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万見
- EMDB-21956: Cryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from rhesus rotaviru... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21956
タイトルCryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from rhesus rotavirus particles - Intermediate conformation
マップデータHalf map1
試料
  • 複合体: Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in an intermediate confromattion
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードnon-enveloped virus / viral particle / entry / membrane-penetration / rotavirus / VP4 / VP5* / VP8* / intermediate / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 ...Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Viral capsid/haemagglutinin protein / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Outer capsid protein VP4 / Outer capsid glycoprotein VP7
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Herrmann T / Harrison SC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)CA-13202 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Functional refolding of the penetration protein on a non-enveloped virus.
著者: Tobias Herrmann / Raúl Torres / Eric N Salgado / Cristina Berciu / Daniel Stoddard / Daniela Nicastro / Simon Jenni / Stephen C Harrison /
要旨: A non-enveloped virus requires a membrane lesion to deliver its genome into a target cell. For rotaviruses, membrane perforation is a principal function of the viral outer-layer protein, VP4. Here we ...A non-enveloped virus requires a membrane lesion to deliver its genome into a target cell. For rotaviruses, membrane perforation is a principal function of the viral outer-layer protein, VP4. Here we describe the use of electron cryomicroscopy to determine how VP4 performs this function and show that when activated by cleavage to VP8* and VP5*, VP4 can rearrange on the virion surface from an 'upright' to a 'reversed' conformation. The reversed structure projects a previously buried 'foot' domain outwards into the membrane of the host cell to which the virion has attached. Electron cryotomograms of virus particles entering cells are consistent with this picture. Using a disulfide mutant of VP4, we have also stabilized a probable intermediate in the transition between the two conformations. Our results define molecular mechanisms for the first steps of the penetration of rotaviruses into the membranes of target cells and suggest similarities with mechanisms postulated for other viruses.
履歴
登録2020年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wxf
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6wxf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21956.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half map1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.92 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.92 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.231 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-6.9640117 - 13.3044815
平均 (標準偏差)0.06738206 (±1.4884914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 393.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2311.2311.231
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.920393.920393.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ350350350
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-6.96413.3040.067

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21956_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map2

ファイルemd_21956_half_map_1.map
注釈Half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map1

ファイルemd_21956_half_map_2.map
注釈Half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in an intermediate confromattion

全体名称: Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in an intermediate confromattion
要素
  • 複合体: Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in an intermediate confromattion
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP4
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in an intermediate confromattion

超分子名称: Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in an intermediate confromattion
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Obtained from mutant recoated rhesus rotavirus particles (S567C-A590C rcTLP)
由来(天然)生物種: Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
分子量理論値: 1.7 MDa

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分子 #1: Outer capsid protein VP4

分子名称: Outer capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]
分子量理論値: 86.703711 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASLIYRQLL TNSYTVDLSD EIQEIGSTKT QNVTINLGPF AQTGYAPVNW GPGETNDSTT VEPVLDGPYQ PTTFNPPVDY WMLLAPTAA GVVVEGTNNT DRWLATILVE PNVTSETRSY TLFGTQEQIT IANASQTQWK FIDVVKTTQN GSYSQYGPLQ S TPKLYAVM ...文字列:
MASLIYRQLL TNSYTVDLSD EIQEIGSTKT QNVTINLGPF AQTGYAPVNW GPGETNDSTT VEPVLDGPYQ PTTFNPPVDY WMLLAPTAA GVVVEGTNNT DRWLATILVE PNVTSETRSY TLFGTQEQIT IANASQTQWK FIDVVKTTQN GSYSQYGPLQ S TPKLYAVM KHNGKIYTYN GETPNVTTKY YSTTNYDSVN MTAFCDFYII PREEESTCTE YINNGLPPIQ NTRNIVPLAL SA RNIISHR AQANEDIVVS KTSLWKEMQY NRDITIRFKF ASSIVKSGGL GYKWSEISFK PANYQYTYTR DGEEVTAHTT CSV NGMNDF NFNGGSLPTD FVISRYEVIK ENSYVYVDYW DDSQAFRNMV YVRSLAANLN SVICTGGDYS FALPVGQWPV MTGG AVSLH SAGVTLSTQF TDFVSLNSLR FRFRLTVEEP SFSITRTRVS RLYGLPAANP NNGKEYYEVA GRFSLISLVP SNDDY QTPI TNSVTVRQDL ERQLGELREE FNALSQEIAM SQLIDLALLP LDMFSMFSGI KSTIDAAKSM ATSVMKKFKK SGLANS VST LTDCLSDAAS SISRGASIRS VGSSASCWTD VSTQITDVSS SVSSISTQTS TISRRLRLKE MATQTEGMNF DDISAAV LK TKIDRSTQIS PNTLPDIVTE ASEKFIPNRA YRVINNDEVF EAGTDGRFFA YRVETFDEIP FDVQKFADLV TDSPVISA I IDFKTLKNLN DNYGISRQQA FNLLRSDPRV LREFINQDNP IIRNRIEQLI MQCRL

