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- PDB-6ywe: The structure of the mitoribosome from Neurospora crassa in the P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ywe
タイトルThe structure of the mitoribosome from Neurospora crassa in the P/E tRNA bound state
要素
  • (37S ribosomal protein ...) x 3
  • (54S ribosomal protein ...) x 2
  • (60S ribosomal protein ...) x 3
  • (L51_S25_CI-B8 domain-containing ...) x 2
  • (Mitochondrial ...) x 3
  • (Probable ribosomal protein ...) x 2
  • (Related to ribosomal protein ...) x 12
  • (Ribosomal protein ...) x 7
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial
  • 30S ribosomal protein S10, mitochondrial
  • DUF1713 domain-containing protein
  • IF1
  • KOW domain-containing protein
  • MRP-L46 domain-containing protein
  • Manganese and iron superoxide dismutase
  • Mito ribosomal protein S2
  • Mitoc_mL59 domain-containing protein
  • PEBP-like protein
  • Protein FYV4, mitochondrial
  • RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
  • RNase III domain-containing protein
  • Related to 60s ribosomal protein L2 (Mitochondrial)
  • Ribonuclease III
  • Ribosomal protein
  • Ribosomal_S7 domain-containing protein
  • S4 RNA-binding domain-containing protein
  • Translational machinery component
  • bL19m
  • bL28m
  • bL33m
  • bS16m
  • bS1m
  • bS21m
  • mL40
  • mL41
  • mL49
  • mL50
  • mL54
  • mL67
  • mRNA
  • mS26
  • mS27
  • mS33
  • mS45
  • mS46
  • tRNA P/E state
  • uL11m
  • uL13m
  • uL17m
  • uL23m
  • uL6m
  • uS17m
  • uS8m
  • uS9m
キーワードTRANSLATION / Neurospora crassa / translating Mitoribosomes / tRNA / mRNA / mL108
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / ATPase inhibitor activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / negative regulation of ATP-dependent activity / DNA strand exchange activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation ...3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / ATPase inhibitor activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / negative regulation of ATP-dependent activity / DNA strand exchange activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / RNA processing / rRNA processing / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
54S ribosomal protein L44, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRPL25 domain / 54S ribosomal protein L3, double-stranded RNA binding domain / Transcriptional regulation of mitochondrial recombination / Mitochondrial ribosomal protein mL59 ...54S ribosomal protein L44, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRPL25 domain / 54S ribosomal protein L3, double-stranded RNA binding domain / Transcriptional regulation of mitochondrial recombination / Mitochondrial ribosomal protein mL59 / 54S ribosomal protein L28, mitochondrial / Ribosomal protein L31, mitochondrial / 54S ribosomal protein L36, yeast / Mitochondrial ribosomal protein L31 / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / IGR protein motif / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / Ribonuclease-III-like / IGR protein motif / IGR / Ribonuclease III / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double-stranded RNA-binding domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Mitochondrial 37S ribosomal protein MRP2 / ATP synthase F1 subunit epsilon ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Mitochondrial 37S ribosomal protein MRP2 / ATP synthase F1 subunit epsilon / Nucleic acid-binding protein / 60S ribosomal protein L2, mitochondrial / 37S ribosomal protein mrp5 / RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L15 / Manganese and iron superoxide dismutase / Large ribosomal subunit protein mL59 domain-containing protein / Mitochondrial 54S ribosomal protein YmL19 / 54S ribosomal protein L24 / Ribosomal protein S6 / Ribonuclease III / KOW domain-containing protein / Ribosomal protein S12 / Translational machinery component / Ribosomal_L6 domain-containing protein / Ribosomal protein S19/S15 / Mitochondrial ribosomal protein subunit L23 / Ribosomal protein S21 / MRP-L46 domain-containing protein / Mitochondrial 37S ribosomal protein S27 / L51_S25_CI-B8 domain-containing protein / 54S ribosomal protein L4, mitochondrial / Uncharacterized protein / 54S ribosomal protein IMG1, mitochondrial / S4 domain-containing protein / Protein FYV4, mitochondrial / PEBP-like protein / Mitochondrial ribosomal protein L37-domain-containing protein / 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial / Ribosomal protein L13 / 54S ribosomal protein L27, mitochondrial / RNase III domain-containing protein / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal_S7 domain-containing protein / 30S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial large ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L17 / 37S ribosomal protein S9, mitochondrial / 37S ribosomal protein S8, mitochondrial / 54S ribosomal protein L31, mitochondrial / Ribosomal protein S5 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Related to ribosomal protein YmL11, mitochondrial / Related to ribosomal protein YmL49, mitochondrial / Probable ribosomal protein