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- EMDB-5577: Electron cryo-microscopy of Chikungunya virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5577
タイトルElectron cryo-microscopy of Chikungunya virus
マップデータIcosahedral reconstruction of Chikungunya virus.
試料
  • 試料: Chikungunya VLP
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードE1-E2 glycoprotein / nucleocapsid protein / transmembrane helix
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Sun SY / Xiang Y / Wataru A / Holdaway H / Pal P / Zhang XZ / Diamond MS / Nabel GJ / Rossmann MG
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structural analyses at pseudo atomic resolution of Chikungunya virus and antibodies show mechanisms of neutralization.
著者: Siyang Sun / Ye Xiang / Wataru Akahata / Heather Holdaway / Pankaj Pal / Xinzheng Zhang / Michael S Diamond / Gary J Nabel / Michael G Rossmann /
要旨: A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 ...A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 glycoprotein heterodimer. The heterodimer structure was divided into domains to obtain a good fit to the cryoEM density. Differences in the T = 4 quasi-equivalent heterodimer components show their adaptation to different environments. The spikes on the icosahedral 3-fold axes and those in general positions are significantly different, possibly representing different phases during initial generation of fusogenic E1 trimers. CryoEM maps of neutralizing Fab fragments complexed with VLPs have been interpreted using the crystal structures of the Fab fragments and the VLP structure. Based on these analyses the CHK-152 antibody was shown to stabilize the viral surface, hindering the exposure of the fusion-loop, likely neutralizing infection by blocking fusion. The CHK-9, m10 and m242 antibodies surround the receptor-attachment site, probably inhibiting infection by blocking cell attachment. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00435.001.
履歴
登録2013年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月20日-
マップ公開2013年4月24日-
更新2013年4月24日-
現状2013年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j2w
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5577_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5577.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of Chikungunya virus.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 324 pix.
= 359.64 Å		1.11 Å/pix.
x 648 pix.
= 719.28 Å		1.11 Å/pix.
x 648 pix.
= 719.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-0.64053935 - 12.825798989999999
平均 (標準偏差)0.3046951 (±0.94753766)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-324-3240
サイズ648648324
Spacing648648324
セルA: 719.28 Å / B: 719.28 Å / C: 359.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z648648324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z719.280719.280359.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-324-3240
NC/NR/NS648648324
D min/max/mean-0.64112.8260.305

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chikungunya VLP

全体名称: Chikungunya VLP
要素
  • 試料: Chikungunya VLP
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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超分子 #1000: Chikungunya VLP

超分子名称: Chikungunya VLP / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: 37997 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: E1E2 / 直径: 750 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS
グリッド詳細: 400 mesh copper grid (1.2 um hole)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 2 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
日付2011年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 1532 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Frealign / 使用した粒子像数: 36236

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3n43

ソフトウェア名称: EMfit
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j2w:
Electron cryo-microscopy of Chikungunya virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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