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- PDB-8k2a: Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with Tigecycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k2a
タイトルCryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with Tigecycline
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 2
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 47
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 30
  • 12S rRNA
  • 16S rRNA
  • Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b
  • Val tRNA
キーワードRIBOSOME / 55S mitoribosome / Tigecycline / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation ...mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / double-stranded RNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / cell population proliferation / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / tRNA binding / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / cell cycle / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / synapse / nucleolus / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / PPR repeat family / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial ...Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / PPR repeat family / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / CHCH
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TIGECYCLINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein mL52 / Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / Large ribosomal subunit protein uL22m / Small ribosomal subunit protein uS12m ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TIGECYCLINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein mL52 / Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / Large ribosomal subunit protein uL22m / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein mL55 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Small ribosomal subunit protein mS37 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Large ribosomal subunit protein mL53 / Small ribosomal subunit protein mS39 / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Small ribosomal subunit protein mS26 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Large ribosomal subunit protein uL11m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40 / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, X. / Wang, M. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for differential inhibition of eukaryotic ribosomes by tigecycline.
著者: Xiang Li / Mengjiao Wang / Timo Denk / Robert Buschauer / Yi Li / Roland Beckmann / Jingdong Cheng /
要旨: Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, ...Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, even though it is also cytotoxic for human cells, the molecular mechanism of its inhibition remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of tigecycline-bound human mitochondrial 55S, 39S, cytoplasmic 80S and yeast cytoplasmic 80S ribosomes. We find that at clinically relevant concentrations, tigecycline effectively targets human 55S mitoribosomes, potentially, by hindering A-site tRNA accommodation and by blocking the peptidyl transfer center. In contrast, tigecycline does not bind to human 80S ribosomes under physiological concentrations. However, at high tigecycline concentrations, in addition to blocking the A-site, both human and yeast 80S ribosomes bind tigecycline at another conserved binding site restricting the movement of the L1 stalk. In conclusion, the observed distinct binding properties of tigecycline may guide new pathways for drug design and therapy.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L1: 16S rRNA
L2: Val tRNA
LB: Large ribosomal subunit protein uL2m
LC: Large ribosomal subunit protein uL3m
LD: Large ribosomal subunit protein uL4m
LI: Large ribosomal subunit protein bL9m
LJ: Large ribosomal subunit protein uL10m
LK: Large ribosomal subunit protein uL11m
LM: Large ribosomal subunit protein uL13m
LN: Large ribosomal subunit protein uL14m
LO: Large ribosomal subunit protein uL15m
LP: Large ribosomal subunit protein uL16m
LQ: Large ribosomal subunit protein bL17m
LR: Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b
LS: Large ribosomal subunit protein bL19m
LT: Large ribosomal subunit protein bL20m
LU: Large ribosomal subunit protein bL21m
LV: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
LW: Large ribosomal subunit protein uL23m
LX: Large ribosomal subunit protein uL24m
La: Large ribosomal subunit protein bL27m
Lb: Large ribosomal subunit protein bL28m
Lu: Large ribosomal subunit protein uL29m
Ld: Large ribosomal subunit protein uL30m
Lf: Large ribosomal subunit protein bL32m
Lg: Large ribosomal subunit protein bL33m
Lh: Large ribosomal subunit protein bL34m
Li: Large ribosomal subunit protein bL35m
Lj: Large ribosomal subunit protein bL36m
Lk: Large ribosomal subunit protein mL37
Ll: Large ribosomal subunit protein mL38
Lm: Large ribosomal subunit protein mL39
Ln: Large ribosomal subunit protein mL40
Lo: Large ribosomal subunit protein mL41
Lp: Large ribosomal subunit protein mL42
Lq: Large ribosomal subunit protein mL43
Lr: Large ribosomal subunit protein mL44
Ls: Large ribosomal subunit protein mL45
Lt: Large ribosomal subunit protein mL46
Lv: Large ribosomal subunit protein mL48
Lw: Large ribosomal subunit protein mL49
Lx: Large ribosomal subunit protein mL50
Ly: Large ribosomal subunit protein mL51
Lz: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
L3: Large ribosomal subunit protein mL53
L4: Large ribosomal subunit protein mL54
L5: Large ribosomal subunit protein mL55
L6: Large ribosomal subunit protein mL63
L7: Large ribosomal subunit protein mL62
L8: Large ribosomal subunit protein mL64
SR: Large ribosomal subunit protein mL66
Sf: Large ribosomal subunit protein mL65
SB: Small ribosomal subunit protein uS2m
SZ: Small ribosomal subunit protein uS3m
SE: Small ribosomal subunit protein uS5m
SF: Small ribosomal subunit protein bS6m
SG: Small ribosomal subunit protein uS7m
SI: Small ribosomal subunit protein uS9m
SJ: Small ribosomal subunit protein uS10m
SK: Small ribosomal subunit protein uS11m
SL: Small ribosomal subunit protein uS12m
SN: Small ribosomal subunit protein uS14m
SO: Small ribosomal subunit protein uS15m
SP: Small ribosomal subunit protein bS16m
SQ: Small ribosomal subunit protein uS17m
SS: Small ribosomal subunit protein mS40
ST: Small ribosomal subunit protein bS18m
SW: Small ribosomal subunit protein bS21m
SX: Small ribosomal subunit protein mS22
SY: Small ribosomal subunit protein mS23
Sa: Small ribosomal subunit protein mS25
Sb: Small ribosomal subunit protein mS26
Sc: Small ribosomal subunit protein mS27
Sd: Small ribosomal subunit protein bS1m
Se: Small ribosomal subunit protein mS29
Sg: Small ribosomal subunit protein mS31
Si: Small ribosomal subunit protein mS33
Sj: Small ribosomal subunit protein mS34
Sk: Small ribosomal subunit protein mS35
Sm: Small ribosomal subunit protein mS37
Sn: Small ribosomal subunit protein mS38
So: Small ribosomal subunit protein mS39
S1: 12S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,889,198240
ポリマ－2,882,42283
非ポリマー6,776157
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L2S1