YmL44, mitochondrial / Probable ribosomal protein S13 / Large ribosomal subunit protein mL61 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS26 / 60S ribosomal protein L1, mitochondrial / Ribosomal protein S18 / Related to ribosomal protein L3, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS23 / Related to ribosomal protein YmL20, mitochondrial / Related to ribosomal protein S5 (Mitochondrial) / Related to ribosomal protein S15 (Mitochondrial) / Related to ribosomal protein L16, mitochondrial / Related to ribosomal protein L30 / Related to 60s ribosomal protein L2 (Mitochondrial) / Related to ribosomal protein L5, mitochondrial / Related to ribosomal protein L34, mitochondrial / ClpP/crotonase / Related to ribosomal protein YmL36, mitochondrial / Protein FYV4, mitochondrial / Related to ribosomal protein YmL32 (Mitochondrial) / 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS2m / Large ribosomal subunit protein uL4m
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Amunts, A. / Itoh, Y. / Naschberger, A.
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
European Research Council (ERC)(ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Analysis of translating mitoribosome reveals functional characteristics of translation in mitochondria of fungi.
著者: Yuzuru Itoh / Andreas Naschberger / Narges Mortezaei / Johannes M Herrmann / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each ...Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each other is not understood. We report models of the translating fungal mitoribosome with mRNA, tRNA and nascent polypeptide, as well as an assembly intermediate. Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is found in the central protuberance of the large subunit, and the ATPase inhibitory factor 1 (IF) in the small subunit. The models of the active mitoribosome explain how mRNA binds through a dedicated protein platform on the small subunit, tRNA is translocated with the help of the protein mL108, bridging it with L1 stalk on the large subunit, and nascent polypeptide paths through a newly shaped exit tunnel involving a series of structural rearrangements. An assembly intermediate is modeled with the maturation factor Atp25, providing insight into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit and translation regulation.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10965
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
e: 60S ribosomal protein L1, mitochondrial
B: 60S ribosomal protein L2, mitochondrial
C: Related to ribosomal protein L3, mitochondrial
D: 60S ribosomal protein L4, variant
E: Related to ribosomal protein L5, mitochondrial
F: uL6m
G: RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
f: Related to ribosomal protein YmL11, mitochondrial
g: uL11m
H: uL13m
I: Ribosomal protein L14
J: Ribosomal protein L15
K: Related to ribosomal protein L16, mitochondrial
L: uL17m
M: bL19m
N: Related to ribosomal protein YmL49, mitochondrial
O: Mitochondrial large ribosomal subunit
P: uL23m
Q: KOW domain-containing protein
R: Related to 60s ribosomal protein L2 (Mitochondrial)
S: bL28m
T: 54S ribosomal protein L4, mitochondrial
U: Related to ribosomal protein L30
V: Related to ribosomal protein YmL36, mitochondrial
W: Related to ribosomal protein YmL32 (Mitochondrial),Mitochondrial ribosomal protein subunit L32
X: bL33m
Y: Related to ribosomal protein L34, mitochondrial
0: Ribosomal protein
1: PEBP-like protein
2: mL40
3: mL41
4: L51_S25_CI-B8 domain-containing protein
5: Ribonuclease III
6: MRP-L46 domain-containing protein
7: mL49
8: mL50
h: Probable ribosomal protein YmL44, mitochondrial
i: mL54
9: RNase III domain-containing protein
a: Related to ribosomal protein YmL20, mitochondrial
b: Mitoc_mL59 domain-containing protein
c: 54S ribosomal protein L31, mitochondrial
d: mL67
j: L51_S25_CI-B8 domain-containing protein
bb: tRNA P/E state
AA: bS1m
BB: Mito ribosomal protein S2
CC: Ribosomal protein S5
DD: S4 RNA-binding domain-containing protein
EE: Related to ribosomal protein S5 (Mitochondrial)
FF: Ribosomal protein S6
GG: Ribosomal_S7 domain-containing protein
HH: uS8m
II: uS9m
JJ: 30S ribosomal protein S10, mitochondrial
KK: Translational machinery component
LL: Ribosomal protein S12
MM: Probable ribosomal protein S13
NN: Mitochondrial 37S ribosomal protein MRP2
OO: Related to ribosomal protein S15 (Mitochondrial)
PP: bS16m
QQ: uS17m
RR: Ribosomal protein S18
SS: Ribosomal protein S19/S15
TT: bS21m
UU: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
VV: mS26
WW: mS27
XX: Mitochondrial ribosomal protein DAP3
YY: mS33
ZZ: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial
11: 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial
22: DUF1713 domain-containing protein
33: Protein FYV4, mitochondrial
44: Manganese and iron superoxide dismutase
55: Manganese and iron superoxide dismutase
66: mS45
77: mS46
88: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial
00: IF1
99: IF1
aa: 16S rRNA
ee: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,131,510386
ポリマ－4,121,97484
非ポリマー9,536302
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
RNA鎖 , 4種, 4分子 Abbaaee

