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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yks | ||||||
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Title | PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A | ||||||
![]() | CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / PROKARYOTIC CYS-LOOP RECEPTOR / CATION SELECTIVE CHANNEL | ||||||
Function / homology | ![]() extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zimmermann, I. / Dutzler, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Ligand Activation of the Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel Elic. Authors: Zimmermann, I. / Dutzler, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 537.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 722.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 124.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 159.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2vl0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 36745.855 Da / Num. of mol.: 10 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 246 TO ALA ...ENGINEERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.99 Å3/Da / Density % sol: 69.19 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 6.5 / Details: 50MM ADA PH6.5, 200MM NALISO4, 10% (W/V) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.045 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→133.07 Å / Num. obs: 140127 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 103.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.08 |
Reflection shell | Resolution: 3.38→10.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 78.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2VL0 Resolution: 3.3→19.97 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / Phase error: 30.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.18 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→19.97 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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