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 Val tRNA


分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#83: RNA鎖 12S rRNA


分子量: 306135.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

+
Large ribosomal subunit protein ... , 47種, 47分子 LBLCLDLILJLKLMLNLOLPLQLSLTLULWLXLaLbLuLdLfLgLhLiLjLkLlLmLnLo...

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2m / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3m / 39S ribosomal protein L3 / mitochondrial / L3mt / MRP-L3


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4m / 39S ribosomal protein L4 / mitochondrial / L4mt / MRP-L4


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9m / 39S ribosomal protein L9 / mitochondrial / L9mt / MRP-L9


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL10m / 39S ribosomal protein L10 / mitochondrial / L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / L8mt / MRP-L8


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11m / 39S ribosomal protein L11 / mitochondrial / L11mt / MRP-L11


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13m / 39S ribosomal protein L13 / mitochondrial / L13mt / MRP-L13


分子量: 20722.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14m / 39S ribosomal protein L14 / mitochondrial / L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / L32mt / MRP-L32


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15m / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16m / 39S ribosomal protein L16 / mitochondrial / L16mt / MRP-L16


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17m / 39S ribosomal protein L17 / mitochondrial / L17mt / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19m / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / 39S ribosomal protein L19 / L19mt / MRP-L19


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20m / 39S ribosomal protein L20 / mitochondrial / L20mt / MRP-L20


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21m / 39S ribosomal protein L21 / mitochondrial / L21mt / MRP-L21


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23m / 39S ribosomal protein L23 / mitochondrial / L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / ...39S ribosomal protein L23 / mitochondrial / L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16540
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24m / 39S ribosomal protein L24 / mitochondrial / L24mt / MRP-L24


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27m / 39S ribosomal protein L27 / mitochondrial / L27mt / MRP-L27


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma- ...39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29m / 39S ribosomal protein L47 / mitochondrial / L47mt / MRP-L47 / Nasopharyngeal carcinoma metastasis- ...39S ribosomal protein L47 / mitochondrial / L47mt / MRP-L47 / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30m / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / 39S ribosomal protein L30 / L30mt / MRP-L30


