[日本語] English
万見
- EMDB-11774: Cryo-EM structure of the signal sequence-engaged post-translation... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11774
タイトルCryo-EM structure of the signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
マップデータ
試料
  • 複合体: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
    • 複合体: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC61
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SBH1
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SSS1
      • タンパク質・ペプチド: Protein translocation protein SEC63
      • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC66
      • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC72
    • 複合体: Translocation protein SEC62
      • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC62,Translocation protein SEC62
    • 複合体: Mating factor alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1
キーワードPost-translational translocation / Protein translocation / Sec complex / Signal sequence / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mating pheromone activity / mating / misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex ...mating pheromone activity / mating / misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / filamentous growth / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / cupric ion binding / peptide transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular region / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translocation protein Sec62, ascomycota / Translocation protein Sec62 / Translocation protein Sec62 / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor N-terminus / Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh ...Translocation protein Sec62, ascomycota / Translocation protein Sec62 / Translocation protein Sec62 / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor N-terminus / Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / DnaJ domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Mating factor alpha-1 / Protein translocation protein SEC63 / Translocation protein SEC62 / Protein transport protein SEC61 / Translocation protein SEC66 / Protein transport protein SSS1 / Translocation protein SEC72 / Protein transport protein SBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Weng T-H / Beatrix B
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Architecture of the active post-translational Sec translocon.
著者: Tsai-Hsuan Weng / Wieland Steinchen / Birgitta Beatrix / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Gert Bange / Jingdong Cheng / Roland Beckmann /
要旨: In eukaryotes, most secretory and membrane proteins are targeted by an N-terminal signal sequence to the endoplasmic reticulum, where the trimeric Sec61 complex serves as protein-conducting channel ...In eukaryotes, most secretory and membrane proteins are targeted by an N-terminal signal sequence to the endoplasmic reticulum, where the trimeric Sec61 complex serves as protein-conducting channel (PCC). In the post-translational mode, fully synthesized proteins are recognized by a specialized channel additionally containing the Sec62, Sec63, Sec71, and Sec72 subunits. Recent structures of this Sec complex in the idle state revealed the overall architecture in a pre-opened state. Here, we present a cryo-EM structure of the yeast Sec complex bound to a substrate, and a crystal structure of the Sec62 cytosolic domain. The signal sequence is inserted into the lateral gate of Sec61α similar to previous structures, yet, with the gate adopting an even more open conformation. The signal sequence is flanked by two Sec62 transmembrane helices, the cytoplasmic N-terminal domain of Sec62 is more rigidly positioned, and the plug domain is relocated. We crystallized the Sec62 domain and mapped its interaction with the C-terminus of Sec63. Together, we obtained a near-complete and integrated model of the active Sec complex.
履歴
登録2020年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7aft
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7aft
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11774.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.8 Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.8 Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.048339542 - 0.091499545
平均 (標準偏差)0.0004280783 (±0.004853368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.800211.800211.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0480.0910.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon

全体名称: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
要素
  • 複合体: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
    • 複合体: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC61
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SBH1
      • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SSS1
      • タンパク質・ペプチド: Protein translocation protein SEC63
      • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC66
      • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC72
    • 複合体: Translocation protein SEC62
      • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC62,Translocation protein SEC62
    • 複合体: Mating factor alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1

+
超分子 #1: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon

超分子名称: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 255 KDa

+
超分子 #2: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon

超分子名称: Signal sequence-engaged post-translational Sec translocon
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #3: Translocation protein SEC62

超分子名称: Translocation protein SEC62 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #4: Mating factor alpha-1

超分子名称: Mating factor alpha-1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
分子 #1: Protein transport protein SEC61

分子名称: Protein transport protein SEC61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 52.978148 KDa
配列文字列: MSSNRVLDLF KPFESFLPEV IAPERKVPYN QKLIWTGVSL LIFLILGQIP LYGIVSSETS DPLYWLRAML ASNRGTLLEL GVSPIITSS MIFQFLQGTQ LLQIRPESKQ DRELFQIAQK VCAIILILGQ ALVVVMTGNY GAPSDLGLPI CLLLIFQLMF A SLIVMLLD ...文字列:
MSSNRVLDLF KPFESFLPEV IAPERKVPYN QKLIWTGVSL LIFLILGQIP LYGIVSSETS DPLYWLRAML ASNRGTLLEL GVSPIITSS MIFQFLQGTQ LLQIRPESKQ DRELFQIAQK VCAIILILGQ ALVVVMTGNY GAPSDLGLPI CLLLIFQLMF A SLIVMLLD ELLSKGYGLG SGISLFTATN IAEQIFWRAF APTTVNSGRG KEFEGAVIAF FHLLAVRKDK KRALVEAFYR TN LPNMFQV LMTVAIFLFV LYLQGFRYEL PIRSTKVRGQ IGIYPIKLFY TSNTPIMLQS ALTSNIFLIS QILFQKYPTN PLI RLIGVW GIRPGTQGPQ MALSGLAYYI QPLMSLSEAL LDPIKTIVYI TFVLGSCAVF SKTWIEISGT SPRDIAKQFK DQGM VINGK RETSIYRELK KIIPTAAAFG GATIGALSVG SDLLGTLGSG ASILMATTTI YGYYEAAAKE GGFTKNLVPG FSDLM

