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万見
- EMDB-9542: Zika virus complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9542
タイトルZika virus complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab
マップデータZika virus in complex with a neutralizing antibody Z23-Fab,main map
試料
  • 複合体: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab
    • 複合体: Zika virus
      • タンパク質・ペプチド: structural protein E
      • タンパク質・ペプチド: strutural protein M
    • 複合体: Neutralizing antibody Z23 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Z23 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Z23 Fab light chain
キーワードZika virus / Neutralizing antibody / Single Particle Reconstruction / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / molecular adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å
データ登録者Gao GF / Shi Y / Peng R
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
China Ministry of Science and Technology Key Research and Development Program2016YFC1200300 中国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: Molecular determinants of human neutralizing antibodies isolated from a patient infected with Zika virus.
著者: Qihui Wang / Huabing Yang / Xiaoqing Liu / Lianpan Dai / Tong Ma / Jianxun Qi / Gary Wong / Ruchao Peng / Sheng Liu / Junfu Li / Shihua Li / Jian Song / Jianying Liu / Jianhua He / Hui Yuan / ...著者: Qihui Wang / Huabing Yang / Xiaoqing Liu / Lianpan Dai / Tong Ma / Jianxun Qi / Gary Wong / Ruchao Peng / Sheng Liu / Junfu Li / Shihua Li / Jian Song / Jianying Liu / Jianhua He / Hui Yuan / Ying Xiong / Yong Liao / Jianhua Li / Jianping Yang / Zhou Tong / Bryan D Griffin / Yuhai Bi / Mifang Liang / Xiaoning Xu / Chuan Qin / Gong Cheng / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Xiangguo Qiu / Gary Kobinger / Yi Shi / Jinghua Yan / George F Gao /
要旨: The 2015-2016 outbreak of Zika virus (ZIKV) disease has affected many countries and is a major public health concern. ZIKV is associated with fetal microcephaly and neurological complications, and ...The 2015-2016 outbreak of Zika virus (ZIKV) disease has affected many countries and is a major public health concern. ZIKV is associated with fetal microcephaly and neurological complications, and countermeasures are needed to treat and prevent ZIKV infection. We report the isolation of 13 specific human monoclonal antibodies from a single patient infected with ZIKV. Two of the isolated antibodies (Z23 and Z3L1) demonstrated potent ZIKV-specific neutralization in vitro without binding or neutralizing activity against strains 1 to 4 of dengue virus, the closest relative to ZIKV. These two antibodies provided postexposure protection to mice in vivo. Structural studies revealed that Z23 and Z3L1 bound to tertiary epitopes in envelope protein domain I, II, or III, indicating potential targets for ZIKV-specific therapy. Our results suggest the potential of antibody-based therapeutics and provide a structure-based rationale for the design of future ZIKV-specific vaccines.
履歴
登録2016年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月30日-
マップ公開2016年11月30日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gzr
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5gzr
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9542.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23-Fab,main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.58 Å/pix.
x 500 pix.
= 790. Å		1.58 Å/pix.
x 500 pix.
= 790. Å		1.58 Å/pix.
x 500 pix.
= 790. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.58 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0085 / ムービー #1: 0.0085
最小 - 最大-0.006120061 - 0.02237205
平均 (標準偏差)0.00067709084 (±0.0030787727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 790.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.581.581.58
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z790.000790.000790.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0060.0220.001

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_9542_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_9542_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab

全体名称: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab
要素
  • 複合体: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab
    • 複合体: Zika virus
      • タンパク質・ペプチド: structural protein E
      • タンパク質・ペプチド: strutural protein M
    • 複合体: Neutralizing antibody Z23 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Z23 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Z23 Fab light chain

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超分子 #1: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab

超分子名称: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Zika virus strain ZIKA-SMGC-1 propagated in Aedes albopictus C6/36 cells
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: ZIKA-SMGC-1

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超分子 #3: Neutralizing antibody Z23 Fab

超分子名称: Neutralizing antibody Z23 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

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分子 #1: structural protein E

分子名称: structural protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: isolate ZIKV_SMGC-1
分子量理論値: 54.444051 KDa
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: strutural protein M

分子名称: strutural protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: ZIKV_SMGC-1
分子量理論値: 8.496883 KDa
配列文字列:
AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Z23 Fab heavy chain

分子名称: Z23 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.516398 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGR INPNSGGTNY AQKFEGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCART GIAAAGFVFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGR INPNSGGTNY AQKFEGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCART GIAAAGFVFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEP

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分子 #4: Z23 Fab light chain

分子名称: Z23 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.416967 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVI SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
DIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVI SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
12.0 mMTris-HClTris-HCl
120.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: Zhongjikeyi ultra-thin carbon-coated copper grid / 材質: COPPER / メッシュ: 230 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and ...詳細: 3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 566 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 41139
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 17024
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8139


詳細: Low-pass filtered to 60 angstrom
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 3369
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5gzr:
Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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