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- EMDB-3674: RNF169 chromatin binding region bound to a ubiquitylated nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3674
タイトルRNF169 chromatin binding region bound to a ubiquitylated nucleosome
マップデータMIU-LRM region of RNF169 bound to a ubiquitylated nucleosome core particle
試料
  • 複合体: RNF169/NCP-ub complex
    • 複合体: RNF169 MIU-LRM region
    • 複合体: H2AK13 ubiquitylated Nucleosome core particle
生物種Homo sapiens (ヒト) / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.85 Å
データ登録者Wilson MD / Kitevski-LeBlanc J / Durocher D / Rubinstein JL / Kay LE
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The RNF168 paralog RNF169 defines a new class of ubiquitylated histone reader involved in the response to DNA damage.
著者: Julianne Kitevski-LeBlanc / Amélie Fradet-Turcotte / Predrag Kukic / Marcus D Wilson / Guillem Portella / Tairan Yuwen / Stephanie Panier / Shili Duan / Marella D Canny / Hugo van Ingen / ...著者: Julianne Kitevski-LeBlanc / Amélie Fradet-Turcotte / Predrag Kukic / Marcus D Wilson / Guillem Portella / Tairan Yuwen / Stephanie Panier / Shili Duan / Marella D Canny / Hugo van Ingen / Cheryl H Arrowsmith / John L Rubinstein / Michele Vendruscolo / Daniel Durocher / Lewis E Kay /
要旨: Site-specific histone ubiquitylation plays a central role in orchestrating the response to DNA double-strand breaks (DSBs). DSBs elicit a cascade of events controlled by the ubiquitin ligase RNF168, ...Site-specific histone ubiquitylation plays a central role in orchestrating the response to DNA double-strand breaks (DSBs). DSBs elicit a cascade of events controlled by the ubiquitin ligase RNF168, which promotes the accumulation of repair factors such as 53BP1 and BRCA1 on the chromatin flanking the break site. RNF168 also promotes its own accumulation, and that of its paralog RNF169, but how they recognize ubiquitylated chromatin is unknown. Using methyl-TROSY solution NMR spectroscopy and molecular dynamics simulations, we present an atomic resolution model of human RNF169 binding to a ubiquitylated nucleosome, and validate it by electron cryomicroscopy. We establish that RNF169 binds to ubiquitylated H2A-Lys13/Lys15 in a manner that involves its canonical ubiquitin-binding helix and a pair of arginine-rich motifs that interact with the nucleosome acidic patch. This three-pronged interaction mechanism is distinct from that by which 53BP1 binds to ubiquitylated H2A-Lys15 highlighting the diversity in site-specific recognition of ubiquitylated nucleosomes.
履歴
登録2017年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月26日-
マップ公開2017年5月24日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3674.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MIU-LRM region of RNF169 bound to a ubiquitylated nucleosome core particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 128 pix.
= 185.6 Å		1.45 Å/pix.
x 128 pix.
= 185.6 Å		1.45 Å/pix.
x 128 pix.
= 185.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.028542077 - 0.15155181
平均 (標準偏差)0.003448616 (±0.015225172)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 185.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z185.600185.600185.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0290.1520.003

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添付データ

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追加マップ: H2A K13 disulphide conjugated nuclesome core particlce

ファイルemd_3674_additional.map
注釈H2A K13 disulphide conjugated nuclesome core particlce
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNF169/NCP-ub complex

全体名称: RNF169/NCP-ub complex
要素
  • 複合体: RNF169/NCP-ub complex
    • 複合体: RNF169 MIU-LRM region
    • 複合体: H2AK13 ubiquitylated Nucleosome core particle

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超分子 #1: RNF169/NCP-ub complex

超分子名称: RNF169/NCP-ub complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: MIU-LRM region of RNF169 bound to H2AK13 disulphide ubiquitylated Nucleosome core particle
分子量理論値: 230 kDa/nm

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超分子 #2: RNF169 MIU-LRM region

超分子名称: RNF169 MIU-LRM region / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: SUMO-RNF169 residues 662-708 was expressed recombinantly including a DAAA helix stabilizing extension. SUMO tag was removed by Ulp1 cleavage prior to formation of RNF169/NCP-ub complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10 kDa/nm

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超分子 #3: H2AK13 ubiquitylated Nucleosome core particle

超分子名称: H2AK13 ubiquitylated Nucleosome core particle / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: recombinant Drosophila histones wrapped with synthetic strong positioning Widom-601 DNA. Ubiquitin G76C covalently tethered to engineered K13C residue in H2A, prior to NCP reconstitution
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 220 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.57 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 10 mM tris pH 6.8, 30 mM KCl 13 and 1mM EDTA
グリッドモデル: homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細NCP-ub and RNF169 fragment were mixed at 1:5 ratio

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細5 separate sessions of manual data collection were combined.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 867 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 34483 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 301275
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 1.4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1kx5


詳細: .mrc file was geenrated in chimera. Model was low pass filtered to 50 angstrom
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 31760
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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