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万見
- SASDAU5: ad11 Fab + NGF (aD11 Fab, Fab + NGF) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAU5
試料ad11 Fab + NGF
  • aD11 Fab (protein), Fab, Mus musculus
  • NGF (protein), NGF, Mus musculus
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Dissecting NGF interactions with TrkA and p75 receptors by structural and functional studies of an anti-NGF neutralizing antibody.
著者: Sonia Covaceuszach / Alberto Cassetta / Petr V Konarev / Stefania Gonfloni / Rainer Rudolph / Dmitri I Svergun / Doriano Lamba / Antonino Cattaneo /
要旨: The anti-nerve growth factor (NGF) monoclonal antibody alphaD11 is a potent antagonist that neutralizes the biological functions of its antigen in vivo. NGF antagonism is expected to be a highly ...The anti-nerve growth factor (NGF) monoclonal antibody alphaD11 is a potent antagonist that neutralizes the biological functions of its antigen in vivo. NGF antagonism is expected to be a highly effective and safe therapeutic approach in many pain states. A comprehensive functional and structural analysis of alphaD11 monoclonal antibody was carried out, showing its ability to neutralize NGF binding to either tropomyosine receptor kinase A (TrkA) or p75 receptors. The 3-D structure of the alphaD11 Fab fragment was solved at 1.7 A resolution. A computational docking model of the alphaD11 Fab-NGF complex, based on epitope mapping using a pool of 44 NGF mutants and experimentally validated by small-angle X-ray scattering, provided the structural basis for identifying the residues involved in alphaD11 Fab binding. The present study pinpoints loop II of NGF to be an important structural determinant for NGF biological activity mediated by TrkA receptor.
登録者
  • Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #140
タイプ: dummy / ソフトウェア: Dammin / ダミー原子の半径: 3.40 A / カイ2乗値: 4.048144
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: ad11 Fab + NGF / Sample MW: 100 kDa / Entity id: 100 / 101
バッファ名称: 30 mM Na-phosphate / pH: 7 / 組成: 75 mM NaCl 75.000 mM
要素 #100名称: Fab / タイプ: protein / 記述: aD11 Fab / 分子量: 25 / 分子数: 2 / 由来: Mus musculus
配列: DIQMTQSPAS LSASLGETVT IECRASEDIY NALAWYQQKP GKSPQLLIYN TDTLHTGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDVASYFCQH YFGYPRTFGG GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLASGGA SVVCLLNNFY PKDISVKWKI DGSERQNGVL DSVTDQDSKD ...配列:
DIQMTQSPAS LSASLGETVT IECRASEDIY NALAWYQQKP GKSPQLLIYN TDTLHTGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDVASYFCQH YFGYPRTFGG GTKLELKRAD AAPTVSIFPP SSEQLASGGA SVVCLLNNFY PKDISVKWKI DGSERQNGVL DSVTDQDSKD STYSMSSTLT LTKAEYESHN SYTCEVTHKT STSPVVKSFN RGEQVQLKES GPGLVQPSQT LSLTCTVSGF SLTNNNVNWV RQATGRGLEW MGGVWAGGAT DYNSALKSRL TITRDTSKSQ VFLKMHSLQS SDTATYYCAR DGGYSSSTLY AMDAWGQGTT VTVSSASTTA PSVYPLAPGS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW NSGSLASGVH TFPAVLQSGL YTLSSSVTVP ASPWASEAVT CNVAHPASST KVDKKIVPR
要素 #101名称: NGF / タイプ: protein / 記述: NGF / 分子量: 25 / 分子数: 2 / 由来: Mus musculus
配列: GEFSVCDSVS VWVGDKTTAT DIKGKEVTVL AEVNINNSVF RQYFFETKCR ASNPVESGCR GIDSKHWNSY CTTTHTFVKA LTTDEKQAAW RFIRIDTACV CVLSRKAGEF SVCDSVSVWV GDKTTATDIK GKEVTVLAEV NINNSVFRQY FFETKCRASN PVESGCRGID ...配列:
GEFSVCDSVS VWVGDKTTAT DIKGKEVTVL AEVNINNSVF RQYFFETKCR ASNPVESGCR GIDSKHWNSY CTTTHTFVKA LTTDEKQAAW RFIRIDTACV CVLSRKAGEF SVCDSVSVWV GDKTTATDIK GKEVTVLAEV NINNSVFRQY FFETKCRASN PVESGCRGID SKHWNSYCTT THTFVKALTT DEKQAAWRFI RIDTACVCVL SRKA

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: Fab_NGF / 測定日: 2005年12月20日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1517 4.8558
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 512 /
MinMax
Q0.1618 4.76
P(R) point4 515
R0 16
結果
D max: 16 / カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量130 kDa-
体積-255 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I02365400 2365600
慣性半径, Rg 4.3 nm4.3 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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