UniProtKB: Protein transport protein SEC61

+
分子 #2: Protein transport protein SBH1

分子名称: Protein transport protein SBH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.723155 KDa
配列文字列:
MSSPTPPGGQ RTLQKRKQGS SQKVAASAPK KNTNSNNSIL KIYSDEATGL RVDPLVVLFL AVGFIFSVVA LHVISKVAGK LF

UniProtKB: Protein transport protein SBH1

+
分子 #3: Protein transport protein SSS1

分子名称: Protein transport protein SSS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.958641 KDa
配列文字列:
MARASEKGEE KKQSNNQVEK LVEAPVEFVR EGTQFLAKCK KPDLKEYTKI VKAVGIGFIA VGIIGYAIKL IHIPIRYVIV

UniProtKB: Protein transport protein SSS1

+
分子 #4: Protein translocation protein SEC63

分子名称: Protein translocation protein SEC63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 75.432258 KDa
配列文字列: MPTNYEYDEA SETWPSFILT GLLMVVGPMT LLQIYQIFFG ANAEDGNSGK SKEFNEEVFK NLNEEYTSDE IKQFRRKFDK NSNKKSKIW SRRNIIIIVG WILVAILLQR INSNDAIKDA ATKLFDPYEI LGISTSASDR DIKSAYRKLS VKFHPDKLAK G LTPDEKSV ...文字列:
MPTNYEYDEA SETWPSFILT GLLMVVGPMT LLQIYQIFFG ANAEDGNSGK SKEFNEEVFK NLNEEYTSDE IKQFRRKFDK NSNKKSKIW SRRNIIIIVG WILVAILLQR INSNDAIKDA ATKLFDPYEI LGISTSASDR DIKSAYRKLS VKFHPDKLAK G LTPDEKSV MEETYVQITK AYESLTDELV RQNYLKYGHP DGPQSTSHGI ALPRFLVDGS ASPLLVVCYV ALLGLILPYF VS RWWARTQ SYTKKGIHNV TASNFVSNLV NYKPSEIVTT DLILHWLSFA HEFKQFFPDL QPTDFEKLLQ DHINRRDSGK LNN AKFRIV AKCHSLLHGL LDIACGFRNL DIALGAINTF KCIVQAVPLT PNCQILQLPN VDKEHFITKT GDIHTLGKLF TLED AKIGE VLGIKDQAKL NETLRVASHI PNLKIIKADF LVPGENQVTP SSTPYISLKV LVRSAKQPLI PTSLIPEENL TEPQD FESQ RDPFAMMSKQ PLVPYSFAPF FPTKRRGSWC CLVSSQKDGK ILQTPIIIEK LSYKNLNDDK DFFDKRIKMD LTKHEK FDI NDWEIGTIKI PLGQPAPETV GDFFFRVIVK STDYFTTDLD ITMNMKVRDS PAVEQVEVYS EEDDEYSTDD DETESDD ES DASDYTDIDT DTEAEDDESP E

UniProtKB: Protein translocation protein SEC63

+
分子 #5: Translocation protein SEC66

分子名称: Translocation protein SEC66 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.263939 KDa
配列文字列: MSEFNETKFS NNGTFFETEE PIVETKSISV YTPLIYVFIL VVSLVMFASS YRKKQAKKIS EQPSIFDEND AHDLYFQIKE MSENEKIHE KVLKAALLNR GAESVRRSLK LKELAPQINL LYKNGSIGED YWKRFETEVK LIELEFKDTL QEAERLQPGW V QLFVMVCK ...文字列:
MSEFNETKFS NNGTFFETEE PIVETKSISV YTPLIYVFIL VVSLVMFASS YRKKQAKKIS EQPSIFDEND AHDLYFQIKE MSENEKIHE KVLKAALLNR GAESVRRSLK LKELAPQINL LYKNGSIGED YWKRFETEVK LIELEFKDTL QEAERLQPGW V QLFVMVCK EICFNQALSR RYQSILKRKE VCIKEWELKI NNDGRLVN

