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- PDB-1y69: RRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y69
タイトルRRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans
要素
  • 23S ribosomal RNA
  • 50S ribosomal protein L16
  • 50S ribosomal protein L27
  • 5S ribosomal RNA
  • Ribosome-recycling factor
キーワードRIBOSOME / 50S / RRF / RECYCLING FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic translational termination / ribosomal large subunit binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome-recycling factor / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein L16/L10 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Ribosomal protein L16 signature 1. ...Ribosome-recycling factor / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein L16/L10 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosome-recycling factor / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Wilson, D.N. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Albrecht, R. / Buerger, J. / Kobayashi, Y. / Fucini, P.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2005
タイトル: X-ray crystallography on ribosome recycling: mechanism of binding and action of RRF on the 50S ribosomal subunit
著者: Wilson, D.N. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Yoshida, T. / Ohkubo, T. / Albrecht, R. / Buerger, J. / Kobayashi, Y. / Fucini, P.
履歴
登録2004年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id
改定 1.42017年8月2日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE Domain II of RRF (residues 31-105) was replaced by GLY-GLY-GLY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S ribosomal RNA
9: 5S ribosomal RNA
K: 50S ribosomal protein L16
U: 50S ribosomal protein L27
8: Ribosome-recycling factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,011,8975
ポリマ－1,011,8975
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.700, 405.000, 693.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 1026245073
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 39911.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 11612676
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16125.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
参照: UniProt: Q9RXJ5
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
参照: UniProt: Q9RY65
#5: タンパク質 Ribosome-recycling factor / RRF / Ribosome-releasing factor


分子量: 12844.616 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-30 and 106-185 / Mutation: RRF domain II deletion and GGG insertion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: frr, rrf, b0172, JW0167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A805

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ETHANOL11
2DIMETHYLHEXANEDIOL11
3MGCL211
4KCL11
5HEPES11
6NH4CL11
7H2O11
8MGCL212
9KCL12
10NH4CL12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9794
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月14日
放射モノクロメーター: SI111 OR SI311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 343272 / Num. obs: 343272 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NKW

1nkw


解像度: 3.33→8.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 117914.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.338 11832 5 %RANDOM
Rwork0.275 ---
all0.291 343272 --
obs0.275 238082 74.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.3143 Å2 / ksol: 0.118211 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.39 Å20 Å20 Å2
2--48.11 Å20 Å2
3----27.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.67 Å0.53 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.85 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.33→8.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2609 61875 0 0 64484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.33→3.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 1309 5.2 %
Rwork0.456 24038 -
obs--75.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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