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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45850
タイトルFocused map of XRCC4/Ligase IV on the active side of ligation complex in the NHEJ pathway
マップデータFocused map of active XRCC4/Ligase IV complex in the ligation complex I
試料
  • 複合体: Ligation complex in the NHEJ pathway
    • タンパク質・ペプチド: human XRCC4
    • タンパク質・ペプチド: human Ligase IV
キーワードNHEJ / ligation / XLF / PAXX / DNA repair / Ligase IV / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Li J / Liu L / Gellert M / Yang W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ligation complex in the NHEJ pathway
著者: Li J / Liu L / Gellert M / Yang W
履歴
登録2024年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45850.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused map of active XRCC4/Ligase IV complex in the ligation complex I
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.496 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.73506135 - 1.0925297
平均 (標準偏差)-0.0010667251 (±0.018418878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45850_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 2 map

ファイルemd_45850_half_map_1.map
注釈half 2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 1 map

ファイルemd_45850_half_map_2.map
注釈half 1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ligation complex in the NHEJ pathway

全体名称: Ligation complex in the NHEJ pathway
要素
  • 複合体: Ligation complex in the NHEJ pathway
    • タンパク質・ペプチド: human XRCC4
    • タンパク質・ペプチド: human Ligase IV

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超分子 #1: Ligation complex in the NHEJ pathway

超分子名称: Ligation complex in the NHEJ pathway / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 854 KDa

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分子 #1: human XRCC4

分子名称: human XRCC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MERKISRIHL VSEPSITHFL QVSWEKTLES GFVITLTDGH SAWTGTVSES EISQEADDMA MEKGKYVGE LRKALLSGAG PADVYTFNFS KESCYFFFEK NLKDVSFRLG SFNLEKVENP A EVIRELIC YCLDTIAENQ AKNEHLQKEN ERLLRDWNDV QGRFEKCVSA ...文字列:
MERKISRIHL VSEPSITHFL QVSWEKTLES GFVITLTDGH SAWTGTVSES EISQEADDMA MEKGKYVGE LRKALLSGAG PADVYTFNFS KESCYFFFEK NLKDVSFRLG SFNLEKVENP A EVIRELIC YCLDTIAENQ AKNEHLQKEN ERLLRDWNDV QGRFEKCVSA KEALETDLYK RF ILVLNEK KTKIRSLHNK LLNAAQEREK DIKQEGETAI CSEMTADRDP VYDESTDEES ENQ TDLSGL ASAAVSKDDS IISSLDVTDI APSRKRRQRM QRNLGTEPKM APQENQLQEK ENSR PDSSL PETSKKEHIS AENMSLETLR NSSPEDLFDE I

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分子 #2: human Ligase IV

分子名称: human Ligase IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPVMAASQTS QTVASHVPFA DLCSTLERIQ KSKGRAEKIR HFREFLDSWR KFHDALHKNH KDV TDSFYP AMRLILPQLE RERMAYGIKE TMLAKLYIEL LNLPRDGKDA LKLLNYRTPT GTHGDAGDFA MIAYFVLKPR CLQKGSLTIQ QVNDLLDSIA SNNSAKRKDL ...文字列:
GPVMAASQTS QTVASHVPFA DLCSTLERIQ KSKGRAEKIR HFREFLDSWR KFHDALHKNH KDV TDSFYP AMRLILPQLE RERMAYGIKE TMLAKLYIEL LNLPRDGKDA LKLLNYRTPT GTHGDAGDFA MIAYFVLKPR CLQKGSLTIQ QVNDLLDSIA SNNSAKRKDL IKKSLLQLIT QSSALEQKWL IRMIIKDLKL GVSQQTIFSV FHNDAAELHN VTTDLEKVCR QLHDPSVGLS DISI TLFSA FKPMLAAIAD IEHIEKDMKH QSFYIETKLD GERMQMHKDG DVYKYFSRNG YNYTD QFGA SPTEGSLTPF IHNAFKADIQ ICILDGEMMA YNPNTQTFMQ KGTKFDIKRM VEDSDL QTC YCVFDVLMVN NKKLGHETLR KRYEILSSIF TPIPGRIEIV QKTQAHTKNE VIDALNE AI DKREEGIMVK QPLSIYKPDK RGEGWLKIKP EYVSGLMDEL DILIVGGYWG KGSRGGMM S HFLCAVAEKP PPGEKPSVFH TLSRVGSGCT MKELYDLGLK LAKYWKPFHR KAPPSSILC GTEKPEVYIE PCNSVIVQIK AAEIVPSDMY KTGCTLRFPR IEKIRDDKEW HECMTLDDLE QLRGKASGK LASKHLYIGG DDEPQEKKRK AAPKMKKVIG IIEHLKAPNL TNVNKISNIF E DVEFCVMS GTDSQPKPDL ENRIAEFGGY IVQNPGPDTY CVIAGSENIR VKNIILSNKH DV VKPAWLL ECFKTKSFVP WQPRFMIHMC PSTKEHFARE YDCYGDSYFI DTDLNQLKEV FSG IKNSNE QTPEEMASLI ADLEYRYSWD CSPLSMFRRH TVYLDSYAVI NDLSTKNEGT RLAI KALEL RFHGAKVVSC LAEGVSHVII GEDHSRVADF KAFRRTFKRK FKILKESWVT DSIDK CELQ EENQYLI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

23509

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 500830
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る