+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5heh | ||||||
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Title | Pentameric ligand-gated ion channel GLIC mutant P246A | ||||||
Components | Proton-gated ion channel | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channels / Membrane protein / Ligand-gated ion channel | ||||||
Function / homology | Function and homology information sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gloeobacter violaceus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Bertozzi, C. / Dutzler, R. | ||||||
Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2016 Title: Signal Transduction at the Domain Interface of Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channels. Authors: Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Engeler, S. / Hilf, R.J. / Dutzler, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5heh.cif.gz | 632.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5heh.ent.gz | 536 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5heh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5heh_validation.pdf.gz | 466.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5heh_full_validation.pdf.gz | 490.8 KB | Display | |
Data in XML | 5heh_validation.xml.gz | 52.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5heh_validation.cif.gz | 70 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5heh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5heh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hegC 5hejC 5heoC 5heuC 5hewC 3ehzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36194.637 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: P246A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gloeobacter violaceus (bacteria) / Gene: glvI, glr4197 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q7NDN8 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.16 Å3/Da / Density % sol: 76.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: PEG 4000, Ammonium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.9197 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9197 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→50 Å / Num. obs: 55197 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.4 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EHZ Resolution: 3.3→29.913 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→29.913 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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