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- EMDB-11610: CryoEM structure of a beta3K279T GABA(A)R homomer in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11610
タイトルCryoEM structure of a beta3K279T GABA(A)R homomer in complex with megabody MbNbF3c7HopQ
マップデータGABAAR-b3 homomer solubilised in nanodiscs and in complex with anti-MSP megabodies
試料
  • 複合体: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in complex with megabody MbNbF3c7HopQ
    • 複合体: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
    • 複合体: Megabody MbNbF3c7HopQ
      • タンパク質・ペプチド: Megabody MbNbF3c7HopQ
機能・相同性
機能・相同性情報


circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex ...circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / innervation / response to anesthetic / postsynaptic specialization membrane / inhibitory postsynaptic potential / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / cellular response to zinc ion / exploration behavior / motor behavior / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / cochlea development / social behavior / chloride channel complex / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / cerebellum development / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA-ergic synapse / memory / dendritic spine / postsynaptic membrane / response to xenobiotic stimulus / cell surface / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region ...SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Uchanski T / Masiulis S
資金援助 英国, ベルギー, 5件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)L009609/1 英国
European Union (EU)731005 ベルギー
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG) ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021
タイトル: Megabodies expand the nanobody toolkit for protein structure determination by single-particle cryo-EM.
著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre ...著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre Wohlkönig / Thomas Zögg / Han Remaut / James H Naismith / Hugues Nury / Wim Vranken / A Radu Aricescu / Els Pardon / Jan Steyaert /
要旨: Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their ...Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their conformational heterogeneity and stabilize multi-protein complexes. Here we demonstrate that engineered nanobodies can also help overcome two major obstacles that limit the resolution of single-particle cryo-electron microscopy reconstructions: particle size and preferential orientation at the water-air interfaces. We have developed and characterized constructs, termed megabodies, by grafting nanobodies onto selected protein scaffolds to increase their molecular weight while retaining the full antigen-binding specificity and affinity. We show that the megabody design principles are applicable to different scaffold proteins and recognition domains of compatible geometries and are amenable for efficient selection from yeast display libraries. Moreover, we demonstrate that megabodies can be used to obtain three-dimensional reconstructions for membrane proteins that suffer from severe preferential orientation or are otherwise too small to allow accurate particle alignment.
履歴
登録2020年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月4日-
マップ公開2021年8月4日-
更新2021年8月4日-
現状2021年8月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11610.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GABAAR-b3 homomer solubilised in nanodiscs and in complex with anti-MSP megabodies
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.71 Å/pix.
x 400 pix.
= 282. Å		0.71 Å/pix.
x 400 pix.
= 282. Å		0.71 Å/pix.
x 400 pix.
= 282. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.705 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.049167335 - 0.08415138
平均 (標準偏差)0.00012702131 (±0.002019894)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 282.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.7050.7050.705
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z282.000282.000282.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0490.0840.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in compl...

全体名称: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in complex with megabody MbNbF3c7HopQ
要素
  • 複合体: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in complex with megabody MbNbF3c7HopQ
    • 複合体: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor
      • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
    • 複合体: Megabody MbNbF3c7HopQ
      • タンパク質・ペプチド: Megabody MbNbF3c7HopQ

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超分子 #1: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in compl...

超分子名称: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor in complex with megabody MbNbF3c7HopQ
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 500 KDa

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超分子 #2: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor

超分子名称: Homomeric truncated (M3-M4 loop) GABAAR b3K279T receptor
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 細胞中の位置: Plasma membrane
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S-GnTI- / 組換プラスミド: pHL-sec

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超分子 #3: Megabody MbNbF3c7HopQ

超分子名称: Megabody MbNbF3c7HopQ / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: WK6 su-

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分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyri...

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVNDPGNMS FVKETVDKLL KGYDIRLRPD FGGPPVCVGM NIDIASIDMV SEVNMDYTLT MYFQQYWRDK RLAYSGIPLN LTLDNRVAD QLWVPDTYFL NDKKSFVHGV TVKNRMIRLH PDGTVLYGLR ITTTAACMMD LRRYPLDEQN CTLEIESYGY T TDDIEFYW ...文字列:
QSVNDPGNMS FVKETVDKLL KGYDIRLRPD FGGPPVCVGM NIDIASIDMV SEVNMDYTLT MYFQQYWRDK RLAYSGIPLN LTLDNRVAD QLWVPDTYFL NDKKSFVHGV TVKNRMIRLH PDGTVLYGLR ITTTAACMMD LRRYPLDEQN CTLEIESYGY T TDDIEFYW RGGDKAVTGV ERIELPQFSI VEHRLVSRNV VFATGAYPRL SLSFRLKRNI GYFILQTYMP SILITILSWV SF WINYDAS AARVALGITT VLTMTTINTH LRETLPKIPY VTAIDMYLMG CFVFVFLALL EYAFVNYIFF SQPARAAAID RWS RIVFPF TFSLFNLVYW LYYVN

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分子 #2: Megabody MbNbF3c7HopQ

分子名称: Megabody MbNbF3c7HopQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Megabody is a chimeric antigen binding protein build of a nanobody and the adhesin domain of H. pylori (HopQ)
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ AEILKLANQV ESDFNKLSSG HLKDYIGKCD ...文字列:
QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASDM INNAQKIVQE TQQLSANQPK NITQPHNLNL NSPSSLTALA QKMLKNAQSQ AEILKLANQV ESDFNKLSSG HLKDYIGKCD ASAISSANMT MQNQKNNWGN GCAGVEETQS LLKTSAADFN NQTPQINQAQ NLANTLIQEL GNNTYEQLSR LLTNDNGTNS KTSAQAINQA VNNLNERAKT LAGGTTNSPA YQATLLALRS VLGLWNSMGY AVICGGYTKS PGENNQKDFH YTDENGNGTT INCGGSTNSN GTHSYNGTNT LKADKNVSLS IEQYEKIHEA YQILSKALKQ AGLAPLNSKG EKLEAHVTTS KYGSLRLSCA ASGSGFGPNV MGWYRQAPGK RRELVATINR IGNINYGDSV KGRFTLSREI AVNTVYLQMN SLKPEDAANY YCYAAKYGVD YWGKGTQVTV SSHHHHHHEP EA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse sample

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.08)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion 3D ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D / 使用した粒子像数: 8818
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Refine3D
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Class3D
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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