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万見- EMDB-13769: CryoEM structure of Apoferritin at 2.6A from Tundra, 100kV microscope -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13769 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Apoferritin at 2.6A from Tundra, 100kV microscope | |||||||||
マップデータ | Apoferritin data from Tundra, 100kV microscope with CetaF detector | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Karia D / Hlavenkova H / Koh A / Malinsky M / Yu L / Kotecha A | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of Apoferritin at 2.6A from Tundra, 100kV microscope 著者: Karia D / Hlavenkova H / Koh A / Malinsky M / Yu L / Kotecha A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13769.map.gz | 9.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13769-v30.xml emd-13769.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13769_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13769.png | 215.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13769 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13769 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13769_validation.pdf.gz | 351.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13769_full_validation.pdf.gz | 351.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13769_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13769_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13769 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13769 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10844 (タイトル: CryoEM structure of Apoferritin at 2.6A from Tundra, 100kV microscope Data size: 1.0 TB Data #1: Unaligned multiframe movies of ApoF from CETA-F camera [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Apoferritin data from Tundra, 100kV microscope with CetaF detector | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0476 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin
全体 | 名称: Apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin
超分子 | 名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 480 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM HEPES pH 7.5 and 300mM NaCl |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | 4mg/ml protein in 20mM HEPES pH 7.5 and 300mM NaCl |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TUNDRA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 倍率(公称値): 180000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |