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- PDB-8k2b: Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k2b
タイトルCryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 2
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 47
  • (Mitochondrial ...) x 3
  • 16s rRNA
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Val tRNA
キーワードRIBOSOME / 39S mitoribosome / Tigecycline / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / protein lipoylation / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / positive regulation of mitochondrial translation / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination ...negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / protein lipoylation / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / positive regulation of mitochondrial translation / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / translation release factor activity / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit binding / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mitochondrial small ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial translation / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / acyl carrier activity / ribosomal large subunit binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / respiratory chain complex I / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / rescue of stalled ribosome / Mitochondrial protein degradation / cellular response to leukemia inhibitory factor / aerobic respiration / ribosomal large subunit biogenesis / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / cell junction / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / calcium ion binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MIEF1-MP, LYR domain / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / : / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / : / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial ...MIEF1-MP, LYR domain / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / : / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / : / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / : / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / : / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / Acyl carrier protein (ACP) / NTF2-like domain superfamily / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Nucleotidyltransferase superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / ACP-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / TIGECYCLINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein mL52 / Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / Large ribosomal subunit protein uL22m / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 ...4'-PHOSPHOPANTETHEINE / TIGECYCLINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein mL52 / Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / Large ribosomal subunit protein uL22m / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein mL55 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 / Large ribosomal subunit protein mL53 / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, X. / Wang, M. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for differential inhibition of eukaryotic ribosomes by tigecycline.
著者: Xiang Li / Mengjiao Wang / Timo Denk / Robert Buschauer / Yi Li / Roland Beckmann / Jingdong Cheng /
要旨: Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, ...Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, even though it is also cytotoxic for human cells, the molecular mechanism of its inhibition remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of tigecycline-bound human mitochondrial 55S, 39S, cytoplasmic 80S and yeast cytoplasmic 80S ribosomes. We find that at clinically relevant concentrations, tigecycline effectively targets human 55S mitoribosomes, potentially, by hindering A-site tRNA accommodation and by blocking the peptidyl transfer center. In contrast, tigecycline does not bind to human 80S ribosomes under physiological concentrations. However, at high tigecycline concentrations, in addition to blocking the A-site, both human and yeast 80S ribosomes bind tigecycline at another conserved binding site restricting the movement of the L1 stalk. In conclusion, the observed distinct binding properties of tigecycline may guide new pathways for drug design and therapy.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L1: 16s rRNA
L2: Val tRNA
LB: Large ribosomal subunit protein uL2m
LC: Large ribosomal subunit protein uL3m
LD: Large ribosomal subunit protein uL4m
LI: Large ribosomal subunit protein bL9m
LJ: Large ribosomal subunit protein uL10m
LK: Large ribosomal subunit protein uL11m
LM: Large ribosomal subunit protein uL13m
LN: Large ribosomal subunit protein uL14m
LO: Large ribosomal subunit protein uL15m
LP: Large ribosomal subunit protein uL16m
LQ: Large ribosomal subunit protein bL17m
LR: Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b
LS: Large ribosomal subunit protein bL19m
LT: Large ribosomal subunit protein bL20m
LU: Large ribosomal subunit protein bL21m
LV: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
LW: Large ribosomal subunit protein uL23m
LX: Large ribosomal subunit protein uL24m
La: Large ribosomal subunit protein bL27m
Lb: Large ribosomal subunit protein bL28m
Lu: Large ribosomal subunit protein uL29m
Ld: Large ribosomal subunit protein uL30m
Lf: Large ribosomal subunit protein bL32m
Lg: Large ribosomal subunit protein bL33m
Lh: Large ribosomal subunit protein bL34m
Li: Large ribosomal subunit protein bL35m
Lj: Large ribosomal subunit protein bL36m
Lk: Large ribosomal subunit protein mL37
Ll: Large ribosomal subunit protein mL38
Lm: Large ribosomal subunit protein mL39
Ln: Large ribosomal subunit protein mL40
Lo: Large ribosomal subunit protein mL41
Lp: Large ribosomal subunit protein mL42
Lq: Large ribosomal subunit protein mL43
Lr: Large ribosomal subunit protein mL44
Ls: Large ribosomal subunit protein mL45
Lt: Large ribosomal subunit protein mL46
Lv: Large ribosomal subunit protein mL48
Lw: Large ribosomal subunit protein mL49
Lx: Large ribosomal subunit protein mL50
Ly: Large ribosomal subunit protein mL51
Lz: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
L3: Large ribosomal subunit protein mL53
L4: Large ribosomal subunit protein mL54
L5: Large ribosomal subunit protein mL55
L6: Large ribosomal subunit protein mL63
L7: Large ribosomal subunit protein mL62
L8: Large ribosomal subunit protein mL64
SR: Large ribosomal subunit protein mL66
Sf: Large ribosomal subunit protein mL65
u: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
v: Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1
w: Acyl carrier protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,796,198155
ポリマ－1,792,74755
非ポリマー3,451100
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 L1L2

#1: RNA鎖 16s rRNA


分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 Val tRNA


分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

+
Large ribosomal subunit protein ... , 47種, 47分子 LBLCLDLILJLKLMLNLOLPLQLSLTLULWLXLaLbLuLdLfLgLhLiLjLkLlLmLnLo...

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2m / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3m / 39S ribosomal protein L3 / mitochondrial / L3mt / MRP-L3


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4m / 39S ribosomal protein L4 / mitochondrial / L4mt / MRP-L4


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9m / 39S ribosomal protein L9 / mitochondrial / L9mt / MRP-L9


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL10m / 39S ribosomal protein L10 / mitochondrial / L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / L8mt / MRP-L8


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11m / 39S ribosomal protein L11 / mitochondrial / L11mt / MRP-L11


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13m / 39S ribosomal protein L13 / mitochondrial / L13mt / MRP-L13


分子量: 20722.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14m / 39S ribosomal protein L14 / mitochondrial / L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / L32mt / MRP-L32


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15m / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16m / 39S ribosomal protein L16 / mitochondrial / L16mt / MRP-L16


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17m / 39S ribosomal protein L17 / mitochondrial / L17mt / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19m / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / 39S ribosomal protein L19 / L19mt / MRP-L19


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20m / 39S ribosomal protein L20 / mitochondrial / L20mt / MRP-L20


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21m / 39S ribosomal protein L21 / mitochondrial / L21mt / MRP-L21


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23m / 39S ribosomal protein L23 / mitochondrial / L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / ...39S ribosomal protein L23 / mitochondrial / L23mt / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16540
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24m / 39S ribosomal protein L24 / mitochondrial / L24mt / MRP-L24


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27m / 39S ribosomal protein L27 / mitochondrial / L27mt / MRP-L27


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma- ...39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29m / 39S ribosomal protein L47 / mitochondrial / L47mt / MRP-L47 / Nasopharyngeal carcinoma metastasis- ...39S ribosomal protein L47 / mitochondrial / L47mt / MRP-L47 / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30m / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / 39S ribosomal protein L30 / L30mt / MRP-L30


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32m / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33m / 39S ribosomal protein L33 / mitochondrial / L33mt / MRP-L33


分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75394
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL34m / 39S ribosomal protein L34 / mitochondrial / L34mt / MRP-L34


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35m / 39S ribosomal protein L35 / mitochondrial / L35mt / MRP-L35


分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZE8
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL36m / 39S ribosomal protein L36 / mitochondrial / L36mt / MRP-L36 / BRCA1-interacting protein 1


分子量: 11809.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J6
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / 39S ribosomal protein L37 / L37mt / MRP-L37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL38 / 39S ribosomal protein L38 / mitochondrial / L38mt / MRP-L38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DV4
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL39 / 39S ribosomal protein L39 / mitochondrial / L39mt / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / L5mt / MRP-L5


分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYK5
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL40 / 39S ribosomal protein L40 / mitochondrial / L40mt / MRP-L40 / Nuclear localization signal- ...39S ribosomal protein L40 / mitochondrial / L40mt / MRP-L40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome / Up-regulated in metastasis


分子量: 24534.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQ50
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL41 / 39S ribosomal protein L41 / mitochondrial / L41mt / MRP-L41 / Bcl-2-interacting mitochondrial ...39S ribosomal protein L41 / mitochondrial / L41mt / MRP-L41 / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog


分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXM3
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / L31mt / MRP-L31 / 39S ribosomal protein L42 / L42mt / MRP-L42


分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6G3
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43 / 39S ribosomal protein L43 / mitochondrial / L43mt / MRP-L43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 23457.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL44 / 39S ribosomal protein L44 / mitochondrial / L44mt / MRP-L44


分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL45 / 39S ribosomal protein L45 / mitochondrial / L45mt / MRP-L45


分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL46 / 39S ribosomal protein L46 / mitochondrial / L46mt / MRP-L46 / P2ECSL


分子量: 31748.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2W6
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL48 / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial / L48mt / MRP-L48


分子量: 23970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GC5
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL49 / 39S ribosomal protein L49 / mitochondrial / L49mt / MRP-L49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13405
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL50 / 39S ribosomal protein L50 / mitochondrial / L50mt / MRP-L50


分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5N7
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL51 / 39S ribosomal protein L51 / mitochondrial / L51mt / MRP-L51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R6
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL53 / 39S ribosomal protein L53 / mitochondrial / L53mt / MRP-L53


分子量: 12125.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL3
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL54 / 39S ribosomal protein L54 / mitochondrial / L54mt / MRP-L54


分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P161
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL55 / 39S ribosomal protein L55 / mitochondrial / L55mt / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...39S ribosomal protein L55 / mitochondrial / L55mt / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m


分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7F7
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Ribosomal protein 63 / ...Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Ribosomal protein 63 / mitochondrial / hMRP63


分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL62 / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1


分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL64 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL66 / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / 39S ribosomal protein S18a / MRP-S18-a / ...39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / 39S ribosomal protein S18a / MRP-S18-a / Mrps18a / S18mt-a / Large ribosomal subunit protein bS18a


分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVS2
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL65 / 39S ribosomal protein S30 / mitochondrial / MRP-S30 / S30mt / Large ribosomal subunit protein mS30 ...39S ribosomal protein S30 / mitochondrial / MRP-S30 / S30mt / Large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP92

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Mitochondrial ... , 3種, 3分子 LRuv

#14: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b / cDNA FLJ76688 / highly similar to Homo sapiens HSPC071 mRNA


分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K9D2
#53: タンパク質 Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1


分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EH3
#54: タンパク質 Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Alternative MIEF1 protein / AltMIEF1 / MIEF1 microprotein / MIEF1-MP / alternative transcript ...Alternative MIEF1 protein / AltMIEF1 / MIEF1 microprotein / MIEF1-MP / alternative transcript upstream of MiD51 / AltMiD51


分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0R8F8

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39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LVLz

#18: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial


分子量: 24369.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E7ESL0
#44: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial


分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K7J6

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タンパク質 , 1種, 1分子 w

#55: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17434.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561

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非ポリマー , 4種, 100分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-T1C / TIGECYCLINE


分子量: 587.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41N5O8 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#58: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 55S mitoribosome with tigecycline / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正詳細: Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12156 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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