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- EMDB-11809: Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11809
タイトルCryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome, Dhr1-Dim1)
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試料
  • 複合体: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / tRNA wobble cytosine modification / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / tRNA wobble cytosine modification / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / U1 snRNA 3'-end processing / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / RNA fragment catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / tRNA acetylation / rRNA 2'-O-methylation / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CURI complex / UTP-C complex / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear microtubule / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / nuclear exosome (RNase complex) / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / rRNA modification / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / regulation of rRNA processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA binding / septum digestion after cytokinesis / snRNA binding / tRNA re-export from nucleus / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / 3'-5' RNA helicase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rDNA heterochromatin / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / single-stranded telomeric DNA binding / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / rRNA primary transcript binding / rRNA base methylation / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / O-methyltransferase activity / 90S preribosome assembly / rRNA methylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / histone H2AQ104 methyltransferase activity / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / mRNA modification / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / maturation of 5.8S rRNA / nonfunctional rRNA decay / establishment of cell polarity / rRNA metabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / mRNA catabolic process / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Cheng J / Lau B / Venuta GL / Berninghausen O / Beckmann R / Hurt E
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of the Maturing 90S Pre-ribosome in Association with the RNA Exosome.
著者: Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Dirk Flemming / Giuseppe La Venuta / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in ...Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in this progression is removal of the 5' external transcribed spacer (5'-ETS), an RNA extension at the 18S rRNA that is integrated into the huge 90S pre-ribosome structure. Upon endo-nucleolytic cleavage at an internal site, A, the 5'-ETS is separated from the 18S rRNA and degraded. Here we present biochemical and cryo-electron microscopy analyses that depict the RNA exosome, a major 3'-5' exoribonuclease complex, in a super-complex with the 90S pre-ribosome. The exosome is docked to the 90S through its co-factor Mtr4 helicase, a processive RNA duplex-dismantling helicase, which strategically positions the exosome at the base of 5'-ETS helices H9-H9', which are dislodged in our 90S-exosome structures. These findings suggest a direct role of the exosome in structural remodeling of the 90S pre-ribosome to drive eukaryotic ribosome synthesis.
履歴
登録2020年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2021年2月3日-
現状2021年2月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11809.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local resolution filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.32 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.32 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.077466756 - 0.12347478
平均 (標準偏差)0.00076612557 (±0.0045423233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 508.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z508.320508.320508.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0770.1230.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1...

全体名称: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample
要素
  • 複合体: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample

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超分子 #1: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1...

超分子名称: 90S-exosome super-complex in state Post-A1-exosome from Dhr1-Dim1 sample
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#77
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3892
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6zqd

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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