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- EMDB-7577: SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7577
タイトルSARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 symmetry
マップデータem-volume_P1
試料
  • 複合体: SARS Spike Glycoprotein,Trypsin-cleaved, stabilized variant
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibritin / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) / Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kirchdoerfer RN / Wang N / Pallesen J / Turner HL / Cottrell CA / McLellan JS / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI127521 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021634 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99AI123498 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Stabilized coronavirus spikes are resistant to conformational changes induced by receptor recognition or proteolysis.
著者: Robert N Kirchdoerfer / Nianshuang Wang / Jesper Pallesen / Daniel Wrapp / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Kizzmekia S Corbett / Barney S Graham / Jason S McLellan / Andrew B Ward /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) emerged in 2002 as a highly transmissible pathogenic human betacoronavirus. The viral spike glycoprotein (S) utilizes angiotensin-converting ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) emerged in 2002 as a highly transmissible pathogenic human betacoronavirus. The viral spike glycoprotein (S) utilizes angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a host protein receptor and mediates fusion of the viral and host membranes, making S essential to viral entry into host cells and host species tropism. As SARS-CoV enters host cells, the viral S is believed to undergo a number of conformational transitions as it is cleaved by host proteases and binds to host receptors. We recently developed stabilizing mutations for coronavirus spikes that prevent the transition from the pre-fusion to post-fusion states. Here, we present cryo-EM analyses of a stabilized trimeric SARS-CoV S, as well as the trypsin-cleaved, stabilized S, and its interactions with ACE2. Neither binding to ACE2 nor cleavage by trypsin at the S1/S2 cleavage site impart large conformational changes within stabilized SARS-CoV S or expose the secondary cleavage site, S2'.
履歴
登録2018年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月11日-
マップ公開2018年4月11日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.069
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.069
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6crz
  • 表面レベル: 0.069
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7577.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7577.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈em-volume_P1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.069 / ムービー #1: 0.069
最小 - 最大-0.19145256 - 0.37406373
平均 (標準偏差)-0.0000838905 (±0.008318372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.600329.600329.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1910.374-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7577_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: em-half-volume P1

ファイルemd_7577_half_map_1.map
注釈em-half-volume_P1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: em-half-volume P2

ファイルemd_7577_half_map_2.map
注釈em-half-volume_P2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS Spike Glycoprotein,Trypsin-cleaved, stabilized variant

全体名称: SARS Spike Glycoprotein,Trypsin-cleaved, stabilized variant
要素
  • 複合体: SARS Spike Glycoprotein,Trypsin-cleaved, stabilized variant
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS Spike Glycoprotein,Trypsin-cleaved, stabilized variant

超分子名称: SARS Spike Glycoprotein,Trypsin-cleaved, stabilized variant
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) / 株: Tor2
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin

分子名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 134.739266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SDLDRCTTFD DVQAPNYTQH TSSMRGVYYP DEIFRSDTLY LTQDLFLPFY SNVTGFHTIN HTFGNPVIPF KDGIYFAATE KSNVVRGWV FGSTMNNKSQ SVIIINNSTN VVIRACNFEL CDNPFFAVSK PMGTQTHTMI FDNAFNCTFE YISDAFSLDV S EKSGNFKH ...文字列:
SDLDRCTTFD DVQAPNYTQH TSSMRGVYYP DEIFRSDTLY LTQDLFLPFY SNVTGFHTIN HTFGNPVIPF KDGIYFAATE KSNVVRGWV FGSTMNNKSQ SVIIINNSTN VVIRACNFEL CDNPFFAVSK PMGTQTHTMI FDNAFNCTFE YISDAFSLDV S EKSGNFKH LREFVFKNKD GFLYVYKGYQ PIDVVRDLPS GFNTLKPIFK LPLGINITNF RAILTAFSPA QDIWGTSAAA YF VGYLKPT TFMLKYDENG TITDAVDCSQ NPLAELKCSV KSFEIDKGIY QTSNFRVVPS GDVVRFPNIT NLCPFGEVFN ATK FPSVYA WERKKISNCV ADYSVLYNST FFSTFKCYGV SATKLNDLCF SNVYADSFVV KGDDVRQIAP GQTGVIADYN YKLP DDFMG CVLAWNTRNI DATSTGNYNY KYRYLRHGKL RPFERDISNV PFSPDGKPCT PPALNCYWPL NDYGFYTTTG IGYQP YRVV VLSFELLNAP ATVCGPKLST DLIKNQCVNF NFNGLTGTGV LTPSSKRFQP FQQFGRDVSD FTDSVRDPKT SEILDI SPC AFGGVSVITP GTNASSEVAV LYQDVNCTDV STAIHADQLT PAWRIYSTGN NVFQTQAGCL IGAEHVDTSY ECDIPIG AG ICASYHTVSL LRSTSQKSIV AYTMSLGADS SIAYSNNTIA IPTNFSISIT TEVMPVSMAK TSVDCNMYIC GDSTECAN L LLQYGSFCTQ LNRALSGIAA EQDRNTREVF AQVKQMYKTP TLKYFGGFNF SQILPDPLKP TKRSFIEDLL FNKVTLADA GFMKQYGECL GDINARDLIC AQKFNGLTVL PPLLTDDMIA AYTAALVSGT ATAGWTFGAG AALQIPFAMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQ KQIANQFNKA ISQIQESLTT TSTALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE V QIDRLITG RLQSLQTYVT QQLIRAAEIR ASANLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MSFPQAAPHG VVFLHVTYVP SQ ERNFTTA PAICHEGKAY FPREGVFVFN GTSWFITQRN FFSPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIINNTVY DPLQPELDSF KEE LDKYFK NHTSPDVDLG DISGINASVV NIQKEIDRLN EVAKNLNESL IDLQELGKYE QGSGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWV LLSTF LGRSLEVLFQ

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTrisCl
150.0 mMSodium chlorideNaCl
0.01 % (w/v)A8-35
グリッドモデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low-pass filtered negative-stain model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 162177
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5i08

chain_id: A, residue_range: 299-323

5i08

chain_id: A, residue_range: 610-1147

5x4s

chain_id: A, residue_range: 18-258

2ajf

chain_id: E, residue_range: 323-502
得られたモデル

PDB-6crz:
SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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