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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r1u | ||||||
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タイトル | Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Histone demethylation / chromatin reader / flavoenzyme / epigenetics / evolution of protein function / molecular recognition. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 epigenetic programing of female pronucleus / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / chromatin-protein adaptor activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / histone demethylase activity / nucleosome binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding ...epigenetic programing of female pronucleus / genomic imprinting / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / chromatin-protein adaptor activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / histone demethylase activity / nucleosome binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / FAD binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / HDMs demethylate histones / structural constituent of chromatin / NAD binding / UCH proteinases / nucleosome / nucleosome assembly / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / histone binding / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å | ||||||
データ登録者 | Marabelli, C. / Pilotto, S. / Chittori, S. / Subramaniam, S. / Mattevi, A. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: A Tail-Based Mechanism Drives Nucleosome Demethylation by the LSD2/NPAC Multimeric Complex. 著者: Chiara Marabelli / Biagina Marrocco / Simona Pilotto / Sagar Chittori / Sarah Picaud / Sara Marchese / Giuseppe Ciossani / Federico Forneris / Panagis Filippakopoulos / Guy Schoehn / Daniela ...著者: Chiara Marabelli / Biagina Marrocco / Simona Pilotto / Sagar Chittori / Sarah Picaud / Sara Marchese / Giuseppe Ciossani / Federico Forneris / Panagis Filippakopoulos / Guy Schoehn / Daniela Rhodes / Sriram Subramaniam / Andrea Mattevi / 要旨: LSD1 and LSD2 are homologous histone demethylases with opposite biological outcomes related to chromatin silencing and transcription elongation, respectively. Unlike LSD1, LSD2 nucleosome-demethylase ...LSD1 and LSD2 are homologous histone demethylases with opposite biological outcomes related to chromatin silencing and transcription elongation, respectively. Unlike LSD1, LSD2 nucleosome-demethylase activity relies on a specific linker peptide from the multidomain protein NPAC. We used single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM), in combination with kinetic and mutational analysis, to analyze the mechanisms underlying the function of the human LSD2/NPAC-linker/nucleosome complex. Weak interactions between LSD2 and DNA enable multiple binding modes for the association of the demethylase to the nucleosome. The demethylase thereby captures mono- and dimethyl Lys4 of the H3 tail to afford histone demethylation. Our studies also establish that the dehydrogenase domain of NPAC serves as a catalytically inert oligomerization module. While LSD1/CoREST forms a nucleosome docking platform at silenced gene promoters, LSD2/NPAC is a multifunctional enzyme complex with flexible linkers, tailored for rapid chromatin modification, in conjunction with the advance of the RNA polymerase on actively transcribed genes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r1u.cif.gz | 450.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r1u.ent.gz | 342.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r1u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r1u_validation.pdf.gz | 929 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r1u_full_validation.pdf.gz | 970.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6r1u_validation.xml.gz | 53 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r1u_validation.cif.gz | 83.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r1u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 7種, 11分子 AEBFCGDHKLM
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P02281 #7: タンパク質 | | 分子量: 87051.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1B, AOF1, C6orf193, LSD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8NB78, 酸化還元酵素 #8: タンパク質 | | 分子量: 13528.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLYR1, HIBDL, NP60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49A26, 酸化還元酵素 #9: タンパク質 | | 分子量: 15305.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A310TTQ1, UniProt: P84233*PLUS |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45610.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45138.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#10: 化合物 | ChemComp-FAD / |
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#11: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.29 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.87 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome was monodisperse (gel filtration peak isolation and concentration in buffer described. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3.05 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2078 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 490558 | |||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72315 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 |
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