UniProtKB: Outer capsid protein VP4

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分子 #2: Intermediate capsid protein VP6

分子名称: Intermediate capsid protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]
分子量理論値: 44.934766 KDa
配列文字列: MDVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FDFGLLGTTL LNLDANYVET ARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SGIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPNIFP Y SASFTLNR ...文字列:
MDVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FDFGLLGTTL LNLDANYVET ARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SGIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPNIFP Y SASFTLNR SQPAHDNLMG TMWLNAGSEI QVAGFDYSCA INAPANIQQF EHIVQLRRVL TTATITLLPD AERFSFPRVI NS ADGATTW YFNPVILRPN NVEVEFLLNG QIINTYQARF GTIIARNFDT IRLSFQLMRP PNMTPAVAAL FPNAQPFEHH ATV GLTLRI ESAVCESVLA DASKTMLANV TSVRQEYAIP VGPVFPPGMN WTDLITNYSP SREDNLQRVF TVASIRSMLV K

UniProtKB: Intermediate capsid protein VP6

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分子 #3: Outer capsid glycoprotein VP7

分子名称: Outer capsid glycoprotein VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (strain RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]) (ウイルス)
株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3]
分子量理論値: 37.136531 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MYGIEYTTVL TFLISLILLN YILKSLTRMM DFIIYRFLFI VVILSPLLKA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTDIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM ...文字列:
MYGIEYTTVL TFLISLILLN YILKSLTRMM DFIIYRFLFI VVILSPLLKA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTDIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM DITLYYYQQT DEANKWISMG SSCTIKVCPL NTQTLGIGCL TTDTATFEEV ATAEKLVITD VVDGVNHKLD VT TATCTIR NCKKLGPREN VAVIQVGGSD VLDITADPTT APQTERMMRI NWKKWWQVFY TVVDYVNQII QAMSKRSRSL NSA AFYYRI

UniProtKB: Outer capsid glycoprotein VP7

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 54 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propan-1,3-diolTris
100.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMCaCl2Calcium chloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 4 ul sample volume, 4 sec blotting time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3701 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1359 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 40605 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3522 / 詳細: whole viral particles
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v7q

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM
詳細: Reconstruction final map after classification of VP4 sub-particles . VP4 sub-particles extracted from viral particles (60 VP4 sub-particles per viral particle)
使用した粒子像数: 82008
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
詳細: Euler angle determination of viral particles by projection matching to cryo-EM map from pdb 4V7Q
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 詳細: Refinement of euler angles for viral particles.
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 60000 / ソフトウェア - 名称: cisTEM
詳細: Classification of VP4 sub-particles extracted from viral particles (60 VP4 sub-particles per viral particle)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4v7q

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1slq

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細phenix.real_space_refine
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6wxf:
Cryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from rhesus rotavirus particles - Intermediate conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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