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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ysi | |||||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / antibiotic / tigecycline / translation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome ...large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Nicholson, D. / Edwards, T.A. / O'Neill, A.J. / Ranson, N.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics. 著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson / 要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ysi.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ysi.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ysi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ysi_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ysi_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ysi_validation.xml.gz | 125 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ysi_validation.cif.gz | 224.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ysi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ysi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 10898MC 6yhsC 6ypuC 6ys5C 6yt9C 6ytfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10407 (タイトル: Motion-corrected micrographs and extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline Data size: 538.5 Data #1: Motion-corrected micrographs of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline [micrographs - single frame] Data #2: Extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZab
-RNA鎖 , 3種, 4分子 1568
#27: RNA鎖 | 分子量: 940330.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) 参照: GenBank: 1188467441 |
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#28: RNA鎖 | 分子量: 37608.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) 参照: GenBank: 1560725104 |
#29: RNA鎖 | 分子量: 24346.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: E. coli fMet-tRNA from PDB 5AFI fitted into EM density - represents a mixture of tRNAs 由来: (天然) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) |
-非ポリマー , 3種, 166分子
#32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 231159 詳細: Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '50S subunit' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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