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- EMDB-9302: Human TFIID Lobe A canonical -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9302
タイトルHuman TFIID Lobe A canonical
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: General transcription factor IID
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
キーワードTranscription / DNA / Nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase transcription factor SL1 complex ...SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / histone H4K16ac reader activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation / positive regulation of response to cytokine stimulus / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / maintenance of protein location in nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / female germ cell nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / histone H3K4me3 reader activity / male pronucleus / host-mediated activation of viral transcription / female pronucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / limb development / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / midbrain development / cellular response to ATP / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of RNA splicing / negative regulation of cell cycle / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / aryl hydrocarbon receptor binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / TFIIB-class transcription factor binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / MLL1 complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / somitogenesis / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / transcription regulator inhibitor activity / ovarian follicle development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to interleukin-1 / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear estrogen receptor binding / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / nuclear receptor binding / male germ cell nucleus / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / promoter-specific chromatin binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / G1/S transition of mitotic cell cycle / euchromatin / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / protein polyubiquitination / p53 binding / cellular response to UV / kinase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / HATs acetylate histones / protein autophosphorylation
類似検索 - 分子機能
TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF ...TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Histone-fold / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Patel AB / Louder RK
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM63072 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of human TFIID and mechanism of TBP loading onto promoter DNA.
著者: Avinash B Patel / Robert K Louder / Basil J Greber / Sebastian Grünberg / Jie Luo / Jie Fang / Yutong Liu / Jeff Ranish / Steve Hahn / Eva Nogales /
要旨: The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and ...The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and initiating PIC assembly. We used cryo-electron microscopy, chemical cross-linking mass spectrometry, and biochemical reconstitution to determine the complete molecular architecture of TFIID and define the conformational landscape of TFIID in the process of TATA box-binding protein (TBP) loading onto promoter DNA. Our structural analysis revealed five structural states of TFIID in the presence of TFIIA and promoter DNA, showing that the initial binding of TFIID to the downstream promoter positions the upstream DNA and facilitates scanning of TBP for a TATA box and the subsequent engagement of the promoter. Our findings provide a mechanistic model for the specific loading of TBP by TFIID onto the promoter.
履歴
登録2018年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月28日-
マップ公開2018年11月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mzd
  • 表面レベル: 0.06
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9302.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 288 pix.
= 380.16 Å		1.32 Å/pix.
x 288 pix.
= 380.16 Å		1.32 Å/pix.
x 288 pix.
= 380.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.12629227 - 0.3521133
平均 (標準偏差)-0.0003763245 (±0.009759218)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 380.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.160380.160380.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.1260.352-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : General transcription factor IID

全体名称: General transcription factor IID
要素
  • 複合体: General transcription factor IID
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: poly(UNK)

+
超分子 #1: General transcription factor IID

超分子名称: General transcription factor IID / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa

