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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11610 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of a beta3K279T GABA(A)R homomer in complex with megabody MbNbF3c7HopQ | ||||||||||||||||||
![]() | GABAAR-b3 homomer solubilised in nanodiscs and in complex with anti-MSP megabodies | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity ...cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / chloride transmembrane transport / cytoplasmic vesicle membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Uchanski T / Masiulis S | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Megabodies expand the nanobody toolkit for protein structure determination by single-particle cryo-EM. 著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre ...著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre Wohlkönig / Thomas Zögg / Han Remaut / James H Naismith / Hugues Nury / Wim Vranken / A Radu Aricescu / Els Pardon / Jan Steyaert / ![]() ![]() ![]() 要旨: Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their ...Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their conformational heterogeneity and stabilize multi-protein complexes. Here we demonstrate that engineered nanobodies can also help overcome two major obstacles that limit the resolution of single-particle cryo-electron microscopy reconstructions: particle size and preferential orientation at the water-air interfaces. We have developed and characterized constructs, termed megabodies, by grafting nanobodies onto selected protein scaffolds to increase their molecular weight while retaining the full antigen-binding specificity and affinity. We show that the megabody design principles are applicable to different scaffold proteins and recognition domains of compatible geometries and are amenable for efficient selection from yeast display libraries. Moreover, we demonstrate that megabodies can be used to obtain three-dimensional reconstructions for membrane proteins that suffer from severe preferential orientation or are otherwise too small to allow accurate particle alignment. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 16.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 137.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | GABAAR-b3 homomer solubilised in nanodiscs and in complex with anti-MSP megabodies | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.705 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in compl...
全体 | 名称: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in complex with megabody MbNbF3c7HopQ |
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要素 |
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-超分子 #1: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in compl...
超分子 | 名称: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in complex with megabody MbNbF3c7HopQ タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 500 KDa |
-超分子 #2: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor
超分子 | 名称: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Megabody MbNbF3c7HopQ
超分子 | 名称: Megabody MbNbF3c7HopQ / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyri...
分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSVNDPGNMS FVKETVDKLL KGYDIRLRPD FGGPPVCVGM NIDIASIDMV SEVNMDYTLT MYFQQYWRDK RLAYSGIPLN LTLDNRVAD QLWVPDTYFL NDKKSFVHGV TVKNRMIRLH PDGTVLYGLR ITTTAACMMD LRRYPLDEQN CTLEIESYGY T TDDIEFYW ...文字列: QSVNDPGNMS FVKETVDKLL KGYDIRLRPD FGGPPVCVGM NIDIASIDMV SEVNMDYTLT MYFQQYWRDK RLAYSGIPLN LTLDNRVAD QLWVPDTYFL NDKKSFVHGV TVKNRMIRLH PDGTVLYGLR ITTTAACMMD LRRYPLDEQN CTLEIESYGY T TDDIEFYW RGGDKAVTGV ERIELPQFSI VEHRLVSRNV VFATGAYPRL SLSFRLKRNI GYFILQTYMP SILITILSWV SF WINYDAS AARVALGITT VLTMTTINTH LRETLPKIPY VTAIDMYLMG CFVFVFLALL EYAFVNYIFF SQPARAAAID RWS RIVFPF TFSLFNLVYW LYYVN |
-分子 #2: Megabody MbNbF3c7HopQ
分子 | 名称: Megabody MbNbF3c7HopQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Megabody is a chimeric antigen binding protein build of a nanobody and the adhesin domain of H. pylori (HopQ) 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ AEILKLANQV ESDFNKLSSG HLKDYIGKCD ...文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ AEILKLANQV ESDFNKLSSG HLKDYIGKCD ASAISSANMT MQNQKNNWGN GCAGVEETQS LLKTSAADFN NQTPQINQAQ NLANTLIQEL GNNTYEQLSR LLTNDNGTNS KTSAQAINQA VNNLNERAKT LAGGTTNSPA YQATLLALRS VLGLWNSMGY AVICGGYTKS PGENNQKDFH YTDENGNGTT INCGGSTNSN GTHSYNGTNT LKADKNVSLS IEQYEKIHEA YQILSKALKQ AGLAPLNSKG EKLEAHVTTS KYGSLRLSCA ASGSGFGPNV MGWYRQAPGK RRELVATINR IGNINYGDSV KGRFTLSREI AVNTVYLQMN SLKPEDAANY YCYAAKYGVD YWGKGTQVTV SSHHHHHHEP EA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Monodisperse sample |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: OTHER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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