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Yorodumi- PDB-5hkv: The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphyloc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hkv | ||||||
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Title | The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphylococcus aureus in complex with lincomycin | ||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / RNA / lincomycin / antibiotics | ||||||
Function / homology | Function and homology information large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.66 Å | ||||||
Authors | Yonath, A. / Matzov, D. / Eyal, Z. / Ben Hamou, R. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Fridman, M. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Structural insights of lincosamides targeting the ribosome of Staphylococcus aureus. Authors: Matzov, D. / Eyal, Z. / Benhamou, R.I. / Shalev-Benami, M. / Halfon, Y. / Krupkin, M. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Fridman, M. / Yonath, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hkv.cif.gz | 4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hkv.ent.gz | 3.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hkv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hkv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5nrgC 4wceS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-RNA chain , 2 types, 2 molecules XY
#1: RNA chain | Mass: 946687.688 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (bacteria) References: GenBank: 87201381 |
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#2: RNA chain | Mass: 36692.801 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (bacteria) References: GenBank: 87201381 |
+50S ribosomal protein ... , 25 types, 25 molecules ABCDEGHIJKLMNOPQRSTUVWZ23
-Non-polymers , 7 types, 544 molecules
#28: Chemical | ChemComp-3QB / | ||||||||||
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#29: Chemical | ChemComp-MPD / ( #30: Chemical | ChemComp-MN / #31: Chemical | ChemComp-MG / #32: Chemical | ChemComp-SPD / #33: Chemical | ChemComp-EOH / #34: Chemical | ChemComp-CA / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.72 Å3/Da / Density % sol: 66.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1:2 MPD: EtOH, Hepes pH=7.6 10mM, Mg2Cl 10mM, KCl 60mM, NH4Cl 15mM PH range: 7-7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.971 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.971 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.64→50 Å / Num. obs: 223602 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 9.08 / Redundancy: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Net I/σ(I): 9.08 |
Reflection shell | Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / % possible all: 78.1 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WCE Resolution: 3.66→50 Å / FOM work R set: 0.847 / SU ML: 0.45 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 366.27 Å2 / Biso mean: 113.44 Å2 / Biso min: 23.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.66→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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