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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1axe | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVE-SITE MUTANT PHE93->TRP OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH NAD AND INHIBITOR TRIFLUOROETHANOL | ||||||
![]() | ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D)) / ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colby, T.D. / Chin, J.K. / Goldstein, B.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A link between protein structure and enzyme catalyzed hydrogen tunneling. 著者: Bahnson, B.J. / Colby, T.D. / Chin, J.K. / Goldstein, B.M. / Klinman, J.P. #1: ![]() タイトル: Refined Crystal Structure of Liver Alcohol Dehydrogenase-Nadh Complex at 1.8 A Resolution 著者: Al-Karadaghi, S. / Cedergren-Zeppezauer, E.S. / Hovmoller, S. / Petratos, K. / Terry, H. / Wilson, K.S. #2: ![]() タイトル: Interdomain Motion in Liver Alcohol Dehydrogenase. Structural and Energetic Analysis of the Hinge Bending Mode 著者: Colonna-Cesari, F. / Perahia, D. / Karplus, M. / Eklund, H. / Branden, C.I. / Tapia, O. #3: ![]() タイトル: Crystallographic Investigations of Nicotinamide Adenine Dinucleotide Binding to Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Jones, T.A. #4: ![]() タイトル: Crystal-Structure Determination of Reduced Nicotinamide Adenine Dinucleotide Complex with Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Maintained in its Apo Conformation by Zinc-Bound Imidazole 著者: Cedergren-Zeppezauer, E. #5: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Isonicotinimidylated Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Plapp, B.V. / Eklund, H. / Jones, T.A. / Branden, C.I. #6: ![]() タイトル: Crystal Structures of the Active Site in Specifically Metal-Depleted and Cobalt-Substituted Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Derivatives 著者: Schneider, G. / Eklund, H. / Cedergren-Zeppezauer, E. / Zeppezauer, M. #7: ![]() タイトル: Pyrazole Binding in Crystalline Binary and Ternary Complexes with Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Wallen, L. #8: ![]() タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4- ...タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4-(N,N-Dimethylamino)Cinnamaldehyde to the Enzyme 著者: Cedergren-Zeppezauer, E. / Samama, J.P. / Eklund, H. #9: ![]() タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.P. / Branden, C.I. #10: ![]() タイトル: Structural Differences between Apo-and Holoenzyme of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Branden, C.I. #11: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 A Resolution 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.122993, 0.984919, 0.121686), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39892.309 Da / 分子数: 2 / 変異: F93W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HOLO-ENZYME / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM HANGING DROPS. THE INITIAL DROP CONTAINING 16MG/ML PROTEIN, A 10X EXCESS OF NAD, 5MM TRIFLUOROETHANOL AND 5% V/V OF PEG400 IN 50MM TRIS-HCL PH 8.4 WERE EQUILIBRATED ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM HANGING DROPS. THE INITIAL DROP CONTAINING 16MG/ML PROTEIN, A 10X EXCESS OF NAD, 5MM TRIFLUOROETHANOL AND 5% V/V OF PEG400 IN 50MM TRIS-HCL PH 8.4 WERE EQUILIBRATED AT 4 DEGREES C OVER WELLS OF SIMILAR COMPOSITION CONTAINING 15-17% PEG400., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月17日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→99 Å / Num. obs: 43756 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.83 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 64.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2OHX 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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