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- PDB-6yw5: The structure of the small subunit of the mitoribosome from Neuro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yw5
タイトルThe structure of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
要素
  • (37S ribosomal protein ...) x 5
  • (40S ribosomal protein ...) x 2
  • (Mito ribosomal protein ...) x 5
  • (Mitochondrial ...ミトコンドリア) x 6
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 16S rRNA
  • 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ
  • DUF1713 domain-containing protein
  • Fe superoxide dismutase
  • IF1
  • IGR domain-containing protein
  • Ribosomal_S7 domain-containing protein
  • mS26
  • mS27
  • mS33
  • mS42
  • mS46
  • mS47
  • uS2m
  • uS9m
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Neurospora crassa (アカパンカビ) / translating Mitoribosomes / tRNA (転移RNA) / mRNA (伝令RNA) / mL108
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / valine catabolic process / nuclear pore inner ring / nuclear pore organization / ATPase inhibitor activity / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial large ribosomal subunit / positive regulation of translational fidelity / mitochondrial small ribosomal subunit / structural constituent of nuclear pore ...3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / valine catabolic process / nuclear pore inner ring / nuclear pore organization / ATPase inhibitor activity / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial large ribosomal subunit / positive regulation of translational fidelity / mitochondrial small ribosomal subunit / structural constituent of nuclear pore / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L31p, N-terminal / 54S ribosomal protein L36, yeast / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial ...: / Ribosomal protein L31p, N-terminal / 54S ribosomal protein L36, yeast / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / IGR protein motif / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein S21 / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 37S ribosomal protein mrp5 / Ribosomal protein S16, mitochondrial / Ribosomal protein S5, mitochondrial / 37S ribosomal protein S5 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 37S ribosomal protein mrp5 / Ribosomal protein S16, mitochondrial / Ribosomal protein S5, mitochondrial / 37S ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S15 / Mitochondrial 37S ribosomal protein S27 / 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / Protein FYV4, mitochondrial / Mitochondrial 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / Large ribosomal subunit protein bL31m / Mito ribosomal protein S18 / Mitochondrial ribosomal protein S19 / 37S ribosomal protein S10, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS27 / 40S ribosomal protein S13 / Fe superoxide dismutase / Mitochondrial 37S ribosomal protein S17 / 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial / Ribosomal_S7 domain-containing protein / 37S ribosomal protein S9, mitochondrial / Mitochondrial 30S ribosomal protein S12 / Mito ribosomal protein S4 / Mito ribosomal protein S21 / Mito ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Mitochondrial 40S ribosomal protein MRP2 / Protein FYV4, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein subunit S18 / Small ribosomal subunit protein mS45 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein uS2m / ATP synthase F1 subunit epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Amunts, A. / Itoh, Y. / Naschberger, A.
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
European Research Council (ERC)(ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Analysis of translating mitoribosome reveals functional characteristics of translation in mitochondria of fungi.
著者: Yuzuru Itoh / Andreas Naschberger / Narges Mortezaei / Johannes M Herrmann / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each ...Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each other is not understood. We report models of the translating fungal mitoribosome with mRNA, tRNA and nascent polypeptide, as well as an assembly intermediate. Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is found in the central protuberance of the large subunit, and the ATPase inhibitory factor 1 (IF) in the small subunit. The models of the active mitoribosome explain how mRNA binds through a dedicated protein platform on the small subunit, tRNA is translocated with the help of the protein mL108, bridging it with L1 stalk on the large subunit, and nascent polypeptide paths through a newly shaped exit tunnel involving a series of structural rearrangements. An assembly intermediate is modeled with the maturation factor Atp25, providing insight into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit and translation regulation.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10958
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10958
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: uS2m
BB: Mito ribosomal protein S2
CC: Ribosomal protein S5, mitochondrial
DD: Mito ribosomal protein S4
EE: 37S ribosomal protein S5
FF: Mito ribosomal protein S6
GG: Ribosomal_S7 domain-containing protein
HH: 40S ribosomal protein S8
II: uS9m
JJ: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial
KK: Mitochondrial ribosomal protein subunit S18
LL: Mitochondrial 30S ribosomal protein S12
MM: 40S ribosomal protein S13
NN: Mitochondrial 40S ribosomal protein MRP2
OO: Ribosomal protein S15
PP: Ribosomal protein S16, mitochondrial
QQ: Mitochondrial 37S ribosomal protein S17
RR: Mito ribosomal protein S18
SS: Mitochondrial ribosomal protein S19
TT: Mito ribosomal protein S21
UU: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
VV: mS26
WW: mS27
XX: Mitochondrial ribosomal protein DAP3
YY: mS33
ZZ: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial
11: 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial
22: DUF1713 domain-containing protein
33: IGR domain-containing protein
44: Fe superoxide dismutase
55: Fe superoxide dismutase
66: mS42
77: mS46
88: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial
00: mS47
99: mS47
aa: 16S rRNA
V: IF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,760,317158
ポリマ－1,756,59238
非ポリマー3,725120
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 14種, 16分子 AAGGIIVVWWYY223344556677880099V

