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万見
- EMDB-45857: Focused map of ligase IV catalytic domain in ligation complex II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45857
タイトルFocused map of ligase IV catalytic domain in ligation complex II in the NHEJ complex
マップデータFocused map of ligase IV catalytic domain in ligation complex II
試料
  • 複合体: Ligation complex like in the NHEJ pathway
    • タンパク質・ペプチド: human Ligase IV
    • DNA: DNA chain I
    • DNA: DNA chain J
    • DNA: DNA chain K
    • DNA: DNA chain L
キーワードNHEJ / ligation / XLF / PAXX / DNA repair / Ligase IV / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Li J / Liu L / Gellert M / Yang W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ligation complex II in the NHEJ pathway
著者: Li J / Liu L / Gellert M / Yang W
履歴
登録2024年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45857.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45857.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused map of ligase IV catalytic domain in ligation complex II
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.48394603 - 1.1247722
平均 (標準偏差)-0.00071129494 (±0.021862892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45857_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 1 map

ファイルemd_45857_half_map_1.map
注釈half 1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 2 map

ファイルemd_45857_half_map_2.map
注釈half 2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ligation complex like in the NHEJ pathway

全体名称: Ligation complex like in the NHEJ pathway
要素
  • 複合体: Ligation complex like in the NHEJ pathway
    • タンパク質・ペプチド: human Ligase IV
    • DNA: DNA chain I
    • DNA: DNA chain J
    • DNA: DNA chain K
    • DNA: DNA chain L

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超分子 #1: Ligation complex like in the NHEJ pathway

超分子名称: Ligation complex like in the NHEJ pathway / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 854 KDa

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分子 #1: human Ligase IV

分子名称: human Ligase IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPVMAASQTS QTVASHVPFA DLCSTLERIQ KSKGRAEKIR HFREFLDSWR KFHDALHKNH KDV TDSFYP AMRLILPQLE RERMAYGIKE TMLAKLYIEL LNLPRDGKDA LKLLNYRTPT GTHG DAGDF AMIAYFVLKP RCLQKGSLTI QQVNDLLDSI ASNNSAKRKD ...文字列:
GPVMAASQTS QTVASHVPFA DLCSTLERIQ KSKGRAEKIR HFREFLDSWR KFHDALHKNH KDV TDSFYP AMRLILPQLE RERMAYGIKE TMLAKLYIEL LNLPRDGKDA LKLLNYRTPT GTHG DAGDF AMIAYFVLKP RCLQKGSLTI QQVNDLLDSI ASNNSAKRKD LIKKSLLQLI TQSSA LEQK WLIRMIIKDL KLGVSQQTIF SVFHNDAAEL HNVTTDLEKV CRQLHDPSVG LSDISI TLF SAFKPMLAAI ADIEHIEKDM KHQSFYIETK LDGERMQMHK DGDVYKYFSR NGYNYTD QF GASPTEGSLT PFIHNAFKAD IQICILDGEM MAYNPNTQTF MQKGTKFDIK RMVEDSDL Q TCYCVFDVLM VNNKKLGHET LRKRYEILSS IFTPIPGRIE IVQKTQAHTK NEVIDALNE AIDKREEGIM VKQPLSIYKP DKRGEGWLKI KPEYVSGLMD ELDILIVGGY WGKGSRGGMM SHFLCAVAE KPPPGEKPSV FHTLSRVGSG CTMKELYDLG LKLAKYWKPF HRKAPPSSIL C GTEKPEVY IEPCNSVIVQ IKAAEIVPSD MYKTGCTLRF PRIEKIRDDK EWHECMTLDD LE QLRGKAS GKLASKHLYI GGDDEPQEKK RKAAPKMKKV IGIIEHLKAP NLTNVNKISN IFE DVEFCV MSGTDSQPKP DLENRIAEFG GYIVQNPGPD TYCVIAGSEN IRVKNIILSN KHDV VKPAW LLECFKTKSF VPWQPRFMIH MCPSTKEHFA REYDCYGDSY FIDTDLNQLK EVFSG IKNS NEQTPEEMAS LIADLEYRYS WDCSPLSMFR RHTVYLDSYA VINDLSTKNE GTRLAI KAL ELRFHGAKVV SCLAEGVSHV IIGEDHSRVA DFKAFRRTFK RKFKILKESW VTDSIDK CE LQEENQYLI

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分子 #2: DNA chain I

分子名称: DNA chain I / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CGCGCCCAGC TTTCCCAGCT AATAAACTAA AAACTATGCA TGCTCTACTG CTTCTGATCT AGTCGACT

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分子 #3: DNA chain J

分子名称: DNA chain J / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CGCGCCCAGC TTTCCCAGCT AATAAACTAA AAACATTCGT TCACGTGAGT TCCAGTACAA GTCTAGTC

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分子 #4: DNA chain K

分子名称: DNA chain K / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GACTAGATCA GAAGCAGTAG AGCATGCATA GTTTTTAGTT TATTGGGCGC G

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分子 #5: DNA chain L

分子名称: DNA chain L / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GACTTGTACT GGAACTCACG TGAACGAATG TTTTTAGTTT ATTGGGCGCG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

23509

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32621
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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