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Yorodumi- PDB-5nrg: The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphyloc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nrg | ||||||
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Title | The crystal structure of the large ribosomal subunit of Staphylococcus aureus in complex with RB02 | ||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / RNA / antibiotics / lincosamides | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation ...ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (bacteria) Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.442 Å | ||||||
Authors | Yonath, A. / Matzov, D. / Eyal, Z. / Ben Hamou, R. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Fridman, M. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Structural insights of lincosamides targeting the ribosome of Staphylococcus aureus. Authors: Matzov, D. / Eyal, Z. / Benhamou, R.I. / Shalev-Benami, M. / Halfon, Y. / Krupkin, M. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Fridman, M. / Yonath, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nrg.cif.gz | 2.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nrg.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nrg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nrg_validation.pdf.gz | 1002.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5nrg_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 5nrg_validation.xml.gz | 204.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5nrg_validation.cif.gz | 291.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nrg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hkvC 4wceS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-RNA chain , 2 types, 2 molecules XY
#1: RNA chain | Mass: 946687.688 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (bacteria) References: GenBank: 87201381 |
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#2: RNA chain | Mass: 36692.801 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (bacteria) References: GenBank: 87201381 |
+50S ribosomal protein ... , 24 types, 24 molecules ABCDEGHIJKLMNOPQRSTVWZ23
-Non-polymers , 6 types, 299 molecules
#27: Chemical | ChemComp-95H / ~{ | ||||||||
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#28: Chemical | #29: Chemical | ChemComp-MN / #30: Chemical | ChemComp-MG / #31: Chemical | ChemComp-EPE / | #32: Chemical | ChemComp-SPD / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.76 Å3/Da / Density % sol: 67.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1:2 MPD: EtOH, Hepes pH=7.6 10mM, Mg2Cl 10mM, KCl 60mM, NH4Cl 15mM PH range: 7.0-7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.971 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.971 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.442→50 Å / Num. obs: 254888 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.196 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WCE Resolution: 3.442→49.369 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 325.9 Å2 / Biso min: 25.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.442→49.369 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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