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万見
- EMDB-3439: RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3439
タイトルRNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution
マップデータS. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
試料
  • 試料: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
キーワードRNA polymerase / transciption
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I core binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / rDNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex ...RNA polymerase I core binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / rDNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / regulation of cell size / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / ribosome biogenesis / nucleic acid binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / : / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor ...RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / : / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Engel C / Plitzko J / Cramer P
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution.
著者: Christoph Engel / Jürgen Plitzko / Patrick Cramer /
要旨: Transcription of ribosomal DNA by RNA polymerase I (Pol I) requires the initiation factor Rrn3. Here we report the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution. The structure ...Transcription of ribosomal DNA by RNA polymerase I (Pol I) requires the initiation factor Rrn3. Here we report the cryo-EM structure of the Pol I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution. The structure reveals how Rrn3 binding converts an inactive Pol I dimer into an initiation-competent monomeric complex and provides insights into the mechanisms of Pol I-specific initiation and regulation.
履歴
登録2016年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月27日-
マップ公開2016年7月27日-
更新2016年7月27日-
現状2016年7月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5g5l
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

3439-EMDB-th...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 240 pix.
= 324. Å		1.35 Å/pix.
x 240 pix.
= 324. Å		1.35 Å/pix.
x 240 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.03415515 - 0.0790224
平均 (標準偏差)-0.00010222 (±0.00440425)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.000324.000324.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0340.079-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3

全体名称: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
要素
  • 試料: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3

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超分子 #1000: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3

超分子名称: S. cerevisiae RNA polymerase I bound to the initiation factor Rrn3
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 2
分子量実験値: 663 KDa / 理論値: 663 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

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分子 #1: RNA polymerase I

分子名称: RNA polymerase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pol I / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 別称: Bakers yeast / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 590 KDa / 理論値: 590 KDa
配列GO: RNA polymerase I complex

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分子 #2: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Rrn3 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 / 別称: Bakers yeast / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 73 KDa / 理論値: 73 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)RIL / 組換プラスミド: pET28
配列UniProtKB: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
InterPro: RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 150mM NaCl, 5mM Hepes, 1mM MgCl2, 0.01 mM ZnCl2, 5 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining
グリッド詳細: R2/1 holey carbon grids (Quantifoil)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: 4.5 microliters of sample was applied to glow-discharged Quantifoil R 2/1 holey carbon grids, which were then blotted for 8.5s and plunge-frozen in liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2015年3月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1174 / 平均電子線量: 40 e/Å2
詳細: Movies with 33 frames were collected over 9.9 seconds
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 63445

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4c2m


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L / Chain - #12 - Chain ID: M / Chain - #13 - Chain ID: N
ソフトウェア名称: Chimera, COOT
詳細Initial placement was performed in Chimera. Domains as specified in the PDB file were fitted as rigid bodies an hinges regularized in COOT.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 165
得られたモデル

PDB-5g5l:
RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3tj1


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera, COOT
詳細After initial placement in Chimera, secondary structure elements were rigid body fittet in COOT and hinges regularized.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 165
得られたモデル

PDB-5g5l:
RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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