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- EMDB-11582: Outer Dynein Arm-Shulin complex - Dyh4 motor (Tetrahymena thermophila) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11582
タイトルOuter Dynein Arm-Shulin complex - Dyh4 motor (Tetrahymena thermophila)
マップデータMain map of Dyh4 motor (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -131 angstrom sharpened map.
試料
  • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.03 Å
データ登録者Mali GR / Abid Ali F / Lau CK / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Shulin packages axonemal outer dynein arms for ciliary targeting.
著者: Girish R Mali / Ferdos Abid Ali / Clinton K Lau / Farida Begum / Jérôme Boulanger / Jonathan D Howe / Zhuo A Chen / Juri Rappsilber / Mark Skehel / Andrew P Carter /
要旨: The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to ...The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to cilia by an unknown mechanism. Here, we used the ciliate to identify two factors (Q22YU3 and Q22MS1) that bind ODAs in the cytoplasm and are required for ODA delivery to cilia. Q22YU3, which we named Shulin, locked the ODA motor domains into a closed conformation and inhibited motor activity. Cryo-electron microscopy revealed how Shulin stabilized this compact form of ODAs by binding to the dynein tails. Our findings provide a molecular explanation for how newly assembled dyneins are packaged for delivery to the cilia.
履歴
登録2020年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0147
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0147
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11582.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 43.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map of Dyh4 motor (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -131 angstrom sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.23 Å/pix.
x 225 pix.
= 501.73 Å		2.23 Å/pix.
x 225 pix.
= 501.73 Å		2.23 Å/pix.
x 225 pix.
= 501.73 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.22991 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0147 / ムービー #1: 0.0147
最小 - 最大-0.042678256 - 0.07204412
平均 (標準偏差)-5.775882e-05 (±0.0019034185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ225225225
Spacing225225225
セルA=B=C: 501.7299 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22991111111112.22991111111112.2299111111111
M x/y/z225225225
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z501.730501.730501.730
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS225225225
D min/max/mean-0.0430.072-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11582_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Mask for Dyh4 motor map (Z-flipped, non resampled)...

ファイルemd_11582_additional_1.map
注釈Mask for Dyh4 motor map (Z-flipped, non resampled) to be used with half maps.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of Dyh4 motor map (Z-flipped, non-resampled)

ファイルemd_11582_half_map_1.map
注釈Half map 2 of Dyh4 motor map (Z-flipped, non-resampled)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of Dyh4 motor map (Z-flipped, non-resampled)

ファイルemd_11582_half_map_2.map
注釈Half map 1 of Dyh4 motor map (Z-flipped, non-resampled)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor

全体名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor
要素
  • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor

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超分子 #1: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor

超分子名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh4 motor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 1.8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57761
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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