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1114857.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)
#46: RNA鎖 tRNA P/E state


分子量: 23710.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)
#81: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 600339.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)
#82: RNA鎖 mRNA


分子量: 3454.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)

+
60S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 eBD

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L1, mitochondrial / Related to ribosomal protein L1


分子量: 33327.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q870V5
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L2, mitochondrial


分子量: 42260.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DJN7
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L4, variant


分子量: 36402.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5IMN1

+
Related to ribosomal protein ... , 12種, 12分子 CEfKNUVWYaEEOO

#4: タンパク質 Related to ribosomal protein L3, mitochondrial / Translation protein


分子量: 41262.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q873B3
#6: タンパク質 Related to ribosomal protein L5, mitochondrial / Ribosomal protein L5


分子量: 39170.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q96U12
#9: タンパク質 Related to ribosomal protein YmL11, mitochondrial


分子量: 37363.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q6M9C4
#14: タンパク質 Related to ribosomal protein L16, mitochondrial / Ribosomal protein L16


分子量: 27443.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q8X081
#17: タンパク質 Related to ribosomal protein YmL49, mitochondrial


分子量: 23953.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q6MVF2
#24: タンパク質 Related to ribosomal protein L30


分子量: 18196.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q8X098
#25: タンパク質 Related to ribosomal protein YmL36, mitochondrial


分子量: 23766.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9C2E5
#26: タンパク質 Related to ribosomal protein YmL32 (Mitochondrial),Mitochondrial ribosomal protein subunit L32


分子量: 14114.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9HFL0, UniProt: Q1K4P1
#28: タンパク質 Related to ribosomal protein L34, mitochondrial


分子量: 14853.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q96U95
#41: タンパク質 Related to ribosomal protein YmL20, mitochondrial


分子量: 25439.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q8NIR6
#51: タンパク質 Related to ribosomal protein S5 (Mitochondrial)


分子量: 53297.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q8X048
#61: タンパク質 Related to ribosomal protein S15 (Mitochondrial)


分子量: 35803.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q8X067

+
タンパク質 , 44種, 46分子 FGgHLMPQRSX01235678i9bdAABBDDGGHHIIJJ...

#7: タンパク質 uL6m


分子量: 28629.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DQR9
#8: タンパク質 RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein


分子量: 33173.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DK80
#10: タンパク質 uL11m


分子量: 16629.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DNH1
#11: タンパク質 uL13m


分子量: 20334.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E388
#15: タンパク質 uL17m


分子量: 22181.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0ECK1
#16: タンパク質 bL19m


分子量: 28235.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DXI2
#19: タンパク質 uL23m


分子量: 26005.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DT83
#20: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 45460.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DQ90
#21: タンパク質 Related to 60s ribosomal protein L2 (Mitochondrial)


分子量: 49549.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q8X0Q2
#22: タンパク質 bL28m


分子量: 31501.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DNQ5
#27: タンパク質 bL33m


分子量: 7027.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E6P7
#29: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 13960.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S4E7
#30: タンパク質 PEBP-like protein


分子量: 50749.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DZ96
#31: タンパク質 mL40


分子量: 41496.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DWX0
#32: タンパク質 mL41


分子量: 11796.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E3D2
#34: タンパク質 Ribonuclease III


分子量: 48106.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DPP2
#35: タンパク質 MRP-L46 domain-containing protein


分子量: 41322.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DTN8
#36: タンパク質 mL49


分子量: 18180.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S518
#37: タンパク質 mL50


分子量: 49748.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S711
#39: タンパク質 mL54


分子量: 23179.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E0Q5
#40: タンパク質 RNase III domain-containing protein


分子量: 29625.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E462
#42: タンパク質 Mitoc_mL59 domain-containing protein


分子量: 18745.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DMU6
#44: タンパク質 mL67