+
分子 #1: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 213.050125 KDa
配列文字列: MSDTDSDEDS AGGGPFSLAG FLFGNINGAG QLEGESVLDD ECKKHLAGLG ALGLGSLITE LTANEELTGT DGALVNDEGW VRSTEDAVD YSDINEVAED ESRRYQQTMG SLQPLCHSDY DEDDYDADCE DIDCKLMPPP PPPPGPMKKD KDQDSITGVS E NGEGIILP ...文字列:
MSDTDSDEDS AGGGPFSLAG FLFGNINGAG QLEGESVLDD ECKKHLAGLG ALGLGSLITE LTANEELTGT DGALVNDEGW VRSTEDAVD YSDINEVAED ESRRYQQTMG SLQPLCHSDY DEDDYDADCE DIDCKLMPPP PPPPGPMKKD KDQDSITGVS E NGEGIILP SIIAPSSLAS EKVDFSSSSD SESEMGPQEA TQAESEDGKL TLPLAGIMQH DATKLLPSVT ELFPEFRPGK VL RFLRLFG PGKNVPSVWR SARRKRKKKH RELIQEEQIQ EVECSVESEV SQKSLWNYDY APPPPPEQCL SDDEITMMAP VES KFSQST GDIDKVTDTK PRVAEWRYGP ARLWYDMLGV PEDGSGFDYG FKLRKTEHEP VIKSRMIEEF RKLEENNGTD LLAD ENFLM VTQLHWEDDI IWDGEDVKHK GTKPQRASLA GWLPSSMTRN AMAYNVQQGF AATLDDDKPW YSIFPIDNED LVYGR WEDN IIWDAQAMPR LLEPPVLTLD PNDENLILEI PDEKEEATSN SPSKESKKES SLKKSRILLG KTGVIKEEPQ QNMSQP EVK DPWNLSNDEY YYPKQQGLRG TFGGNIIQHS IPAVELRQPF FPTHMGPIKL RQFHRPPLKK YSFGALSQPG PHSVQPL LK HIKKKAKMRE QERQASGGGE MFFMRTPQDL TGKDGDLILA EYSEENGPLM MQVGMATKIK NYYKRKPGKD PGAPDCKY G ETVYCHTSPF LGSLHPGQLL QAFENNLFRA PIYLHKMPET DFLIIRTRQG YYIRELVDIF VVGQQCPLFE VPGPNSKRA NTHIRDFLQV FIYRLFWKSK DRPRRIRMED IKKAFPSHSE SSIRKRLKLC ADFKRTGMDS NWWVLKSDFR LPTEEEIRAM VSPEQCCAY YSMIAAEQRL KDAGYGEKSF FAPEEENEED FQMKIDDEVR TAPWNTTRAF IAAMKGKCLL EVTGVADPTG C GEGFSYVK IPNKPTQQKD DKEPQPVKKT VTGTDADLRR LSLKNAKQLL RKFGVPEEEI KKLSRWEVID VVRTMSTEQA RS GEGPMSK FARGSRFSVA EHQERYKEEC QRIFDLQNKV LSSTEVLSTD TDSSSAEDSD FEEMGKNIEN MLQNKKTSSQ LSR EREEQE RKELQRMLLA AGSAASGNNH RDDDTASVTS LNSSATGRCL KIYRTFRDEE GKEYVRCETV RKPAVIDAYV RIRT TKDEE FIRKFALFDE QHREEMRKER RRIQEQLRRL KRNQEKEKLK GPPEKKPKKM KERPDLKLKC GACGAIGHMR TNKFC PLYY QTNAPPSNPV AMTEEQEEEL EKTVIHNDNE ELIKVEGTKI VLGKQLIESA DEVRRKSLVL KFPKQQLPPK KKRRVG TTV HCDYLNRPHK SIHRRRTDPM VTLSSILESI INDMRDLPNT YPFHTPVNAK VVKDYYKIIT RPMDLQTLRE NVRKRLY PS REEFREHLEL IVKNSATYNG PKHSLTQISQ SMLDLCDEKL KEKEDKLARL EKAINPLLDD DDQVAFSFIL DNIVTQKM M AVPDSWPFHH PVNKKFVPDY YKVIVNPMDL ETIRKNISKH KYQSRESFLD DVNLILANSV KYNGPESQYT KTAQEIVNV CYQTLTEYDE HLTQLEKDIC TAKEAALEEA ELESLDPMTP GPYTPQPPDL YDTNTSLSMS RDASVFQDES NMSVLDIPSA TPEKQVTQE GEDGDGDLAD EEEGTVQQPQ ASVLYEDLLM SEGEDDEEDA GSDEEGDNPF SAIQLSESGS DSDVGSGGIR P KQPRMLQE NTRMDMENEE SMMSYEGDGG EASHGLEDSN ISYGSYEEPD PKSNTQDTSF SSIGGYEVSE EEEDEEEEEQ RS GPSVLSQ VHLSEDEEDS EDFHSIAGDS DLDSDE

