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- PDB-1aqd: HLA-DR1 (DRA, DRB1 0101) HUMAN CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aqd
タイトルHLA-DR1 (DRA, DRB1 0101) HUMAN CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN (EXTRACELLULAR DOMAIN) COMPLEXED WITH ENDOGENOUS PEPTIDE
要素
  • (HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN) x 2
  • HLA-A2
キーワードCOMPLEX (MHC PROTEIN/ANTIGEN) / COMPLEX (MHC PROTEIN-ANTIGEN) / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / COMPLEX (MHC PROTEIN-ANTIGEN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / intermediate filament / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / endoplasmic reticulum exit site / humoral immune response / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / TAP binding / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / PD-1 signaling / epidermis development / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / Endosomal/Vacuolar pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / structural constituent of cytoskeleton / MHC class I protein complex / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of viral entry into host cell / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Murthy, V.L. / Stern, L.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The class II MHC protein HLA-DR1 in complex with an endogenous peptide: implications for the structural basis of the specificity of peptide binding.
著者: Murthy, V.L. / Stern, L.J.
#1: ジャーナル: Thesis / 年: 1996
タイトル: Three Dimensional Structure of a Human Class II Mhc Protein Hla-Dr1 Bound to an Endogenous Peptide
著者: Murthy, V.L.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of the Human Class II Mhc Protein Hla-Dr1 Complexed with an Influenza Virus Peptide
著者: Stern, L.J. / Brown, J.H. / Jardetzky, T.S. / Gorga, J.C. / Urban, R.G. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Human Class II Histocompatibility Antigen Hla-Dr1
著者: Brown, J.H. / Jardetzky, T.S. / Gorga, J.C. / Stern, L.J. / Urban, R.G. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録1997年7月28日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
B: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
C: HLA-A2
D: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
E: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
F: HLA-A2
G: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
H: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
I: HLA-A2
J: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
K: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
L: HLA-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,14712
ポリマ－188,14712
非ポリマー00
水2,738152
1
A: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
B: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
C: HLA-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
2
G: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
H: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
I: HLA-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
3
D: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
E: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
F: HLA-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
4
J: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
K: HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
L: HLA-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.514, 134.320, 131.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.79191, 0.53255, 0.29877), (0.51517, 0.32, 0.79511), (0.32783, 0.78358, -0.52777)27.22638, -39.64445, 49.03718
2given(0.00458, -0.99941, -0.03407), (0.9993, 0.00584, -0.03683), (0.037, -0.03388, 0.99874)45.1323, -22.11342, -61.74336
3given(-0.51898, -0.34098, -0.78383), (-0.79916, 0.51896, 0.30336), (0.30334, 0.78384, -0.54183)83.35107, 3.8172, -10.51804
詳細THERE ARE FOUR MOLECULES IN THIS COORDINATE SET EACH MOLECULE HAS ONE ALPHA CHAIN : RESIDUES 3-182 EACH MOLECULE HAS ONE BETA CHAIN : RESIDUES 4-190 EACH MOLECULE HAS ONE PEPTIDE CHAIN: RESIDUES 3-14 MOLECULE THREE IS THE MOST WELL DEFINED. MOLECULES 1 - 2 AND 3 - 4 EACH FORM THE SO-CALLED "DIMER OF DIMERS".

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要素

#1: タンパク質
HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN / DRA / DRB1 01010


分子量: 22222.027 Da / 分子数: 4 / 断片: SECRETED EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: LYMPHOID / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: DRA*0101, DRB1*0101 / 器官: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質
HLA-DR1 CLASS II HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN / DRA / DRB1 01010


分子量: 22956.596 Da / 分子数: 4 / 断片: SECRETED EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: LYMPHOID / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: DRA*0101, DRB1*0101 / 器官: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド
HLA-A2


分子量: 1858.045 Da / 分子数: 4 / 断片: ANTIGENIC PEPTIDE / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HLA-DR1 IS A CLASS II MHC PROTEIN, HLA-A2 IS A CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化pH: 3.5
詳細: CRYSTALS GREW AS NEEDLES FROM 10MG/ML HLA-DR1 / PEPTIDE COMPLEX, 15% PEG 4000, 100MM GLYCINE, PH 3.5, AT ROOM TEMPERATURE, OVER ONE WEEK.
Temp details: room temp
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
215 %PEG400011
3100 mMglycine11

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 73538 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.57 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 70
反射
*PLUS
Num. measured all: 157895 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70 % / Num. unique obs: 7700 / Num. measured obs: 13661 / Rmerge(I) obs: 0.331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DLH

1dlh


解像度: 2.45→6 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: REFMAC USED IN LATER STAGES OF REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 6884 10 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 68842 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11867 0 0 152 12019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.15
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it0.2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it0.2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it0.25
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11RESTRAINTS (INTER AND INTRADIMER)X-RAY DIFFRACTION0.10.1
22X-RAY DIFFRACTION0.10.1
33X-RAY DIFFRACTION0.10.1
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.57 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 770 10 %
Rwork0.319 6930 -
obs--70 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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