[日本語] English
万見
- PDB-1bev: BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bev
タイトルBOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27
要素(BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO ...) x 4
キーワードVIRUS / COAT PROTEIN / BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 / PICORNAVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine enterovirus
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Smyth, M. / Tate, J. / Lyons, C. / Hoey, E. / Martin, S. / Stuart, D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Implications for viral uncoating from the structure of bovine enterovirus.
著者: Smyth, M. / Tate, J. / Hoey, E. / Lyons, C. / Martin, S. / Stuart, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of Bovine Enterovirus
著者: Smyth, M. / Fry, E. / Stuart, D. / Lyons, C. / Hoey, E. / Martin, S.J.
#2: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 1990
タイトル: Chemically Synthesized Peptides Elicit Neutralizing Antibody to Bovine Enterovirus
著者: Smyth, M.S. / Hoey, E.M. / Trudgett, A. / Martin, S.J. / Brown, F.
#3: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 1988
タイトル: The Complete Nucleotide Sequence of a Bovine Enterovirus
著者: Earle, J.A. / Skuce, R.A. / Fleming, C.S. / Hoey, E.M. / Martin, S.J.
履歴
登録1996年4月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9247
ポリマ－92,5044
非ポリマー4203
水2,342130
1
1: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,575,445420
ポリマ－5,550,215240
非ポリマー25,230180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 465 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,62035
ポリマ－462,51820
非ポリマー2,10215
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 558 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)557,54542
ポリマ－555,02224
非ポリマー2,52318
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
2: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
3: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
4: BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 5.58 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,575,445420
ポリマ－5,550,215240
非ポリマー25,230180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)388.200, 392.600, 360.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.55149312, -0.69102, 0.46727583), (0.81438692, 0.32470864, -0.48097634), (0.18063577, 0.64579847, 0.74183223)17.19674, -52.10501, -2.95034
3generate(-0.17420625, -0.30370692, 0.93670395), (0.62668572, -0.76793573, -0.1324376), (0.75955065, 0.56394753, 0.324108)61.30759, -53.60011, -35.68199
4generate(-0.17420625, 0.62668572, 0.75955065), (-0.30370692, -0.76793573, 0.56394753), (0.93670395, -0.1324376, 0.324108)71.37287, -2.41913, -52.96092
5generate(0.55149312, 0.81438692, 0.18063577), (-0.69102, 0.32470864, 0.64579847), (0.46727583, -0.48097634, 0.74183223)33.48269, 30.70756, -30.90823
6generate(-0.38010991, -0.43591294, 0.81577961), (-0.43591294, -0.69346164, -0.57366442), (0.81577961, -0.57366442, 0.07357154)88.26123, 75.1111, -26.93174
7generate(-0.41727082, 0.64794807, 0.63721924), (-0.90877339, -0.29442003, -0.29571569), (-0.00399831, -0.70248142, 0.71169085)102.031, 105.44015, 16.77073
8generate(0.41266303, 0.91025203, -0.03391849), (-0.79437093, 0.34140711, -0.50241021), (-0.4457399, 0.23426998, 0.86396384)59.21395, 106.02543, 51.20504
9generate(0.96275128, -0.01149622, -0.27014406), (-0.25080587, 0.33532829, -0.90810316), (0.1010267, 0.9420312, 0.31995442)18.98179, 76.05811, 28.78414
10generate(0.47279066, -0.84347193, 0.25499824), (-0.02926665, -0.30425577, -0.95214069), (0.88068863, 0.44270028, -0.16853488)36.934, 56.952, -19.50705
11generate(-0.89787379, 0.41583, 0.14459623), (0.41583, 0.69314604, 0.5887563), (0.14459623, 0.5887563, -0.79527225)176.89653, -74.00978, 87.89797