UniProtKB: Translocation protein SEC66

+
分子 #6: Translocation protein SEC72

分子名称: Translocation protein SEC72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.63109 KDa
配列文字列: MVTLEYNANS KLITASDAVV ALSTETNIDQ INVLTTSLIG ETNPNFTPQP NEALSKMIKG LFESGMKNLQ QKKLNEALKN VSLAIEMAQ RKRAPWEAFA IQLPELHFML RSKIDLCLIL GKHLEALQDL DFLLGTGLIQ PDVFVRKADC LLKLRQWEEA R ATCERGLA ...文字列:
MVTLEYNANS KLITASDAVV ALSTETNIDQ INVLTTSLIG ETNPNFTPQP NEALSKMIKG LFESGMKNLQ QKKLNEALKN VSLAIEMAQ RKRAPWEAFA IQLPELHFML RSKIDLCLIL GKHLEALQDL DFLLGTGLIQ PDVFVRKADC LLKLRQWEEA R ATCERGLA LAPEDMKLRA LLIETARNLA EYNGE

UniProtKB: Translocation protein SEC72

+
分子 #7: Translocation protein SEC62,Translocation protein SEC62

分子名称: Translocation protein SEC62,Translocation protein SEC62
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: The residue numbering in chain G is based on the transmembrane helix prediction of Sec62.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 35.649891 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAVGPGSNA GASVNGGSAT AIATLLRNHK ELKQRQGLFQ AKQTDFFRYK RFVRALHSEE YANKSARQPE IYPTIPSNKI EDQLKSREI FIQLIKAQMV IPVKKLHSQE CKEHGLKPSK DFPHLIVSNK AQLEADEYFV WNYNPRTYMD YLIVIGVVSI I LALVCYPL ...文字列:
MSAVGPGSNA GASVNGGSAT AIATLLRNHK ELKQRQGLFQ AKQTDFFRYK RFVRALHSEE YANKSARQPE IYPTIPSNKI EDQLKSREI FIQLIKAQMV IPVKKLHSQE CKEHGLKPSK DFPHLIVSNK AQLEADEYFV WNYNPRTYMD YLIVIGVVSI I LALVCYPL WPRSMRRGSY YVSLGAFGIL AGFFAVAILR LILYVLSLIV YKDVGGFWIF PNLFEDCGVL ESFKPLYGFG EK DTYSYKK KLKRMKKKQA KRESNKKKAI NEKAEQN(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: Translocation protein SEC62

+
分子 #8: Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1

分子名称: Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 19.766402 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRFPSIFTAV LFAASSALAA PVNTTTEDET AQIPAEAVIG YLDLEGDFDV AVLPFSNSTN NGLLFINTTI ASIAAKEEGV SLDKREAEA WHWLQLKPGQ PMYKREAEAE AWHWLQLKPG QPMYKREADA EAWHWLQLKP GQPMYKREAD AEAWHWLQLK P GQPMY(UNK) ...文字列:
MRFPSIFTAV LFAASSALAA PVNTTTEDET AQIPAEAVIG YLDLEGDFDV AVLPFSNSTN NGLLFINTTI ASIAAKEEGV SLDKREAEA WHWLQLKPGQ PMYKREAEAE AWHWLQLKPG QPMYKREADA EAWHWLQLKP GQPMYKREAD AEAWHWLQLK P GQPMY(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: Mating factor alpha-1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMCH3CO2KKOAc
2.5 mMMg(CH3COO)2Mg(OAc)2
1.0 mMC4H10O2S2DTT
0.02 %C56H92O25GDN
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 平均電子線量: 36.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
#1 - 検出モード: COUNTING / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析 #1

Image processing ID1
Image recording ID1
初期モデル#0 - モデルのタイプ: EMDB MAP
#0 - EMDB ID:

0440


#1 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#1 - PDBモデル - PDB ID:

6n3q

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 74558
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
画像解析 #2

Image processing ID2
Image recording ID2
初期モデル#0 - モデルのタイプ: EMDB MAP
#0 - EMDB ID:

0440


#1 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#1 - PDBモデル - PDB ID:

6n3q

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 15725
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6n3q


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7aft:
Cryo-EM structure of the signal sequence-engaged post-translational Sec translocon

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る