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- EMDB-4436: Five-fold symmetrized map of native bacteriophage P68 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4436
タイトルFive-fold symmetrized map of native bacteriophage P68
マップデータfive-fold symmetrized map of native bacteriophage P68
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid of bacteriophage P68
    • タンパク質・ペプチド: Arstotzka protein
生物種Staphylococcus phage P68 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Hrebik D / Skubnik K / Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, 3件
OrganizationGrant number国
Czech Science Foundation15-21631Y チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
Czech Science Foundation18-17810S チェコ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure and genome ejection mechanism of phage P68.
著者: Dominik Hrebík / Dana Štveráková / Karel Škubník / Tibor Füzik / Roman Pantůček / Pavel Plevka /
要旨: Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect ...Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect Gram-positive bacteria. Here, we present the structures of native phage P68, genome ejection intermediate, and empty particle. The P68 head contains 72 subunits of inner core protein, 15 of which bind to and alter the structure of adjacent major capsid proteins and thus specify attachment sites for head fibers. Unlike in the previously studied phages, the head fibers of P68 enable its virion to position itself at the cell surface for genome delivery. The unique interaction of one end of P68 DNA with one of the 12 portal protein subunits is disrupted before the genome ejection. The inner core proteins are released together with the DNA and enable the translocation of phage genome across the bacterial membrane into the cytoplasm.
履歴
登録2018年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月6日-
マップ公開2019年11月6日-
更新2019年11月13日-
現状2019年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4436.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4436.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈five-fold symmetrized map of native bacteriophage P68
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 637.8 Å		1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 637.8 Å		1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 637.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.26497445 - 0.41469824
平均 (標準偏差)0.0030925176 (±0.020806758)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-300-300-300
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 637.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z637.800637.800637.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-300-300-300
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.2650.4150.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage P68

全体名称: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid of bacteriophage P68
    • タンパク質・ペプチド: Arstotzka protein

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超分子 #1: Staphylococcus phage P68

超分子名称: Staphylococcus phage P68 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 204090 / 生物種: Staphylococcus phage P68 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: dTarM 4220
分子量理論値: 19.7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 480.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: Capsid of bacteriophage P68

分子名称: Capsid of bacteriophage P68 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
配列文字列: MAQQSTKNET ALLVAKSAKS ALQDFNHDYS KSWTFGDKWD NSNTMFETFV NKYLFPKINE TLLIDIALGN RFNWLAKEQ DFIGQYSEEY VIMDTVPINM DLSKNEELML KRNYPRMATK LYGNGIVKKQ KFTLNNNDTR F NFQTLADA TNYALGVYKK KISDINVLEE ...文字列:
MAQQSTKNET ALLVAKSAKS ALQDFNHDYS KSWTFGDKWD NSNTMFETFV NKYLFPKINE TLLIDIALGN RFNWLAKEQ DFIGQYSEEY VIMDTVPINM DLSKNEELML KRNYPRMATK LYGNGIVKKQ KFTLNNNDTR F NFQTLADA TNYALGVYKK KISDINVLEE KEMRAMLVDY SLNQLSETNV RKATSKEDLA SKVFEAILNL QN NSAKYNE VHRASGGAIG QYTTVSKLKD IVILTTDSLK SYLLDTKIAN TFQIAGIDFT DHVISFDDLG GVF KVTKEF KLQNQDSIDF LRAYGDYQSQ LGDTIPVGAV FTYDVSKLKE FTGNVEEIKP KSDLYAFILD INSI KYKRY TKGMLKPPFH NPEFDEVTHW IHYYSFKAIS PFFNKILITD QDVNPKPEEE LQE

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分子 #2: Arstotzka protein

分子名称: Arstotzka protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage P68 (ファージ)
配列文字列:
MYEGNNMRSM MGTSYEDSRL NKRTELNENM SIDTNKSEDS YGVQIHSLSK QSFTGDVEEE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
10.0 mMCaClcalcium chloride
10.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 2s; blot force -2; 3.6 ul of sample.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.063 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2891 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 37218
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1222


詳細: The initial model was scaled and clipped in EMAN2 to match the dimensions of phage P68. command: e2proc3d.py --clip=600 --scale=0.73
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 28826
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 11210 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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