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- EMDB-0977: Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus by Single Particle C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0977
タイトルCyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus by Single Particle CRYO-EM at 3.2 A Resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 7種
キーワードmonomer / complex / photosystem / photosynthesis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) / Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kurisu G / Coruh O
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJCR13M4 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H06560 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of a functional monomeric Photosystem I from Thermosynechococcus elongatus reveals red chlorophyll cluster.
著者: Orkun Çoruh / Anna Frank / Hideaki Tanaka / Akihiro Kawamoto / Eithar El-Mohsnawy / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Christoph Gerle / Marc M Nowaczyk / Genji Kurisu /
要旨: A high-resolution structure of trimeric cyanobacterial Photosystem I (PSI) from Thermosynechococcus elongatus was reported as the first atomic model of PSI almost 20 years ago. However, the monomeric ...A high-resolution structure of trimeric cyanobacterial Photosystem I (PSI) from Thermosynechococcus elongatus was reported as the first atomic model of PSI almost 20 years ago. However, the monomeric PSI structure has not yet been reported despite long-standing interest in its structure and extensive spectroscopic characterization of the loss of red chlorophylls upon monomerization. Here, we describe the structure of monomeric PSI from Thermosynechococcus elongatus BP-1. Comparison with the trimer structure gave detailed insights into monomerization-induced changes in both the central trimerization domain and the peripheral regions of the complex. Monomerization-induced loss of red chlorophylls is assigned to a cluster of chlorophylls adjacent to PsaX. Based on our findings, we propose a role of PsaX in the stabilization of red chlorophylls and that lipids of the surrounding membrane present a major source of thermal energy for uphill excitation energy transfer from red chlorophylls to P700.
履歴
登録2020年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0416
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  • 表面レベル: 0.0416
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  • 原子モデル: PDB-6lu1
  • 表面レベル: 0.0416
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0977.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0416 / ムービー #1: 0.0416
最小 - 最大-0.106297866 - 0.18965338
平均 (標準偏差)-0.0000073780034 (±0.007665535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 227.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.890.890.89
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z227.840227.840227.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1060.190-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_0977_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_0977_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus

全体名称: Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus
要素
  • 複合体: Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus

超分子名称: Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
詳細: The monomers in this sample are generated by the monomerization of trimers of PSI during the purification process.
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 350 kDa/nm

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 83.267773 KDa
配列文字列: MTISPPEREP KVRVVVDNDP VPTSFEKWAK PGHFDRTLAR GPQTTTWIWN LHALAHDFDT HTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVVFIWLSG MYFHGAKFSN YEAWLADPTG IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQLWRA SGITNEFQLY C TAIGGLVM ...文字列:
MTISPPEREP KVRVVVDNDP VPTSFEKWAK PGHFDRTLAR GPQTTTWIWN LHALAHDFDT HTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVVFIWLSG MYFHGAKFSN YEAWLADPTG IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQLWRA SGITNEFQLY C TAIGGLVM AGLMLFAGWF HYHKRAPKLE WFQNVESMLN HHLAGLLGLG SLAWAGHQIH VSLPINKLLD AGVAAKDIPL PH EFILNPS LMAELYPKVD WGFFSGVIPF FTFNWAAYSD FLTFNGGLNP VTGGLWLSDT AHHHLAIAVL FIIAGHMYRT NWG IGHSLK EILEAHKGPF TGAGHKGLYE VLTTSWHAQL AINLAMMGSL SIIVAQHMYA MPPYPYLATD YPTQLSLFTH HMWI GGFLV VGGAAHGAIF MVRDYDPAMN QNNVLDRVLR HRDAIISHLN WVCIFLGFHS FGLYVHNDTM RAFGRPQDMF SDTGI QLQP VFAQWVQNLH TLAPGGTAPN AAATASVAFG GDVVAVGGKV AMMPIVLGTA DFMVHHIHAF TIHVTVLILL KGVLFA RSS RLIPDKANLG FRFPCDGPGR GGTCQVSGWD HVFLGLFWMY NCISVVIFHF SWKMQSDVWG TVAPDGTVSH ITGGNFA QS AITINGWLRD FLWAQASQVI GSYGSALSAY GLLFLGAHFI WAFSLMFLFS GRGYWQELIE SIVWAHNKLK VAPAIQPR A LSIIQGRAVG VAHYLLGGIA TTWAFFLARI ISVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 83.123648 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAIAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW VSGSLFHVAW QGNFEQWVQD PVNTRPIAH AIWDPQFGKA AVDAFTQAGA SNPVDIAYSG VYHWWYTIGM RTNGDLYQGA IFLLILASLA LFAGWLHLQP K FRPSLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAIAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW VSGSLFHVAW QGNFEQWVQD PVNTRPIAH AIWDPQFGKA AVDAFTQAGA SNPVDIAYSG VYHWWYTIGM RTNGDLYQGA IFLLILASLA LFAGWLHLQP K FRPSLSWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLIHVA IPESRGQHVG WDNFLSTMPH PAGLAPFFTG NWGVYAQNPD TA SHVFGTA QGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDMAHHH LAIAVLFIVA GHMYRTQFGI GHSIKEMMDA KDFFGTKVEG PFN MPHQGI YETYNNSLHF QLGWHLACLG VITSLVAQHM YSLPPYAFIA QDHTTMAALY THHQYIAGFL MVGAFAHGAI FLVR DYDPA QNKGNVLDRV LQHKEAIISH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VVVAFGTPEK QILIEPVFAQ FIQAAHGKLL YGFDT LLSN PDSIASTAWP NYGNVWLPGW LDAINSGTNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTTLILVKG ALDARGSKLM PDKKDF GYA FPCDGPGRGG TCDISAWDAF YLAMFWMLNT IGWVTFYWHW KHLGVWEGNV AQFNESSTYL MGWLRDYLWL NSSQLIN GY NPFGTNNLSV WAWMFLFGHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETLVWAHERT PLANLVRWKD KPVALSIVQA RLVGLAHF S VGYILTYAAF LIASTAAKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.809207 KDa
配列文字列:
MAHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 15.389494 KDa
配列文字列:
MTTLTGQPPL YGGSTGGLLS AADTEEKYAI TWTSPKEQVF EMPTAGAAVM REGENLVYFA RKEQCLALAA QQLRPRKIND YKIYRIFPD GETVLIHPKD GVFPEKVNKG REAVNSVPRS IGQNPNPSQL KFTGKKPYDP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.399485 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVKI LRPESYWYNE VGTVASVDQT PGVKYPVIVR FDKVNYTGYS GSASGVNTNN FALHEVQEVA PPKKGK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 17.716586 KDa
配列文字列:
MRRFLALLLV LTLWLGFTPL ASADVAGLVP CKDSPAFQKR AAAAVNTTAD PASGQKRFER YSQALCGEDG LPHLVVDGRL SRAGDFLIP SVLFLYIAGW IGWVGRAYLI AVRNSGEANE KEIIIDVPLA IKCMLTGFAW PLAALKELAS GELTAKDNEI T VSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.297234 KDa
配列文字列:
MMGSYAASFL PWIFIPVVCW LMPTVVMGLL FLYIEGEA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.770698 KDa
配列文字列:
MKHFLTYLST APVLAAIWMT ITAGILIEFN RFYPDLLFHP L

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 16.261685 KDa
配列文字列:
MAEELVKPYN GDPFVGHLST PISDSGLVKT FIGNLPAYRQ GLSPILRGLE VGMAHGYFLI GPWVKLGPLR DSDVANLGGL ISGIALILV ATACLAAYGL VSFQKGGSSS DPLKTSEGWS QFTAGFFVGA MGSAFVAFFL LENFSVVDGI MTGLFN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 3.426115 KDa
配列文字列:
MALTDTQVYV ALVIALLPAV LAFRLSTELY K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #11: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 82 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #12: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #13: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 26 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #14: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #15: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #16: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #17: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.0005 %C56H92O25Glyco-diosgenin (GDN)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
温度最低: 100.4 K / 最高: 100.4 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 1.34 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 56497 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 182018
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model by stochastic gradient descent.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 46105
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 46105 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Only one class selected out of four classes.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jb0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 45
得られたモデル

PDB-6lu1:
Cyanobacterial PSI Monomer from T. elongatus by Single Particle CRYO-EM at 3.2 A Resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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