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32m / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33m / 39S ribosomal protein L33 / mitochondrial / L33mt / MRP-L33


分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75394
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL34m / 39S ribosomal protein L34 / mitochondrial / L34mt / MRP-L34


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35m / 39S ribosomal protein L35 / mitochondrial / L35mt / MRP-L35


分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZE8
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL36m / 39S ribosomal protein L36 / mitochondrial / L36mt / MRP-L36 / BRCA1-interacting protein 1


分子量: 11809.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J6
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / 39S ribosomal protein L37 / L37mt / MRP-L37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL38 / 39S ribosomal protein L38 / mitochondrial / L38mt / MRP-L38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DV4
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL39 / 39S ribosomal protein L39 / mitochondrial / L39mt / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / L5mt / MRP-L5


分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYK5
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL40 / 39S ribosomal protein L40 / mitochondrial / L40mt / MRP-L40 / Nuclear localization signal- ...39S ribosomal protein L40 / mitochondrial / L40mt / MRP-L40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome / Up-regulated in metastasis


分子量: 24534.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQ50
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL41 / 39S ribosomal protein L41 / mitochondrial / L41mt / MRP-L41 / Bcl-2-interacting mitochondrial ...39S ribosomal protein L41 / mitochondrial / L41mt / MRP-L41 / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog


分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXM3
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / L31mt / MRP-L31 / 39S ribosomal protein L42 / L42mt / MRP-L42


分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6G3
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43 / 39S ribosomal protein L43 / mitochondrial / L43mt / MRP-L43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 23457.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL44 / 39S ribosomal protein L44 / mitochondrial / L44mt / MRP-L44


分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL45 / 39S ribosomal protein L45 / mitochondrial / L45mt / MRP-L45


分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL46 / 39S ribosomal protein L46 / mitochondrial / L46mt / MRP-L46 / P2ECSL


分子量: 31748.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2W6
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL48 / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial / L48mt / MRP-L48


分子量: 23970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GC5
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL49 / 39S ribosomal protein L49 / mitochondrial / L49mt / MRP-L49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13405
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL50 / 39S ribosomal protein L50 / mitochondrial / L50mt / MRP-L50


分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5N7
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL51 / 39S ribosomal protein L51 / mitochondrial / L51mt / MRP-L51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R6
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL53 / 39S ribosomal protein L53 / mitochondrial / L53mt / MRP-L53


分子量: 12125.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL3
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL54 / 39S ribosomal protein L54 / mitochondrial / L54mt / MRP-L54


分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P161
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL55 / 39S ribosomal protein L55 / mitochondrial / L55mt / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...39S ribosomal protein L55 / mitochondrial / L55mt / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m


分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7F7
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Ribosomal protein 63 / ...Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Ribosomal protein 63 / mitochondrial / hMRP63


分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL62 / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1


分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL64 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL66 / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / 39S ribosomal protein S18a / MRP-S18-a / ...39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / 39S ribosomal protein S18a / MRP-S18-a / Mrps18a / S18mt-a / Large ribosomal subunit protein bS18a


分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVS2
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL65 / 39S ribosomal protein S30 / mitochondrial / MRP-S30 / S30mt / Large ribosomal subunit protein mS30 ...39S ribosomal protein S30 / mitochondrial / MRP-S30 / S30mt / Large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP92

-
タンパク質 , 1種, 1分子 LR

#14: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / cDNA FLJ76688 / highly similar to Homo sapiens HSPC071 mRNA


分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K9D2

-
39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LVLz

#18: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial


分子量: 24369.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E7ESL0
#44: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial


分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K7J6

+
Small ribosomal subunit protein ... , 30種, 30分子 SBSZSESFSGSISJSKSLSNSOSPSQSSSTSWSXSYSaSbScSdSeSgSiSjSkSmSnSo

#53: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2m / 28S ribosomal protein S2 / mitochondrial / MRP-S2 / S2mt


分子量: 33298.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y399
#54: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3m / 28S ribosomal protein S24 / mitochondrial / MRP-S24 / S24mt / bMRP-47 / bMRP47


分子量: 19046.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL2
#55: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5m / 28S ribosomal protein S5 / mitochondrial / MRP-S5 / S5mt


分子量: 48094.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82675
#56: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6m / 28S ribosomal protein S6 / mitochondrial / MRP-S6 / S6mt


分子量: 14250.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82932
#57: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7m / 28S ribosomal protein S7 / mitochondrial / MRP-S7 / S7mt / bMRP-27a / bMRP27a


分子量: 28186.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R9
#58: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9m / 28S ribosomal protein S9 / mitochondrial / MRP-S9 / S9mt


分子量: 45909.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82933
#59: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10m / 28S ribosomal protein S10 / mitochondrial / MRP-S10 / S10mt


分子量: 23033.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82664
#60: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11m / 28S ribosomal protein S11 / mitochondrial / MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2


分子量: 20648.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82912
#61: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S12 / mitochondrial / MRP-S12 / S12mt / MT-RPS12


分子量: 15200.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15235
#62: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14m / 28S ribosomal protein S14 / mitochondrial / MRP-S14 / S14mt


分子量: 15168.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60783
#63: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15m / 28S ribosomal protein S15 / mitochondrial / MRP-S15 / S15mt


分子量: 29903.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82914
#64: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16m / 28S ribosomal protein S16 / mitochondrial / MRP-S16 / S16mt


分子量: 15371.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D3
#65: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17m / 28S ribosomal protein S17 / mitochondrial / MRP-S17 / S17mt


分子量: 14526.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R5
#66: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS40 / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / 28S ribosomal protein S18b / MRP-S18-b / ...28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / 28S ribosomal protein S18b / MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / Small ribosomal subunit protein bS18b


分子量: 29440.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y676
#67: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18m / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / 28S ribosomal protein S18c / MRP-S18-c / ...28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / 28S ribosomal protein S18c / MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / Small ribosomal subunit protein bS18c


分子量: 15876.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D5
#68: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21m / 28S ribosomal protein S21 / mitochondrial / MRP-S21 / S21mt


分子量: 10764.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82921
#69: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS22 / 28S ribosomal protein S22 / mitochondrial / MRP-S22 / S22mt


分子量: 41337.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82650
#70: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS23 / 28S ribosomal protein S23 / mitochondrial / MRP-S23 / S23mt


分子量: 21805.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D9
#71: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S25 / mitochondrial / MRP-S25 / S25mt


分子量: 20146.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82663
#72: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS26 / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / MRP-S13 / S13mt / 28S ribosomal protein S26 / MRP-S26 / S26mt


分子量: 24259.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYN8
#73: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS27 / 28S ribosomal protein S27 / mitochondrial / MRP-S27 / S27mt / Mitochondrial ribosomal protein S27


分子量: 47669.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92552
#74: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS1m / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / MRP-S35 / S35mt


分子量: 20878.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Q9
#75: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS29 / 28S ribosomal protein S29 / mitochondrial / MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / ...28S ribosomal protein S29 / mitochondrial / MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein


分子量: 45634.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51398
#76: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS31 / 28S ribosomal protein S31 / mitochondrial / MRP-S31 / S31mt / Imogen 38


分子量: 45391.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92665
#77: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS33 / 28S ribosomal protein S33 / mitochondrial / MRP-S33 / S33mt


分子量: 12657.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y291
#78: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS34 / 28S ribosomal protein S34 / mitochondrial / MRP-S34 / S34mt


分子量: 25695.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82930
#79: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS35 / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / MRP-S35 / S35mt


分子量: 36898.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82673
#80: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS37 / 28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain- ...28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Nuclear protein C2360


分子量: 13498.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2
#81: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS38 / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Aurora kinase A-interacting protein / AURKA- ...28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Aurora kinase A-interacting protein / AURKA-interacting protein


分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8
#82: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS39 / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Pentatricopeptide repeat domain-containing ...28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / Transformation-related gene 15 protein / TRG-15


分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7

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非ポリマー , 4種, 157分子

#84: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#85: 化合物
ChemComp-T1C / TIGECYCLINE


分子量: 587.665 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41N5O8 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#86: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#87: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 55S mitoribosome with tigecycline / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正詳細: Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143725 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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