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

+
分子 #2: Transcription initiation factor TFIID subunit 3

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 103.76932 KDa
配列文字列: MCESYSRSLL RVSVAQICQA LGWDSVQLSA CHLLTDVLQR YLQQLGRGCH RYSELYGRTD PILDDVGEAF QLMGVSLHEL EDYIHNIEP VTFPHQIPSF PVSKNNVLQF PQPGSKDAEE RKEYIPDYLP PIVSSQEEEE EEQVPTDGGT SAEAMQVPLE E DDELEEEE ...文字列:
MCESYSRSLL RVSVAQICQA LGWDSVQLSA CHLLTDVLQR YLQQLGRGCH RYSELYGRTD PILDDVGEAF QLMGVSLHEL EDYIHNIEP VTFPHQIPSF PVSKNNVLQF PQPGSKDAEE RKEYIPDYLP PIVSSQEEEE EEQVPTDGGT SAEAMQVPLE E DDELEEEE IINDENFLGK RPLDSPEAEE LPAMKRPRLL STKGDTLDVV LLEAREPLSS INTQKIPPML SPVHVQDSTD LA PPSPEPP MLAPVAKSQM PTAKPLETKS FTPKTKTKTS SPGQKTKSPK TAQSPAMVGS PIRSPKTVSK EKKSPGRSKS PKS PKSPKV TTHIPQTPVR PETPNRTPSA TLSEKISKET IQVKQIQTPP DAGKLNSENQ PKKAVVADKT IEASIDAVIA RACA EREPD PFEFSSGSES EGDIFTSPKR ISGPECTTPK ASTSANNFTK SGSTPLPLSG GTSSSDNSWT MDASIDEVVR KAKLG TPSN MPPNFPYISS PSVSPPTPEP LHKVYEEKTK LPSSVEVKKK LKKELKTKMK KKEKQRDRER EKDKNKDKSK EKDKVK EKE KDKETGRETK YPWKEFLKEE EADPYKFKIK EFEDVDPKVK LKDGLVRKEK EKHKDKKKDR EKGKKDKDKR EKEKVKD KG REDKMKAPAP PLVLPPKELA LPLFSPATAS RVPAMLPSLL PVLPEKLFEE KEKVKEKEKK KDKKEKKKKK EKEKEKKE K EREKEKRERE KREKEKEKHK HEKIKVEPVA LAPSPVIPRL TLRVGAGQDK IVISKVVPAP EAKPAPSQNR PKTPPPAPA PAPGPMLVSP APVPLPLLAQ AAAGPALLPS PGPAASGASA KAPVRSVVTE TVSTYVIRDE WGNQIWICPG CNKPDDGSPM IGCDDCDDW YHWPCVGIMT APPEEMQWFC PKCANKKKDK KHKKRKHRAH

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 3

+
分子 #3: Transcription initiation factor TFIID subunit 4

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110.221883 KDa
配列文字列: MAAGSDLLDE VFFNSEVDEK VVSDLVGSLE SQLAASAAHH HHLAPRTPEV RAAAAGALGN HVVSGSPAGA AGAGPAAPAE GAPGAAPEP PPAGRARPGG GGPQRPGPPS PRRPLVPAGP APPAAKLRPP PEGSAGSCAP VPAAAAVAAG PEPAPAGPAK P AGPAALAA ...文字列:
MAAGSDLLDE VFFNSEVDEK VVSDLVGSLE SQLAASAAHH HHLAPRTPEV RAAAAGALGN HVVSGSPAGA AGAGPAAPAE GAPGAAPEP PPAGRARPGG GGPQRPGPPS PRRPLVPAGP APPAAKLRPP PEGSAGSCAP VPAAAAVAAG PEPAPAGPAK P AGPAALAA RAGPGPGPGP GPGPGPGPGK PAGPGAAQTL NGSAALLNSH HAAAPAVSLV NNGPAALLPL PKPAAPGTVI QT PPFVGAA APPAPAAPSP PAAPAPAAPA AAPPPPPPAP ATLARPPGHP AGPPTAAPAV PPPAAAQNGG SAGAAPAPAP AAG GPAGVS GQPGPGAAAA APAPGVKAES PKRVVQAAPP AAQTLAASGP ASTAASMVIG PTMQGALPSP AAVPPPAPGT PTGL PKGAA GAVTQSLSRT PTATTSGIRA TLTPTVLAPR LPQPPQNPTN IQNFQLPPGM VLVRSENGQL LMIPQQALAQ MQAQA HAQP QTTMAPRPAT PTSAPPVQIS TVQAPGTPII ARQVTPTTII KQVSQAQTTV QPSATLQRSP GVQPQLVLGG AAQTAS LGT ATAVQTGTPQ RTVPGATTTS SAATETMENV KKCKNFLSTL IKLASSGKQS TETAANVKEL VQNLLDGKIE AEDFTSR LY RELNSSPQPY LVPFLKRSLP ALRQLTPDSA AFIQQSQQQP PPPTSQATTA LTAVVLSSSV QRTAGKTAAT VTSALQPP V LSLTQPTQVG VGKQGQPTPL VIQQPPKPGA LIRPPQVTLT QTPMVALRQP HNRIMLTTPQ QIQLNPLQPV PVVKPAVLP GTKALSAVSA QAAAAQKNKL KEPGGGSFRD DDDINDVASM AGVNLSEESA RILATNSELV GTLTRSCKDE TFLLQAPLQR RILEIGKKH GITELHPDVV SYVSHATQQR LQNLVEKISE TAQQKNFSYK DDDRYEQASD VRAQLKFFEQ LDQIEKQRKD E QEREILMR AAKSRSRQED PEQLRLKQKA KEMQQQELAQ MRQRDANLTA LAAIGPRKKR KVDCPGPGSG AEGSGPGSVV PG SSGVGTP RQFTRQRITR VNLRDLIFCL ENERETSHSL LLYKAFLK