#1: タンパク質 uS2m


分子量: 51596.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: A7UWX2
#7: タンパク質 Ribosomal_S7 domain-containing protein


分子量: 33821.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7S6M9
#9: タンパク質 uS9m


分子量: 35319.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7S7R6
#22: タンパク質 mS26


分子量: 35312.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SHR9
#23: タンパク質 mS27


分子量: 44923.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7RYW7
#25: タンパク質 mS33


分子量: 12169.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K5R0
#28: タンパク質 DUF1713 domain-containing protein


分子量: 38126.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SHR6
#29: タンパク質 IGR domain-containing protein


分子量: 26612.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K6Q3
#30: タンパク質 Fe superoxide dismutase


分子量: 34270.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7S2H6
#31: タンパク質 mS42


分子量: 39274.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SHB2
#32: タンパク質 mS46


分子量: 43112.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SG49
#33: タンパク質 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial / 3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ / 3-hydroxyisobutyryl-coenzyme A hydrolase


分子量: 56401.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K7A4, 3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ
#34: タンパク質 mS47


分子量: 10664.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: V5IRA3
#36: タンパク質 IF1


分子量: 23766.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K7L7

-
Mito ribosomal protein ... , 5種, 5分子 BBDDFFRRTT

#2: タンパク質 Mito ribosomal protein S2


分子量: 47197.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: V5ILE0
#4: タンパク質 Mito ribosomal protein S4


分子量: 51610.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SA90
#6: タンパク質 Mito ribosomal protein S6


分子量: 13304.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SB95
#18: タンパク質 Mito ribosomal protein S18


分子量: 28468.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K8E0
#20: タンパク質 Mito ribosomal protein S21


分子量: 25679.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SAJ1

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 CCOOPP

#3: タンパク質 Ribosomal protein S5, mitochondrial / リボソーム


分子量: 58907.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: P23351
#15: タンパク質 Ribosomal protein S15 /


分子量: 35803.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K5G1
#16: タンパク質 Ribosomal protein S16, mitochondrial / リボソーム / S24


分子量: 12140.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: P08580

-
37S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 EEJJUUZZ11

#5: タンパク質 37S ribosomal protein S5 /


分子量: 53297.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K548
#10: タンパク質 37S ribosomal protein S10, mitochondrial / リボソーム / Mitochondrial ribosomal small subunit protein 10


分子量: 30377.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7RYL4
#21: タンパク質 37S ribosomal protein S25, mitochondrial / リボソーム


分子量: 29553.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q873E4
#26: タンパク質 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / リボソーム


分子量: 44057.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K5Z0
#27: タンパク質 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial / リボソーム


分子量: 9907.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7S4Y4

-
40S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 HHMM

#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 17743.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SHF3
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S13 /


分子量: 13503.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7S2C2

-
Mitochondrial ... , 6種, 6分子 KKLLNNQQSSXX

#11: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein subunit S18


分子量: 42159.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SGU0
#12: タンパク質 Mitochondrial 30S ribosomal protein S12


分子量: 18657.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7S9I4
#14: タンパク質 Mitochondrial 40S ribosomal protein MRP2


分子量: 13210.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SF85
#17: タンパク質 Mitochondrial 37S ribosomal protein S17


分子量: 18505.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7S4E0
#19: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S19


分子量: 10408.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q1K8V2
#24: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein DAP3


分子量: 51451.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
参照: UniProt: Q7SD06

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 aa

#35: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 600339.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)

-
非ポリマー , 3種, 120分子

#37: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#39: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Mitoribosome of Neurospora crassa / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (アカパンカビ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid-KOHHEPES-KOH1
215 mMPotassium chlorideKCl1
315 mMMagnesium acetateMg(C2H3O2)21
40.05 %n-Dodecyl B-D-maltosideDDM1
50.0075 %1,3-bis(sn-3-phosphatidyl)-sn-glycerolCardiolipin1
62 mMDithiothreitolジチオトレイトールDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 130000 X / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3172
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refinedev_3742精密化
PHENIXdev_3742精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131806 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001995706
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.356136269
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.030816157
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00212174
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.417140907

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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