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- EMDB-3443: Electron cryo-microscopy of the yeast RNA polymerase I - Rrn3 com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3443
タイトルElectron cryo-microscopy of the yeast RNA polymerase I - Rrn3 complex at 7.5A resolution
マップデータreconstruction of the RNA pol I - Rrn3 complex
試料
  • 試料: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation factor Rrn3
  • タンパク質・ペプチド: DNA dependent RNA polymerase I
  • タンパク質・ペプチド: Rrn3
キーワードRNA polymerase I initiation factor Rrn3 transcription initiation
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Pilsl M / Crucifix C / Papai G / Krupp F / Steinbauer R / Griesenbeck J / Milkereit P / Tschochner H / Schultz P
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the initiation-competent RNA polymerase I and its implication for transcription.
著者: Michael Pilsl / Corinne Crucifix / Gabor Papai / Ferdinand Krupp / Robert Steinbauer / Joachim Griesenbeck / Philipp Milkereit / Herbert Tschochner / Patrick Schultz /
要旨: Eukaryotic RNA polymerase I (Pol I) is specialized in rRNA gene transcription synthesizing up to 60% of cellular RNA. High level rRNA production relies on efficient binding of initiation factors to ...Eukaryotic RNA polymerase I (Pol I) is specialized in rRNA gene transcription synthesizing up to 60% of cellular RNA. High level rRNA production relies on efficient binding of initiation factors to the rRNA gene promoter and recruitment of Pol I complexes containing initiation factor Rrn3. Here, we determine the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 7.5 Å resolution, and compare it with Rrn3-free monomeric and dimeric Pol I. We observe that Rrn3 contacts the Pol I A43/A14 stalk and subunits A190 and AC40, that association re-organizes the Rrn3 interaction interface, thereby preventing Pol I dimerization; and Rrn3-bound and monomeric Pol I differ from the dimeric enzyme in cleft opening, and localization of the A12.2 C-terminus in the active centre. Our findings thus support a dual role for Rrn3 in transcription initiation to stabilize a monomeric initiation competent Pol I and to drive pre-initiation complex formation.
履歴
登録2016年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月28日-
マップ公開2016年9月28日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.121
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.121
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3443.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of the RNA pol I - Rrn3 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.48 Å		2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.48 Å		2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.121 / ムービー #1: 0.121
最小 - 最大-0.17636499 - 0.38812745
平均 (標準偏差)0.00050278 (±0.02722943)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.162.162.16
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1760.3880.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation ...

全体名称: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation factor Rrn3
要素
  • 試料: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation factor Rrn3
  • タンパク質・ペプチド: DNA dependent RNA polymerase I
  • タンパク質・ペプチド: Rrn3

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超分子 #1000: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation ...

超分子名称: complex formed between YEAST RNA polymerase I and the initiation factor Rrn3
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 2
分子量理論値: 663 MDa

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分子 #1: DNA dependent RNA polymerase I

分子名称: DNA dependent RNA polymerase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: nucleolar
分子量理論値: 590 KDa

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分子 #2: Rrn3

分子名称: Rrn3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: nucleolar
分子量理論値: 72.346 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Hepes, 100mM ammonium acetate and 2mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained
グリッド詳細: sample was adsorbed on a floated carbon foil which was deposited onto a quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blotting time (4 sec.) blotting force 5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Cs corrector
日付2015年6月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 129630 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: relion / 詳細: final map was calculated from 2 averaged datasets / 使用した粒子像数: 32438

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4c2m

ソフトウェア名称: gEMfitter, Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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