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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ad0 | ||||||
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タイトル | FAB FRAGMENT OF ENGINEERED HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY A5B7 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN / FAB FRAGMENT | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Banfield, M.J. / Brady, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1997 タイトル: VL:VH domain rotations in engineered antibodies: crystal structures of the Fab fragments from two murine antitumor antibodies and their engineered human constructs. 著者: Banfield, M.J. / King, D.J. / Mountain, A. / Brady, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ad0.cif.gz | 171.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ad0.ent.gz | 139 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ad0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ad0_validation.pdf.gz | 452.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ad0_full_validation.pdf.gz | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ad0_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ad0_validation.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1ad0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1ad0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23182.686 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): NSO CELLS / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 243868 #2: 抗体 | 分子量: 23830.668 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): NSO CELLS / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PEG6000/400 CACL2, BUFFERED AT PH6 WITH 40MM BIS-TRIS, pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 29480 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 49216 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.179 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CLO 解像度: 2.5→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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