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- PDB-5hl7: The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphyloc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hl7 | ||||||
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Title | The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphylococcus aureus in complex with lefamulin | ||||||
![]() |
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![]() | RIBOSOME / lefamulin / RNA / antibiotic | ||||||
Function / homology | ![]() large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eyal, Z. / Matzov, D. / Krupkin, M. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Yonath, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: A novel pleuromutilin antibacterial compound, its binding mode and selectivity mechanism. Authors: Eyal, Z. / Matzov, D. / Krupkin, M. / Paukner, S. / Riedl, R. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Yonath, A. | ||||||
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Data in CIF | ![]() | 309.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4wceS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
+50S ribosomal protein ... , 26 types, 26 molecules ABCDEGHIJKLMNOPQRSTUVWZ234
-RNA chain , 2 types, 2 molecules XY
#2: RNA chain | Mass: 946687.688 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() References: GenBank: 87201381 |
---|---|
#3: RNA chain | Mass: 36692.801 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() References: GenBank: 87201381 |
-Non-polymers , 7 types, 538 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
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![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/EOH.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
#29: Chemical | ChemComp-MN / #30: Chemical | ChemComp-MG / #31: Chemical | ChemComp-62B / | #32: Chemical | ChemComp-MPD / ( #33: Chemical | ChemComp-SPD / #34: Chemical | #35: Chemical | ChemComp-EPE / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.76 Å3/Da / Density % sol: 67.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1:2 MPD:EtOH 10mM Hepes pH=7.6 10mM Mg2Cl 60mM NH4Cl 15mM KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4WCE Resolution: 3.55→49.93 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.49 / Stereochemistry target values: ML
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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