMBIN
キーワードPLANT SEED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法X線回折 / 解像度: 0.83 Å
データ登録者Teeter, M.M. / Roe, S.M. / Heo, N.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Atomic resolution (0.83 A) crystal structure of the hydrophobic protein crambin at 130 K.
著者: Teeter, M.M. / Roe, S.M. / Heo, N.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Cryocrystallography of Biological Macromolecules: A Generally Applicable Method
著者: Hope, H.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1986
タイトル: An Empirical Examination of Potential Energy Minimization Using the Well-Determined Structure of the Protein Crambin
著者: Whitlow, M. / Teeter, M.M.
#3: ジャーナル: Ann.N.Y.Acad.Sci. / 年: 1986
タイトル: Progress in the Water Structure of the Protein Crambin by X-Ray Diffraction at 140 K
著者: Teeter, M.M. / Hope, H.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1984
タイトル: Water Structure of a Hydrophobic Protein at Atomic Resolution. Pentagon Rings of Water Molecules in Crystals of Crambin
著者: Teeter, M.M.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the Hydrophobic Protein Crambin Determined Directly from the Anomalous Scattering of Sulphur
著者: Hendrickson, W.A. / Teeter, M.M.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Highly Ordered Crystals of the Plant Seed Protein Crambin
著者: Teeter, M.M. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1991年10月11日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Atomic model / Other
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET IN SHEET *S1*, STRAND 3 IS QUESTIONABLY A STRAND. IN SHEET *S2*, STRAND 1 HAS NO HYDROGEN ...SHEET IN SHEET *S1*, STRAND 3 IS QUESTIONABLY A STRAND. IN SHEET *S2*, STRAND 1 HAS NO HYDROGEN BONDS. THE BACKBONE ATOMS ARE IN BETA CONFORMATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRAMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7742
ポリマ－4,7281
非ポリマー461
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.763, 18.492, 22.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CRAMBIN


分子量: 4728.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
生物種: Crambe hispanica / 株: subsp. abyssinica / 参照: UniProt: P01542
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.9 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
280 %(v/v)ethanol1drop
360 %ethanol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 0.826 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. all: 33221 / Num. obs: 26969 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.123
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 0.83 Å / 最低解像度: 0.85 Å / % possible obs: 91.5 % / Rmerge(I) obs: 0.215

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.106 / 最高解像度: 0.83 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 0.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数341 0 3 0 344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 0.83 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.106
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.041
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.057
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.050.078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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