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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3443 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of the yeast RNA polymerase I - Rrn3 complex at 7.5A resolution | |||||||||
マップデータ | reconstruction of the RNA pol I - Rrn3 complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase I initiation factor Rrn3 transcription initiation | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Pilsl M / Crucifix C / Papai G / Krupp F / Steinbauer R / Griesenbeck J / Milkereit P / Tschochner H / Schultz P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structure of the initiation-competent RNA polymerase I and its implication for transcription. 著者: Michael Pilsl / Corinne Crucifix / Gabor Papai / Ferdinand Krupp / Robert Steinbauer / Joachim Griesenbeck / Philipp Milkereit / Herbert Tschochner / Patrick Schultz / 要旨: Eukaryotic RNA polymerase I (Pol I) is specialized in rRNA gene transcription synthesizing up to 60% of cellular RNA. High level rRNA production relies on efficient binding of initiation factors to ...Eukaryotic RNA polymerase I (Pol I) is specialized in rRNA gene transcription synthesizing up to 60% of cellular RNA. High level rRNA production relies on efficient binding of initiation factors to the rRNA gene promoter and recruitment of Pol I complexes containing initiation factor Rrn3. Here, we determine the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 7.5 Å resolution, and compare it with Rrn3-free monomeric and dimeric Pol I. We observe that Rrn3 contacts the Pol I A43/A14 stalk and subunits A190 and AC40, that association re-organizes the Rrn3 interaction interface, thereby preventing Pol I dimerization; and Rrn3-bound and monomeric Pol I differ from the dimeric enzyme in cleft opening, and localization of the A12.2 C-terminus in the active centre. Our findings thus support a dual role for Rrn3 in transcription initiation to stabilize a monomeric initiation competent Pol I and to drive pre-initiation complex formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3443.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3443-v30.xml emd-3443.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3443.png | 352.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3443 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3443 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3443_validation.pdf.gz | 258.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3443_full_validation.pdf.gz | 258 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3443_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3443 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3443 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | reconstruction of the RNA pol I - Rrn3 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation ...
全体 | 名称: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation factor Rrn3 |
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要素 |
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-超分子 #1000: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation ...
超分子 | 名称: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation factor Rrn3 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 663 MDa |
-分子 #1: DNA dependent RNA polymerase I
分子 | 名称: DNA dependent RNA polymerase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: nucleolar |
分子量 | 理論値: 590 KDa |
-分子 #2: Rrn3
分子 | 名称: Rrn3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: nucleolar |
分子量 | 理論値: 72.346 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Hepes, 100mM ammonium acetate and 2mM MgCl2 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained |
グリッド | 詳細: sample was adsorbed on a floated carbon foil which was deposited onto a quantifoil grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blotting time (4 sec.) blotting force 5 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Cs corrector |
日付 | 2015年6月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 22 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 129630 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: relion / 詳細: final map was calculated from 2 averaged datasets / 使用した粒子像数: 32438 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: gEMfitter, Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |