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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rpo | |||||||||
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タイトル | Archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with non-ligatable DNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/DNA / DNA ligase (DNAリガーゼ) / PCNA (増殖細胞核抗原) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / LIGASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNAリガーゼ / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / lagging strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / DNA biosynthetic process / leading strand elongation / regulation of DNA replication / DNAミスマッチ修復 / DNA修復 ...DNAリガーゼ / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / lagging strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / DNA biosynthetic process / leading strand elongation / regulation of DNA replication / DNAミスマッチ修復 / DNA修復 / DNA recombination / 細胞周期 / 細胞分裂 / DNA修復 / DNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharolobus solfataricus (古細菌) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Sverzhinsky, A. / Pascal, J.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures and biochemical insights into heterotrimeric PCNA regulation of DNA ligase. 著者: Aleksandr Sverzhinsky / Alan E Tomkinson / John M Pascal / 要旨: DNA ligases act in the final step of many DNA repair pathways and are commonly regulated by the DNA sliding clamp proliferating cell nuclear antigen (PCNA), but there are limited insights into the ...DNA ligases act in the final step of many DNA repair pathways and are commonly regulated by the DNA sliding clamp proliferating cell nuclear antigen (PCNA), but there are limited insights into the physical basis for this regulation. Here, we use single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to analyze an archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with a single-strand DNA break. The cryo-EM structures highlight a continuous DNA-binding surface formed between DNA ligase and PCNA that supports the distorted conformation of the DNA break undergoing repair and contributes to PCNA stimulation of DNA ligation. DNA ligase is conformationally flexible within the complex, with its domains fully ordered only when encircling the repaired DNA to form a stacked ring structure with PCNA. The structures highlight DNA ligase structural transitions while docked on PCNA, changes in DNA conformation during ligation, and the potential for DNA ligase domains to regulate PCNA accessibility to other repair factors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rpo.cif.gz | 250.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rpo.ent.gz | 197.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rpo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/7rpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/7rpo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA polymerase sliding clamp ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 28711.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: pcn1, pcnA-like, SSO0397, C41_008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P57766 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27461.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: pcn2, pcnA-2, SSO1047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q97Z84 |
#3: タンパク質 | 分子量: 28560.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: pcn3, pcnA-1, SSO0405, C41_016 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P57765 |
-DNA鎖 , 3種, 3分子 XYZ
#4: DNA鎖 | 分子量: 7376.751 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 5 to 24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 7127.594 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 1 to 11 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#6: DNA鎖 | 分子量: 14403.264 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 13 to 43 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 E
#7: タンパク質 | 分子量: 69998.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: lig, SSO0189 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q980T8, DNAリガーゼ |
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-非ポリマー , 2種, 5分子
#8: 化合物 | ChemComp-MN / #9: 化合物 | ChemComp-AMP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of DNA Ligase with PCNA1-2-3 and non-ligatable DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.175 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.175 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: wait time 0, blot force 1, blot time 1, drain time 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3014 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 306503 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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