12generate(-0.13040546, 0.84885236, -0.51229297), (0.9001669, 0.31794158, 0.29767886), (0.41556464, -0.42233023, -0.80557011)139.3626, -104.71227, 62.05373
13generate(0.52683811, 0.03490446, -0.84924866), (0.80913477, -0.3265544, 0.48853163), (-0.26027395, -0.9445337, -0.20028371)94.40203, -106.67694, 93.58231
14generate(0.16556864, -0.90116538, -0.40060953), (0.26853691, -0.34967036, 0.89756257), (-0.94893359, -0.25618666, 0.18410172)104.14881, -77.18868, 138.91229
15generate(-0.71495174, -0.66574044, 0.21362039), (0.0254612, 0.28053917, 0.95950482), (-0.69871005, 0.69143867, -0.18362142)155.13321, -56.99927, 135.39917
16generate(0.2779837, 0.02008295, -0.96037583), (0.02008295, -0.99968441, -0.01509188), (-0.96037583, -0.01509188, -0.27829929)124.9883, -1.10138, 166.30041
17generate(-0.00381684, -0.80578043, -0.5922021), (-0.80578043, -0.3482302, 0.47901318), (-0.5922021, 0.47901318, -0.64795296)131.55573, 51.37706, 151.39252
18generate(-0.76529489, -0.64144957, -0.0535368), (-0.64144957, 0.75308302, 0.14631618), (-0.0535368, 0.14631618, -0.98778813)175.22249, 54.25156, 118.16128
19generate(-0.95411366, 0.28597587, -0.08879706), (0.28597587, 0.7822778, -0.55340694), (-0.08879706, -0.55340694, -0.82816414)195.6426, 3.54964, 112.53113
20generate(-0.30933204, 0.69482545, -0.64925441), (0.69482545, -0.30099204, -0.6531626), (-0.64925441, -0.6531626, -0.38967593)164.59616, -30.66036, 142.28275
21generate(0.75146991, 0.20212977, 0.62804182), (0.65402176, -0.3535731, -0.66876124), (0.08688213, 0.91330697, -0.39789681)-11.44248, -25.79425, 70.94966
22generate(0.69248915, -0.048059, 0.71982575), (-0.048059, -0.99863534, -0.02043978), (0.71982575, -0.02043978, -0.6938538)-10.90456, 5.84879, 26.02982
23generate(0.47279066, -0.02926665, 0.88068863), (-0.84347193, -0.30425577, 0.44270028), (0.25499824, -0.95214069, -0.16853488)1.38438, 57.11654, 41.52059
24generate(0.39599029, 0.23253644, 0.88832342), (-0.63298338, 0.76995665, 0.08061511), (-0.66522457, -0.59421676, 0.45208705)8.44144, 57.15871, 96.01426
25generate(0.56822354, 0.37554729, 0.73217911), (0.29251862, 0.73947687, -0.60630588), (-0.76912604, 0.55869329, 0.31033359)0.51401, 5.91702, 114.20243
26generate(0.13859157, -0.82802995, 0.54328517), (-0.64003484, 0.34373735, 0.68716812), (-0.75574319, -0.44295715, -0.48232892)53.15112, 23.38416, 157.93353
27generate(-0.49976773, -0.01378529, 0.86604976), (0.05108753, 0.99766349, 0.04536111), (-0.86465154, 0.06691437, -0.49789576)97.07607, -7.56017, 169.44053
28generate(-0.13040546, 0.9001669, 0.41556464), (0.84885236, 0.31794158, -0.42233023), (-0.51229297, 0.29767886, -0.80557011)86.64483, -58.79872, 152.55374
29generate(0.73623228, 0.65077576, -0.18561506), (0.65077576, -0.75607579, -0.06957236), (-0.18561506, -0.06957236, -0.98015649)36.27302, -59.52156, 130.61012
30generate(0.90248158, -0.41730864, -0.10667943), (-0.26940714, -0.74013313, 0.61613533), (-0.33607557, -0.52731059, -0.78038244)15.57277, -8.72975, 133.93501
31generate(-0.49986104, 0.82235276, -0.27179934), (-0.83095565, -0.36685332, 0.41824795), (0.24423686, 0.43491905, 0.86671435)161.73397, 57.28505, -16.24916
32generate(0.34494672, 0.43691142, -0.83073472), (-0.68147633, 0.72519042, 0.09843208), (0.64544695, 0.53217222, 0.54789685)111.09119, 60.87624, -37.26765
33generate(0.39599029, -0.63298338, -0.66522457), (0.23253644, 0.76995665, -0.59421676), (0.88832342, 0.08061511, 0.45208705)96.70883, 11.08061, -55.51339
34generate(-0.41727082, -0.90877339, -0.00399831), (0.64794807, -0.29442003, -0.70248142), (0.63721924, -0.29571569, 0.71169085)138.46281, -23.28597, -45.77139
35generate(-0.97093739, -0.00932619, 0.23915186), (-0.00932619, -0.99700723, -0.07674382), (0.23915186, -0.07674382, 0.96794461)178.65056, 5.26994, -21.50476
36generate(-0.39020044, -0.19645258, -0.89952765), (0.81696873, 0.37668906, -0.43665483), (0.4246242, -0.90526887, 0.01351138)186.70346, -54.87503, 14.63261
