+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6eac | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Pseudomonas syringae SelO | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components | SelO | ||||||||||||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / ampylation / selenoprotein / pseudokinase / flipped ATP / atypical kinase fold / adenylylation / oxidative stress / selenocysteine | ||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information : / nucleotidyltransferase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Pseudomonas syringae (bacteria) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.269 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Sreelatha, A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | United States, 9items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2018 Title: Protein AMPylation by an Evolutionarily Conserved Pseudokinase. Authors: Sreelatha, A. / Yee, S.S. / Lopez, V.A. / Park, B.C. / Kinch, L.N. / Pilch, S. / Servage, K.A. / Zhang, J. / Jiou, J. / Karasiewicz-Urbanska, M. / Lobocka, M. / Grishin, N.V. / Orth, K. / ...Authors: Sreelatha, A. / Yee, S.S. / Lopez, V.A. / Park, B.C. / Kinch, L.N. / Pilch, S. / Servage, K.A. / Zhang, J. / Jiou, J. / Karasiewicz-Urbanska, M. / Lobocka, M. / Grishin, N.V. / Orth, K. / Kucharczyk, R. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. | ||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6eac.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6eac.ent.gz | 926.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6eac.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6eac_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6eac_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 6eac_validation.xml.gz | 69.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6eac_validation.cif.gz | 96.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eac | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 55359.340 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae (bacteria) / Plasmid: ppSumo / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3) References: UniProt: Q87VB1, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases |
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-Non-polymers , 8 types, 646 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-ANP / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-PEG / #8: Chemical | ChemComp-ACT / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.017 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM AMP-PNP, 22% PEG 3350, 30% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97914 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2017 / Details: monochromator |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97914 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.269→49.14 Å / Num. obs: 112381 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.269→2.31 Å / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5208 / Rpim(I) all: 0.292 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.269→49.136 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.56
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 172.34 Å2 / Biso mean: 42.0551 Å2 / Biso min: 10.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.269→49.136 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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