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 4

+
分子 #4: Transcription initiation factor TFIID subunit 5

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.785164 KDa
配列文字列: MAALAEEQTE VAVKLEPEGP PTLLPPQAGD GAGEGSGGTT NNGPNGGGGN VAASSSTGGD GGTPKPTVAV SAAAPAGAAP VPAAAPDAG APHDRQTLLA VLQFLRQSKL REAEEALRRE AGLLEEAVAG SGAPGEVDSA GAEVTSALLS RVTASAPGPA A PDPPGTGA ...文字列:
MAALAEEQTE VAVKLEPEGP PTLLPPQAGD GAGEGSGGTT NNGPNGGGGN VAASSSTGGD GGTPKPTVAV SAAAPAGAAP VPAAAPDAG APHDRQTLLA VLQFLRQSKL REAEEALRRE AGLLEEAVAG SGAPGEVDSA GAEVTSALLS RVTASAPGPA A PDPPGTGA SGATVVSGSA SGPAAPGKVG SVAVEDQPDV SAVLSAYNQQ GDPTMYEEYY SGLKHFIECS LDCHRAELSQ LF YPLFVHM YLELVYNQHE NEAKSFFEKF HGDQECYYQD DLRVLSSLTK KEHMKGNETM LDFRTSKFVL RISRDSYQLL KRH LQEKQN NQIWNIVQEH LYIDIFDGMP RSKQQIDAMV GSLAGEAKRE ANKSKVFFGL LKEPEIEVPL DDEDEEGENE EGKP KKKKP KKDSIGSKSK KQDPNAPPQN RIPLPELKDS DKLDKIMNMK ETTKRVRLGP DCLPSICFYT FLNAYQGLTA VDVTD DSSL IAGGFADSTV RV(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)KILYGH SGPVYGASFS PDRN YLLSS SEDGTVRLWS LQTFTCLVGY KGHNYPVWDT QFSPYGYYFV SGGHDRVARL WATDHYQPLR IFAGHLADVN CTRFH PNSN YVATGSADRT VRLWDVLNGN CVRIFTGHKG PIHSLTFSPN GRFLATGATD GRVLLWDIGH GLMVGELKGH TDTVCS LRF SRDGEILASG SMDNTVRLWD AIKAFEDLET DDFTTATGHI NLPENSQELL LGTYMTKSTP VVHLHFTRRN LVLAAGA YS PQ

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 5, Transcription initiation factor TFIID subunit 5

+
分子 #5: Transcription initiation factor TFIID subunit 6

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.749297 KDa
配列文字列: MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA ...文字列:
MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA KPGQEEDGPL KGKGQGATTA DGKGKEKKAP PLLEGAPLRL KPRSIHELSV EQQLYYKEIT EACVGSCEAK RA EALQSIA TDPGLYQMLP RFSTFISEGV RVNVVQNNLA LLIYLMRMVK ALMDNPTLYL EKYVHELIPA VMTCIVSRQL CLR PDVDNH WALRDFAARL VAQICKHFST TTNNIQSRIT KTFTKSWVDE KTPWTTRYGS IAGLAELGHD VIKTLILPRL QQEG ERIRS VLDGPVLSNI DRIGADHVQS LLLKHCAPVL AKLRPPPDNQ DAYRAEFGSL GPLLCSQVVK ARAQAALQAQ QVNRT TLTI TQPRPTLTLS QAPQPGPRTP GLLKVPGSIA LPVQTLVSAR AAAPPQPSPP PTKFIVMSSS SSAPSTQQVL SLSTSA PGS GSTTTSPVTT TVPSVQPIVK LVSTATTAPP STAPSGPGSV QKYIVVSLPP TGEGKGGPTS HPSPVPPPAS SPSPLSG SA LCGGKQEAGD SPPPAPGTPK ANGSQPNSGS PQPAP

