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- PDB-1c8f: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c8f
タイトルFELINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE
要素FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS CAPSID
キーワードVIRUS / beta barrel / viral capsid / icosahedral symmetry / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Feline panleukopenia virus (ネコ汎白血球減少症ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Rossmann, M.G. / Simpson, A.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Host range and variability of calcium binding by surface loops in the capsids of canine and feline parvoviruses.
著者: Simpson, A.A. / Chandrasekar, V. / Hebert, B. / Sullivan, G.M. / Rossmann, M.G. / Parrish, C.R.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Structure Determination of Feline Panleukopenia Virus Empty Particles
著者: Agbandje, M. / McKenna, R. / Rossmann, M.G. / Strassheim, M.L. / Parrish, C.R.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structural Refinement of the DNA-Containing Capsid of Canine Parvovirus using RSRef, a Resolution-Dependent Stereochemically Restrained Real-Space Refinement Method
著者: Chapman, M.S. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: Virology / 年: 1996
タイトル: Structural Analysis of a Mutation in Canine Parvovirus which Controls Antigenicity and Host Range
著者: Llamas-Saiz, A.L. / Agbandje-McKenna, M. / Parker, J.S. / Wahid, A.T. / Parrish, C.R. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Canine Parvovirus and its Functional Implications
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Agbandje, M. / Keller, W. / Smith, K. / Wu, H. / Luo, M. / Smith, T.J. / Rossmann, M.G. / Compans, R.W. / Parrish, C.R.
履歴
登録2000年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS CAPSID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7414
ポリマ－61,6211
非ポリマー1203
水00
1
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS CAPSID
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,704,444240
ポリマ－3,697,23060
非ポリマー7,214180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS CAPSID
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 309 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,70420
ポリマ－308,1035
非ポリマー60115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS CAPSID
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 370 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,44424
ポリマ－369,7236
非ポリマー72118
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS CAPSID
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.7 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,704,444240
ポリマ－3,697,23060
非ポリマー7,214180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)380.12, 379.25, 350.82
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.68792132, 0.6514864, -0.31989009), (-0.62593677, 0.30944772, -0.7158529), (-0.36737919, 0.69268137, 0.62066495)60.6679, 118.90606, 71.3151
3generate(0.18296741, 0.42819046, -0.88497222), (-0.3613005, -0.80788937, -0.46559288), (-0.91432211, 0.40492916, 0.00688798)157.05533, 66.67589, 175.65377
4generate(0.18296741, -0.36130042, -0.91432208), (0.4281905, -0.80788939, 0.40492923), (-0.88497223, -0.46559284, 0.006888)155.95814, -84.5102, 168.82352
5generate(0.68792132, -0.62593667, -0.36737917), (0.65148649, 0.30944768, 0.69268145), (-0.31989008, -0.71585283, 0.62066498)58.89261, -125.71817, 60.26352
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26generate(-0.13669577, -0.53005044, 0.8368756), (0.91024646, -0.40053172, -0.10500386), (0.39085261, 0.74740938, 0.5372275)-151.08204, 8.03906, 86.92565
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50generate(0.62523566, -0.39348845, -0.67397858), (-0.29324469, 0.68186216, -0.67012806), (0.72324816, 0.61662856, 0.31093615)114.14881, 114.13784, 125.64063
51generate(-0.47537485, -0.3386275, 0.81200378), (-0.03665115, 0.92978, 0.36628654), (-0.87901959, 0.14436256, -0.45440515)-145.51634, -64.47162, 254.0909
52generate(-0.41337439, 0.14797213, 0.89845746), (-0.74176266, 0.51756044, -0.42652016), (-0.52811916, -0.84275462, -0.10418605)-156.71306, 69.98307, 185.52226
53generate(-0.70706483, 0.39882658, 0.58394915), (-0.67753983, -0.61853295, -0.39794072), (0.20248247, -0.67701868, 0.70756381)-100.12325, 56.10564, 45.84371
54generate(-0.95057598, 0.06726355, 0.30311863), (0.06726357, -0.90845772, 0.41252904), (0.30311868, 0.41252895, 0.8590337)-53.9521, -86.92578, 28.08625
55generate(-0.80738369, -0.38850814, 0.44406414), (0.46335457, 0.04845231, 0.88484747), (-0.36528635, 0.92017047, 0.1408974)-82.00657, -161.44662, 156.79009
56generate(-0.13669579, 0.91024634, 0.39085257), (-0.53005046, -0.40053174, 0.74740947), (0.83687562, -0.10500389, 0.53722753)-61.94492, -141.83026, 80.58216
57generate(-0.80738371, 0.4633545, -0.36528637), (-0.38850816, 0.04845231, 0.92017056), (0.44406416, 0.88484737, 0.14089741)65.86953, -168.31138, 157.18048
58generate(-0.71124848, -0.63564258, -0.30014006), (-0.63564265, 0.39927067, 0.6607128), (-0.30014008, 0.66071277, -0.6880222)45.93249, -120.49803, 299.38274
59generate(0.01885429, -0.86796828, 0.49626152), (-0.92992247, 0.1671043, 0.32759799), (-0.36727215, -0.46766128, -0.80399258)-94.20373, -64.46663, 310.67026
60generate(0.37394739, 0.08744361, 0.92331845), (-0.86466291, -0.32720078, 0.38117948), (0.3354422, -0.94090019, -0.04674661)-160.87564, -77.65068, 175.44406

-
要素

#1: タンパク質 FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS CAPSID


分子量: 61620.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Feline panleukopenia virus (ネコ汎白血球減少症ウイルス)
属: Parvovirus / 参照: UniProt: P24840
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY
由来についての詳細VIRUS GROWN IN A CELL CULTURE OF NORDEN LABORATORY FELINE KIDNEY CELLS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.75-1.5% PEG8000, 8 mM CaCl2, 20 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlvirus1drop
220 mMBis-Tris1drop
320 mMTris-HCl1drop
40.75-1.50 %PEG80001reservoir
58 mM or 5 mM EDTA1reservoirCaCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12771
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9, 1.4
検出器
ID検出器日付
1OSCILLATION CAMERA1992年1月15日
2OSCILLATION CAMERA1993年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.41
反射解像度: 2.7→37.8 Å / Num. all: 918139 / Num. obs: 547268 / % possible obs: 59.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / % possible all: 35
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 35 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GLRF位相決定
TRANSFモデル構築
ENVELOPEモデル構築
CNS0.5精密化
TRANSF位相決定
ENVELOPE位相決定
精密化解像度: 3→9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: restrained least squares with strictly enforced icosahedral symmetry
Rfactor反射数%反射
Rwork0.285 --
all0.285 918139 -
obs0.285 547268 59.6 %
Rfree-0 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4351 0 3 0 4354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008638
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.589
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.395

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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