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- PDB-4ire: Crystal structure of GLIC with mutations at the loop C region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ire
タイトルCrystal structure of GLIC with mutations at the loop C region
要素Proton-gated ion channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / pentameric ligand-gated ion channel / proton-gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LMD / OXALATE ION / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Chen, Q. / Pan, J. / Liang, Y.H. / Xu, Y. / Tang, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Signal transduction pathways in the pentameric ligand-gated ion channels.
著者: Mowrey, D. / Chen, Q. / Liang, Y. / Liang, J. / Xu, Y. / Tang, P.
履歴
登録2013年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Structure summary
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,59448
ポリマ－181,3745
非ポリマー13,22043
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38680 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area61970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.030, 133.620, 161.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC


分子量: 36274.766 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 43-359 / 変異: D91N, E177Q, D178N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glr4197, glvI / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta(de3) Plyss / 参照: UniProt: Q7NDN8

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非ポリマー , 5種, 99分子

#2: 化合物
ChemComp-LMD / tetradecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / n-Tetradecyl-b-D-maltopyranosid / テトラデシルβ-マルトシド


分子量: 538.669 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50O11
#3: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: 10-12% PEG 4000, 225 mM ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate buffer (pH 3.9 - 4.1), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月25日 / 詳細: K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→30 Å / Num. all: 63002 / Num. obs: 61417 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 88.969 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.07
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.19-3.380.7071.83346479335192.9
3.38-3.610.3923.3351969220197.6
3.61-3.90.2246.06349928760199.4
3.9-4.260.11511.13316768019199.2
4.26-4.750.05917.96270537212197.7
4.75-5.460.04723.4257976465199.2
5.46-6.630.05621.7206555483198.3
6.63-9.160.03233.45162724308198.6
9.16-300.0249.8493562615194.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4F8H

4f8h


解像度: 3.19→29.857 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.7643 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 999 1.63 %RANDOM
Rwork0.2039 ---
obs0.2045 61291 97.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.26 Å2 / Biso mean: 88.5796 Å2 / Biso min: 41.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→29.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12661 0 698 56 13415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.318624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4945374
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1904-3.35840.31571330.30388122825593
3.3584-3.56850.25661420.23938533867597
3.5685-3.84350.23781450.18668759890499
3.8435-4.22930.21881450.16068714885999
4.2293-4.83910.19531430.14128625876898
4.8391-6.08820.19871450.20158768891399
6.0882-29.8580.2991460.24038771891798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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