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万見
- PDB-1c5r: STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c5r
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
要素PROTEIN (TRYPSIN)
キーワードHYDROLASE / selective / S1 site inhibitor / structure-based drug design / urokinase / trypsin / thrombin
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE / CITRATE ANION / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Katz, B.A. / Mackman, R. / Luong, C. / Radika, K. / Martelli, A. / Sprengeler, P.A. / Wang, J. / Chan, H. / Wong, L.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for selectivity of a small molecule, S1-binding, submicromolar inhibitor of urokinase-type plasminogen activator.
著者: Katz, B.A. / Mackman, R. / Luong, C. / Radika, K. / Martelli, A. / Sprengeler, P.A. / Wang, J. / Chan, H. / Wong, L.
履歴
登録1999年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (TRYPSIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0496
ポリマ－23,3241
非ポリマー7245
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.000, 55.000, 109.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-387-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (TRYPSIN)


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin

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非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ESI / 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE


分子量: 303.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8IN2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 18 %
結晶化pH: 5.5
詳細: trypsin-benzamidine, P3(1) 2 1 were grown by vapor diffusion, as described for P2(1) 2(1) 2(1) (large cell) (Mangel, et al., Biochemistry 29, 8351-8357, 1990) The crystal was soaked in a ...詳細: trypsin-benzamidine, P3(1) 2 1 were grown by vapor diffusion, as described for P2(1) 2(1) 2(1) (large cell) (Mangel, et al., Biochemistry 29, 8351-8357, 1990) The crystal was soaked in a solution of 85 % saturated citrate, 1 mM CaCl2, 2.0 % DMSO, saturated with inhibitor, pH 5.50 over a period of several days with several replacements of the soaking solution.
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: batch method / 詳細: Katz, B.A., (1999) J. Mol. Biol., 292, 669.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0 mM11Zn2+
21.51 M11MgSO4-7H2O
30.59 mMtrypsin11
45.0 %(v/v)DMSO11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月17日 / 詳細: MSC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→28.92 Å / Num. all: 23913 / % possible obs: 66 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.47→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 33.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.47 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
bioteX(MSC)データ収集
bioteX(MSC)データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
Quantaモデル構築
Insight IIモデル構築
X-PLOR3.1精密化
bioteXデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.47→7.5 Å / 交差検証法: X-PLOR / σ(F): 2
詳細: Bulk solvent terms included in Fob file created with standard X-PLOR script. Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Gln50, Met104, Ser110, Ser170, Ser236 Disordered ...詳細: Bulk solvent terms included in Fob file created with standard X-PLOR script. Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Gln50, Met104, Ser110, Ser170, Ser236 Disordered waters are: HOH283 which is close to HOH315; HOH387 which is close to a symmetry-related equivalent of itself; HOH597 which is close to a symmetry-related equivalent of itself. HOH364 WHICH IS CLOSE TO HOH437 WHICH IS CLOSE TO HOH360; HOH450 WHICH IS CLOSE TO HOH452 AND TO HOH465; HOH391 WHICH IS CLOSE TO HOH468; HOH473 WHICH IS CLOSE TO HOH472 AND HOH480; HOH410 WHICH IS CLOSE TO HOH411; HOH459 WHICH IS CLOSE TO HOH461; HOH462 WHICH IS CLOSE TO HOH465; HOH455 WHICH IS CLOSE TO A SYMMETRY-EQUIVALENT OF HOH456. HIS91 is MONOPROTONATED ON THE EPSILON NITROGEN His40 and HIS57 are DIPROTONATED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 2152 10 %
Rwork0.192 --
obs0.192 21757 66 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 0 50 717 4026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.5
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.54 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.462 120 10 %
Rwork0.419 1262 -
obs--33.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1tr6860cit55_parmallh3x.protr6860cit55_topallh6x.pro
X-RAY DIFFRACTION2tr6860cit55_param11_ucsf.wat
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7.5 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.462 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.419

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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