37generate(-0.53766814, -0.37506713, -0.75514079), (0.6784478, -0.72421856, -0.12335341), (-0.50062117, -0.57864681, 0.64385271)192.88337, -59.16494, 69.06393
38generate(-0.73837548, -0.23791687, -0.63102869), (-0.23791687, -0.78364246, 0.57384672), (-0.63102869, 0.57384672, 0.52201794)205.40803, -9.3985, 88.70569
39generate(-0.71495174, 0.0254612, -0.69871005), (-0.66574044, 0.28053917, 0.69143867), (0.21362039, 0.95950482, -0.18362142)206.96879, 25.64876, 46.41364
40generate(-0.49976773, 0.05108753, -0.86465154), (-0.01378529, 0.99766349, 0.06691437), (0.86604976, 0.04536111, -0.49789576)195.40873, -2.45728, 0.63396
41generate(0.75146991, 0.65402176, 0.08688213), (0.20212977, -0.3535731, 0.91330697), (0.62804182, -0.66876124, -0.39789681)19.30442, -71.60611, 18.1668
42generate(0.96275128, -0.25080587, 0.1010267), (-0.01149622, 0.33532829, 0.9420312), (-0.27014406, -0.90810316, 0.31995442)-2.10689, -52.40178, 64.98681
43generate(0.34494672, -0.68147633, 0.64544695), (0.43691142, 0.72519042, 0.53217222), (-0.83073472, 0.09843208, 0.54789685)27.21946, -72.85107, 106.71396
44generate(-0.24815886, -0.04281768, 0.96777261), (0.92766857, 0.27723707, 0.25014122), (-0.27901291, 0.95984699, -0.02907822)66.75546, -104.69376, 85.68275
45generate(0.00308629, 0.78256553, 0.62256057), (0.78256553, -0.38947544, 0.48569545), (0.62256057, 0.48569545, -0.61361085)61.86369, -103.92433, 30.9576
46generate(-0.49986104, -0.83095565, 0.24423686), (0.82235276, -0.36685332, 0.43491905), (-0.27179934, 0.41824795, 0.86671435)132.41448, -104.92009, 34.08321
47generate(-0.90827142, 0.23332329, 0.34727981), (0.23332329, -0.40651258, 0.88335031), (0.34727981, 0.88335031, 0.31478401)166.39487, -72.94658, 5.05924
48generate(-0.24815886, 0.92766857, -0.27901291), (-0.04281768, 0.27723707, 0.95984699), (0.96777261, 0.25014122, -0.02907822)137.59366, -50.35902, -35.92438
49generate(0.56822354, 0.29251862, -0.76912604), (0.37554729, 0.73947687, 0.55869329), (0.73217911, -0.60630588, 0.31033359)85.81315, -68.37267, -32.22967
50generate(0.41266303, -0.79437093, -0.4457399), (0.91025203, 0.34140711, 0.23426998), (-0.03391849, -0.50241021, 0.86396384)82.61224, -102.09326, 11.0374
51generate(-0.39020044, 0.81696873, 0.4246242), (-0.19645258, 0.37668906, -0.90526887), (-0.89952765, -0.43665483, 0.01351138)111.46959, 70.59564, 143.78577
52generate(0.52683811, 0.80913477, -0.26027395), (0.03490446, -0.3265544, -0.9445337), (-0.84924866, 0.48853163, -0.20028371)60.93847, 50.26077, 151.02887
53generate(0.90248158, -0.26940714, -0.33607557), (-0.41730864, -0.74013313, -0.52731059), (-0.10667943, 0.61613533, -0.78038244)28.60629, 70.66283, 111.56053
54generate(0.21760346, -0.92814873, 0.3019746), (-0.92814873, -0.29249538, -0.2301877), (0.3019746, -0.2301877, -0.92510808)59.15503, 103.60687, 79.92466
55generate(-0.58131796, -0.25673152, 0.77211291), (-0.79165219, 0.39773869, -0.46377877), (-0.18803255, -0.88084781, -0.43445472)110.36737, 103.56535, 99.84095
56generate(0.13859157, -0.64003484, -0.75574319), (-0.82802995, 0.34373735, -0.44295715), (0.54328517, 0.68716812, -0.48232892)126.95757, 105.93049, 31.23085
57generate(-0.58131796, -0.79165219, -0.18803255), (-0.25673152, 0.39773869, -0.88084781), (0.77211291, -0.46377877, -0.43445472)164.91961, 75.08752, 6.19171
58generate(-0.99926945, 0.0232149, -0.03035847), (0.0232149, -0.26229436, -0.96470863), (-0.03035847, -0.96470863, 0.26156381)196.72665, 52.5472, 44.91652
59generate(-0.53766814, 0.6784478, -0.50062117), (-0.37506713, -0.72421856, -0.57864681), (-0.75514079, -0.12335341, 0.64385271)178.42243, 69.45949, 93.8889
60generate(0.16556864, 0.26853691, -0.94893359), (-0.90116538, -0.34967036, -0.25618666), (-0.40060953, 0.89756257, 0.18410172)135.30277, 102.45218, 85.43069