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 6

+
分子 #6: Transcription initiation factor TFIID subunit 9

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.830689 KDa
配列文字列: MESGKTASPK SMPKDAQMMA QILKDMGITE YEPRVINQML EFAFRYVTTI LDDAKIYSSH AKKATVDADD VRLAIQCRAD QSFTSPPPR DFLLDIARQR NQTPLPLIKP (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)PDR YCLTAPNYRL KSL QKKAST ...文字列:
MESGKTASPK SMPKDAQMMA QILKDMGITE YEPRVINQML EFAFRYVTTI LDDAKIYSSH AKKATVDADD VRLAIQCRAD QSFTSPPPR DFLLDIARQR NQTPLPLIKP (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)PDR YCLTAPNYRL KSL QKKAST SAGRITVPRL SVGSVTSRPS TPTLGTPTPQ TMSVSTKVGT PMSLTGQRFT VQMPTSQSPA VKASIPATSA VQNV LINPS LIGSKNILIT TNMMSSQNTA NESSNALKRK REDDDDDDDD DDDYDNL

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 9, Transcription initiation factor TFIID subunit 9

+
分子 #7: Transcription initiation factor TFIID subunit 10

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.731248 KDa
配列文字列: MSCSGSGADP EAAPASAASA PGPAPPVSAP AALPSSTAAE NKASPAGTAG GPGAGAAAGG TGPLAARAGE PAERRGAAPV SAGGAAPPE GAISNGVYVL PSAANGDVKP VVSSTPLVDF LMQLEDYTPT IPDAVTGYYL NRAGFEASDP RIIRLISLAA Q KFISDIAN ...文字列:
MSCSGSGADP EAAPASAASA PGPAPPVSAP AALPSSTAAE NKASPAGTAG GPGAGAAAGG TGPLAARAGE PAERRGAAPV SAGGAAPPE GAISNGVYVL PSAANGDVKP VVSSTPLVDF LMQLEDYTPT IPDAVTGYYL NRAGFEASDP RIIRLISLAA Q KFISDIAN DALQHCKMKG TASGSSRSKS KDRKYTLTME DLTPALSEYG INVKKPHYFT

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 10

+
分子 #8: Transcription initiation factor TFIID subunit 11

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.340094 KDa
配列文字列: MDDAHESPSD KGGETGESDE TAAVPGDPGA TDTDGIPEET DGDADVDLKE AAAEEGELES QDVSDLTTVE REDSSLLNPA AKKLKIDTK EKKEKKQKVD EDEIQKMQIL VSSFSEEQLN RYEMYRRSAF PKAAIKRLIQ SITGTSVSQN VVIAMSGISK V FVGEVVEE ...文字列:
MDDAHESPSD KGGETGESDE TAAVPGDPGA TDTDGIPEET DGDADVDLKE AAAEEGELES QDVSDLTTVE REDSSLLNPA AKKLKIDTK EKKEKKQKVD EDEIQKMQIL VSSFSEEQLN RYEMYRRSAF PKAAIKRLIQ SITGTSVSQN VVIAMSGISK V FVGEVVEE ALDVCEKWGE MPPLQPKHMR EAVRRLKSKG QIPNSKHKKI IFF

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 11

+
分子 #9: Transcription initiation factor TFIID subunit 12

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.948467 KDa
配列文字列:
MNQFGPSALI NLSNFSSIKP EPASTPPQGS MANSTAVVKI PGTPGAGGRL SPENNQVLTK KKLQDLVREV DPNEQLDEDV EEMLLQIAD DFIESVVTAA CQLARHRKSS TLEVKDVQLH LERQWNMWIP GFGSEEIRPY KKACTTEAHK QRMALIRKTT K K

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 12

+
分子 #10: Transcription initiation factor TFIID subunit 13

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.307068 KDa
配列文字列:
MADEEEDPTF EEENEEIGGG AEGGQGKRKR LFSKELRCMM YGFGDDQNPY TESVDILEDL VIEFITEMTH KAMSIGRQGR VQVEDIVFL IRKDPRKFAR VKDLLTMNEE LKRARKAFDE ANYGS

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 13

+
分子 #11: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.729938 KDa
配列文字列: MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI ...文字列:
MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI VSTVNLGCKL DLKTIALRAR NAEYNPKRFA AVIMRIREPR TTALIFSSGK MVCTGAKSEE QSRLAARKYA RV VQKLGFP AKFLDFKIQN MVGSCDVKFP IRLEGLVLTH QQFSSYEPEL FPGLIYRMIK PRIVLLIFVS GKVVLTGAKV RAE IYEAFE NIYPILKGFR KTT

UniProtKB: TATA-box-binding protein

+
分子 #12: poly(UNK)

分子名称: poly(UNK) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.188084 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
0.1 mMEDTA
5.0 mMMgCl
2.0 %Glycerol
1.0 %Trehalose
100.0 mMKCl
0.01 %NP-40
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: BT 4s; BF 15N.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 107900
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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