分子量: 32516.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0ECJ7
#47: タンパク質 bS1m


分子量: 51596.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DJR9
#48: タンパク質 Mito ribosomal protein S2


分子量: 47197.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5ILE0
#50: タンパク質 S4 RNA-binding domain-containing protein


分子量: 51610.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DXP8
#53: タンパク質 Ribosomal_S7 domain-containing protein


分子量: 33821.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E7P2
#54: タンパク質 uS8m


分子量: 17743.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0EEW5
#55: タンパク質 uS9m


分子量: 35319.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0ED13
#56: タンパク質 30S ribosomal protein S10, mitochondrial


分子量: 30377.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0EAU9
#57: タンパク質 Translational machinery component


分子量: 42159.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DQD8
#62: タンパク質 bS16m


分子量: 12140.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DKS9
#63: タンパク質 uS17m


分子量: 18505.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DJ04
#66: タンパク質 bS21m


分子量: 25679.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DTH5
#68: タンパク質 mS26


分子量: 35312.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SHR9
#69: タンパク質 mS27


分子量: 44923.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RYW7
#71: タンパク質 mS33


分子量: 12169.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DU00
#74: タンパク質 DUF1713 domain-containing protein


分子量: 38126.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SHR6
#75: タンパク質 Protein FYV4, mitochondrial


分子量: 26612.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9HE52
#76: タンパク質 Manganese and iron superoxide dismutase


分子量: 34270.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DM95
#77: タンパク質 mS45


分子量: 39274.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SHB2
#78: タンパク質 mS46


分子量: 43112.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DYB0
#79: タンパク質 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial / 3-hydroxyisobutyryl-coenzyme A hydrolase


分子量: 56401.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9C251, 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
#80: タンパク質 IF1


分子量: 10664.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DIK4

+
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 IJCCFFLLRRSS

#12: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 14135.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E7L9
#13: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 33951.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DM93
#49: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 58907.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A1W5YJW8
#52: タンパク質 Ribosomal protein S6


分子量: 13304.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DP65
#58: タンパク質 Ribosomal protein S12


分子量: 18657.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DQD0
#64: タンパク質 Ribosomal protein S18


分子量: 28468.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q872A7
#65: タンパク質 Ribosomal protein S19/S15


分子量: 10408.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DRW6

+
Mitochondrial ... , 3種, 3分子 ONNXX

#18: タンパク質 Mitochondrial large ribosomal subunit


分子量: 41565.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S5N0
#60: タンパク質 Mitochondrial 37S ribosomal protein MRP2


分子量: 13210.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DHJ1
#70: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein DAP3


分子量: 51451.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SD06

+
54S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Tc

#23: タンパク質 54S ribosomal protein L4, mitochondrial


分子量: 29645.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DW15
#43: タンパク質 54S ribosomal protein L31, mitochondrial


分子量: 13131.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0EF55

+
L51 S25 CI-B8 domain-containing ... , 2種, 2分子 4j

#33: タンパク質 L51_S25_CI-B8 domain-containing protein


分子量: 15126.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DUU4
#45: タンパク質 L51_S25_CI-B8 domain-containing protein


分子量: 22734.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RWZ7

+
Probable ribosomal protein ... , 2種, 2分子 hMM

#38: タンパク質 Probable ribosomal protein YmL44, mitochondrial


分子量: 11128.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q6MVH6
#59: タンパク質 Probable ribosomal protein S13 / Putative ribosomal protein S13


分子量: 13503.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q6MVY0

+
37S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 UUZZ11

#67: タンパク質 37S ribosomal protein S25, mitochondrial


分子量: 29553.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q873E4
#72: タンパク質 37S ribosomal protein S24, mitochondrial


分子量: 44057.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9P5J2
#73: タンパク質 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial


分子量: 9907.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0E339

+
非ポリマー , 6種, 302分子

#83: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#84: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#85: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#86: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#87: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#88: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitoribosome of Neurospora crassa in the P/E state / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: K5-15-23-1
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid-KOHHEPES-KOH1
215 mMPotassium chlorideKCl1
315 mMMagnesium acetateMg(C2H3O2)21
40.05 %n-Dodecyl B-D-maltosideDDM1
50.0075 %1,3-bis(sn-3-phosphatidyl)-sn-glycerolCardiolipin1
62 mMDithiothreitolDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3172
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_3714精密化
PHENIXdev_3714精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37908 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.28 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026232428
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3945335126
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.030940492
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002126757
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.5333102059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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