-
要素

-
BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 31238.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine enterovirus (STRAIN VG-5-27) (エンテロウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Bovine enterovirus / 株: VG-5-27 / 器官: KIDNEY / プラスミド: PBEV / 細胞株 (発現宿主): BHK CELLS / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P12915
#2: タンパク質 BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 27325.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine enterovirus (STRAIN VG-5-27) (エンテロウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Bovine enterovirus / 株: VG-5-27 / 器官: KIDNEY / プラスミド: PBEV / 細胞株 (発現宿主): BHK CELLS / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P12915
#3: タンパク質 BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 26627.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine enterovirus (STRAIN VG-5-27) (エンテロウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Bovine enterovirus / 株: VG-5-27 / 器官: KIDNEY / プラスミド: PBEV / 細胞株 (発現宿主): BHK CELLS / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P12915
#4: タンパク質 BOVINE ENTEROVIRUS COAT PROTEINS VP1 TO VP4


分子量: 7311.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine enterovirus (STRAIN VG-5-27) (エンテロウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Bovine enterovirus / 株: VG-5-27 / 器官: KIDNEY / プラスミド: PBEV / 細胞株 (発現宿主): BHK CELLS / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P12915

-
非ポリマー , 3種, 133分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細RESIDUE GLY 4 1 IS MYRISTOYLATED.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Smyth, M., (1993) J. Mol. Biol., 231, 930.

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87, 0.91, 0.95, 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
20.911
30.951
40.991
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 840070 / % possible obs: 42.5 % / 冗長度: 1.57 % / Rmerge(I) obs: 0.161

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→25 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.225 --
obs0.225 840070 42.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 26 130 6472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.423
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.423

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る